바이오리눅스
BioLinux |
바이오리눅스는 다음 방법 중 하나 이상을 사용하여 리눅스 플랫폼의 생물정보학 소프트웨어에 더 쉽게 접근할 수 있도록 하는 데 관련된 다양한 프로젝트에 사용되는 용어다.
현재 리눅스 시스템과 다른 유니스 시스템 모두에서 유사한 목적을 가진 다양한 프로젝트가 있으며, 이들 프로젝트의 선택은 다음과 같다. 또한 리눅스 기반 프로젝트 중 일부를 상세히 기술한 캐나다 생물정보학 헬프데스크 뉴스레터에도[1] 개요가 있다.
패키지 리포지토리
레드햇
패키지 리포지토리는 일반적으로 생물정보학자가 사용하고 있는 리눅스의 배포에 한정되어 있다. 많은 Linux 변종들이 생물정보학 분야에서 널리 퍼져있다. 페도라(Fedora)는 상업용 레드햇 시스템을 자유분배한 버전이다. 레드햇은 기업에서 상업적 지원과 훈련 패키지를 제공하기 때문에 널리 사용되고 있다. Fedora Core는 Red Hat의 파생상품을 지원하는 커뮤니티로, Red Hat의 시스템을 좋아하지만 상업적 지원이 필요 없는 사람들에게 인기가 있다. 많은 생물정보학 애플리케이션 사용자들이 Fedora와 함께 작동하도록 설계된 RPM(Red Hat의 패키지 형식)을 생산해 왔으며, 이 RPM은 Red Hat Enterprise Linux 시스템에도 잠재적으로 설치할 수 있다. 맨드리바와 SUSE와 같은 다른 분포는 RPM을 사용하므로 이러한 패키지는 이러한 분포에서도 작동할 수 있다.
데비안
데비안은 많은 학술 기관에서 사용되고 있는 또 다른 매우 인기 있는 Linux 배포판이며, 일부 생물정보학자는 그들 자신의 소프트웨어 패키지를 데비 형식으로 이 배포판에 사용할 수 있도록 만들었다.
슬랙웨어
슬랙웨어는 덜 사용되는 리눅스 배포판 중 하나이다. 리눅스 운영 체제에 대해 더 잘 알고 있으며 사용 가능한 다양한 GUI보다 명령줄을 선호하는 사람들에게 인기가 있다. 패키지는 tgz 또는 tgx 형식으로 되어 있다. 슬랙스웨어를 기반으로 한 가장 널리 알려진 실시간 분포는 슬랙스(Slax)이며, 많은 생물정보학 분포의 근거지로 사용되어 왔다.
애플/맥
많은 Linux 패키지는 Mac OS X와 호환되며 Mac OS X를 실행하는 컴퓨터에 선택된 Linux 패키지(바이오정보학 소프트웨어 포함)를 쉽게 설치하려는 여러 프로젝트가 있다(출처?).
라이브 DVD/CD
라이브 DVD 또는 CD는 CD/DVD 드라이브에서 실행되므로 생체정보학 컴퓨팅을 제공하는 이상적인 방법이 아니다. 이는 기존 하드 디스크 설치보다 속도가 느리고 구성 능력이 제한적이라는 것을 의미한다. 그러나 다른 리눅스 액세스를 사용할 수 없는 임시 솔루션을 제공하는 데 적합할 수 있으며, 리눅스 설치의 기반으로 사용될 수도 있다.
우수한 생물정보학 지원을 포함한 표준 분포
일반적으로 리눅스 배포판에는 다양한 공식 패키지가 제공되지만, 이는 일반적으로 과학적인 지원 방식에 크게 포함되지는 않는다. 아래에 상세히 기술된 것과 같은 예외가 있다.
- 겐투 리눅스
겐투 리눅스는 156개 이상의 생물정보학 응용 프로그램(주나무에 있는 겐투 공상과학 생물학 무리 참조)을 ebuild의 형태로 제공하고, 소스 코드에서 응용 프로그램을 구축한다. 추가로 315개의 패키지가 겐투 과학 오버레이(시험용)에 있다.
탁월한 커뮤니티 지원을 받는 매우 유연한 시스템이지만, 원천적으로 설치하는 요건은 겐투 시스템의 설치가 느리고, 상당한 유지보수가 필요한 경우가 많다는 것을 의미한다. 중앙 서버를 사용하여 바이너리 패키지를 생성함으로써 컴파일 시간을 일부 단축할 수 있다. 한편, 프로세서를 최상으로 활용하여 최고 속도로 실행되도록 모두 미세 조정할 수 있다(예: SSE 및 AVX 및 AVX2 CPU 지침을 실제로 사용하는 경우). 이진 기반 디스트로는 보통 i686 또는 심지어 i386 명령 집합을 사용하는 이진 파일을 제공한다.
- 자유BSD
FreeBSD는 리눅스 배포판이 아니라 유닉스의 버전이기 때문에 매우 유사하다. 그 항구들은 겐투의 이빌드와 같으며, 같은 주의사항이 적용된다. 그러나 사전 등록된 바이너리 패키지도 이용할 수 있다. 60개 이상의 생물과학 응용 프로그램이 있으며, 그것들은 프레시 포트[2] 사이트에 등록되어 있다.
- 데비안
표준 데비안 설치의 일부로 제공되는 생물정보학 패키지는 100개 이상이다. 바이오리눅스 기반 패키지도 설치하면 표준 데비안 시스템에도 NEBC 바이오리눅스[3] 패키지를 설치할 수 있다. 이렇게 하면 다른 패키지가 소프트웨어를 설치할 /usr/local/bioinf 디렉토리가 생성된다. Debian 패키지는 Ubuntu Linux 또는 다른 Debian에서 파생된 설치에서도 작동할 수 있다.
커뮤니티 구축 및 지원 시스템
IT 전문가가 아닌 과학자들이 그들의 특정한 문제에 대한 해답을 빨리 찾을 수 있도록 지원과 문서화를 제공하는 것은 모든 바이오리눅스 프로젝트의 중요한 부분이 되어야 한다. 지원 포럼이나 메일링 리스트는 연구 커뮤니티 내에서 지식을 전파하는 데도 유용하다. 이 자원들 중 일부는 여기에 연결되어 있다.
참고 항목
참조
- ^ 2005년 12월 15일 웨이백 머신에 보관된 캐나다 생물정보학 헬프데스크 뉴스레터 개요
- ^ 외부 포트
- ^ NEBC 바이오리눅스
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