호몰로제네

이 기사는 대부분 또는 전체적으로 단일 출처에 의존하고 있습니다. 관련 토론은 토크 페이지에서 확인할 수 있습니다. 추가 출처에 인용문을 도입하여 이 기사의 개선에 도움을 주시기 바랍니다.출처 : "Homolo Gene" – 뉴스 · 신문 · 서적 · 학자 · JSTOR (2020년 10월)

미국 국립생명공학정보센터(NCBI)의 도구인 호몰로겐은 완전히 배열된 ^[1]여러 진핵유전자의 주석이 달린 유전자 중 호몰로겐(공통조상으로부터의 후손에 기인하는 유사성)을 자동으로 검출하는 시스템이다.

HomoloGene 처리는 입력 유기체의 단백질 분석으로 구성됩니다.배열은 블라스트를 사용하여 비교되고, 그 다음에 연결되며, 배열 유사성으로 만들어진 분류 트리를 사용하여 그룹으로 분류됩니다. 여기서 더 가까운 관련 유기체가 먼저 연결되고, 그 다음에 더 많은 유기체가 나무에 추가됩니다.단백질 배열은 해당 DNA 배열에 다시 매핑되며, 분자 거리 Jukes와 Cantor(1969), Ka/Ks 비율을 계산할 수 있다.

시퀀스는 로컬이 아닌 글로벌하게 스코어를 최대화하기 위한 휴리스틱 알고리즘을 사용하여 초당 매칭됩니다(완전한 초당 그래프 참조).그리고 각 매치의 통계적 유의성을 계산합니다.위치별로 컷오프가 생성되며 Ks 값은 잘못된 "정통"이 함께 그룹화되는 것을 방지하기 위해 설정됩니다."패럴로그"는 다른 종들보다 종 안에서 더 가까운 염기서열을 발견함으로써 확인된다.

투입 생물

메타조아

척추동물

호모 사피엔스, 판 트로글로디테스, 무스쿠루스, 라투스 노르베기쿠스, 카니스 루푸스 낯익음, 보스 황소자리, 갈루스, 제노푸스 트로피컬리스, 다니오 레리오.

무척추동물

로소필라멜라노가스터, 아노펠레스감비아에, 케노하브디티스엘레강스

곰팡이

사카로미세스 세레비시아에, 시오당류 폼베, 클라이베로미세스 락티스, 에레모테슘 고시피, 마그나포르테 그리세아, 뉴로스포라 크라사

식물

쌍꺼풀

아라비도시스탈리아나

외떡잎

오리자 사티바

프로티스타

"플라스마듐 팔시파룸"

인터페이스

HomoloGene은 모든 Entrez 데이터베이스에 연결되며 다음 링크의 호몰로지 및 표현형 정보를 기반으로 합니다.

• 마우스 게놈 정보학(MGI),
• Zebrafish Information Network(ZFIN; 제브라피시 정보 네트워크),
• 사카로미세스 게놈 데이터베이스(SGD),
• COG(Orthologous Groups) 군집,
• FlyBase,
• 온라인 Mendelian In Man(OMIM)

결과적으로, HomoloGene은 유전자, 단백질, 표현형 및 보존 도메인에 대한 정보를 표시합니다.

레퍼런스

외부 링크