트리팜
TreeFam | |
|---|---|
| 내용 | |
| 설명 | 동물 유전자 계열의 계통생성 나무의 큐레이션된 데이터베이스 |
| 연락처 | |
| 리서치센터 | 웰컴 트러스트 생어 연구소 |
| 작가들 | 파비안 슈라이버 |
| 1차 인용 | Ruan J & al. (2006)[1] |
| 접근 | |
| 웹사이트 | http://www.treefam.org |
TreeFam(트리 패밀리 데이터베이스)은 동물 유전자의 계통생성 나무의 데이터베이스다.정형 및 파라로그 할당에 대한 신뢰성 있는 정보, 다양한 유전자 계열의 진화이력을 제공하는 큐레이션된 자원을 개발하는 것을 목표로 한다.[1][2]
트리팜은 유전자 집단을 단일메타조아 동물의 분화 이후 진화한 유전자 집단으로 정의한다.또한 효모(S.cerevisiae, S. pombe)와 식물(A. thaliana)과 같은 외래 그룹 유전자를 포함시켜 이러한 먼 구성원을 밝히려고 노력한다.
또한 TreeFam은 직교 데이터베이스다.다른 쌍방향 정렬 기반 정렬과는 달리 트리팜은 유전자 트리를 통해 맞춤법을 주입한다.그것은 유전자 트리를 범용 종 나무에 맞추고 역사적 중복, 명세, 손실 사건을 찾아낸다.TreeFam은 이 정보를 사용하여 나무 건축을 평가하고, 수동 큐레이션을 안내하며, 복잡한 정형 및 파라로그 관계를 유추한다.
TreeFam의 기본 요소는 두 부분으로 나눌 수 있는 유전자 계열이다.TreeFam-A 및 TreeFam-B 제품군TreeFam-B 패밀리는 자동으로 생성된다.그것들은 복잡한 계통발생이 주어지는 오류를 포함할 수 있다.TreeFam-A 제품군은 TreeFam-B 제품군에서 수동으로 큐레이션된다.패밀리 이름과 노드 이름을 동시에 할당한다.TreeFam의 궁극적인 목표는 모든 가족을 위해 큐레이션된 자원을 제시하는 것이다.
Wellcome Trust Sanger Institute에서 프로젝트로서 TreeFam을 운영하고 있으며, 소프트웨어는 SourceForge에 "TreeSoft"로 소장되어 있다.
참고 항목
참조
- ^ a b Ruan, J.; Li, H.; Chen, Z.; Coghlan, A.; Coin, L. J. M.; Guo, Y.; Hériché, J. -K.; Hu, Y.; Kristiansen, K.; Li, R.; Liu, T.; Moses, A.; Qin, J.; Vang, S.; Vilella, A. J.; Ureta-Vidal, A.; Bolund, L.; Wang, J.; Durbin, R. (2007). "TreeFam: 2008 Update". Nucleic Acids Research. 36 (Database issue): D735–D740. doi:10.1093/nar/gkm1005. PMC 2238856. PMID 18056084.
- ^ Li, H.; Coghlan, A.; Ruan, J.; Coin, L. J.; Hériché, J. K.; Osmotherly, L.; Li, R.; Liu, T.; Zhang, Z.; Bolund, L.; Wong, G. K.; Zheng, W.; Dehal, P.; Wang, J.; Durbin, R. (2006). "TreeFam: A curated database of phylogenetic trees of animal gene families". Nucleic Acids Research. 34 (90001): D572–D580. doi:10.1093/nar/gkj118. PMC 1347480. PMID 16381935.
