오픈 소스 바이오 인포매틱스 소프트웨어 목록

List of open-source bioinformatics software

이 목록은 생물 정보학을 위해 만들어지고 위키피디아에서 문서와 함께 오픈 소스 소프트웨어 라이센스로 출시된 컴퓨터 소프트웨어 목록입니다.

소프트웨어 묘사 플랫폼 면허증. 개발자
.NET 바이오 Microsoft 4.0을 사용하여 구축된 언어 중립 툴킷.개발자, 연구자 및 과학자를 지원하는 NET 프레임워크 .NET 프레임워크 아파치 콜라보레이션
앰포라 메타노믹스 분석 소프트웨어 리눅스 GPL ?
안두릴 데이터 분석을 위한 구성 요소 기반 워크플로우 프레임워크 Linux, macOS, Windows GPL 헬싱키 대학교
아스칼라프 디자이너 분자 설계 및 시뮬레이션을 위한 범용 분자 모델링을 위한 컴퓨터 프로그램. ? GPLv2 민첩한 분자
자동 도킹 자동화된 도킹 툴 스위트 ? GPL ?
아보가드로 컴퓨터 화학, 분자 모델링, 생물 정보학, 재료 과학 및 관련 분야의 C++(Qt) 기반 분자 편집기 및 비주얼라이저. ? GPL ?
베드툴 "Genome 산술" -- 좌표 집합을 조작하고 BED 파일에서 시퀀스를 추출합니다. 리눅스 MIT 유타 대학교 퀸랜랩
바이오클립 Eclipse RCP(Rich Client Platform) 기반 화학 및 생물 정보학을 위한 시각적 플랫폼 ? 이클립스 퍼블릭 바이오클립스 프로젝트
바이오컨덕터 R(프로그래밍 언어) 언어 툴킷 Linux, macOS, Windows Artistic 2.0 프레드 허친슨 암 연구소
바이오자바 시퀀스 조작, 단백질 구조, 파일 파서, CORBA 상호 운용성, 분산 주석 시스템(DAS), AceDB 액세스, 동적 프로그래밍 및 간단한 통계 루틴을 위한 Java 라이브러리 함수 Linux, macOS, Windows LGPL v2.1 오픈 바이오 인포매틱스 재단
바이오JS 생체 데이터를 시각화하는 컴포넌트의 JavaScript 라이브러리 웹 브라우저 아파치 ?
바이오모비 웹 서비스 레지스트리 웹 브라우저 예술적 오픈 바이오 인포매틱스 재단
바이오페를 Perl 언어 툴킷 크로스 플랫폼 예술, GPL 오픈 바이오 인포매틱스 재단
바이오 PHP DNA 및 단백질 배열 분석, 정렬, 데이터베이스 구문 분석 및 기타 생물 정보학 도구를 위한 클래스를 포함하는 PHP 언어 도구 키트 크로스 플랫폼 GPL v2 오픈 바이오 인포매틱스 재단
바이오피톤 Python 언어 툴킷 크로스 플랫폼 바이오피톤[1] 오픈 바이오 인포매틱스 재단
바이오루비 Ruby 언어 툴킷 ? GPL v2 또는 Ruby 오픈 바이오 인포매틱스 재단
폭발. DNA 및 단백질 염기서열을 포함한 1차 생물학적 염기서열 정보를 비교하기 위한 알고리즘 및 프로그램. 크로스 플랫폼 퍼블릭 도메인 국립생명공학정보센터
CP2K Fortran 2003에 기재된 고체, 액체, 분자 및 생물학적 시스템의 원자론적 시뮬레이션을 수행합니다. ? GPL 및 LGPL 무료 오픈 소스 GNU GPLv2 이후
엠보스 C로 작성된 순서 지정, 검색 등의 패키지 세트 ? GPL 및 LGPL 콜라보레이션
갤럭시 과학적 워크플로우 및 데이터 통합 시스템 Unix와 같은 학회 무료 콜라보레이션
진패턴 수백 개의 게놈 분석 도구에 액세스할 수 있는 과학적 워크플로우 시스템 Unix 계열(퍼블릭 서버), Linux, macOS, Windows MIT UC 샌디에이고 브로드 인스티튜트
게워크벤치 게놈 데이터 통합 플랫폼 Linux, macOS, Windows GeWorkbench[2] 라이선스 컬럼비아 대학교
GMOD 생물학적 데이터베이스의 많은 공통 과제를 해결하기 위한 툴킷 Unix 계열(서버), 웹 브라우저(클라이언트) 도구에 따라 다름 콜라보레이션
GenGIS 환경에서 수집된 생물학적 배열에 대한 정보와 디지털 지도 데이터를 결합할 수 있는 응용 프로그램 Windows, MacOS GPL 콜라보레이션
게놈스페이스 데이터 형식 변환을 제공하고 다른 생물 정보 도구와의 연결을 용이하게 하는 중앙 집중식 웹 애플리케이션 웹 브라우저 LGPL Broad Institute, 협업 프로젝트
부드러운. 독자적인 Vector NTI와 동등하며 DNA 시퀀스 파일을 분석 및 편집하는 도구입니다. ? GPL 마그누스 만스케
그로맥스 주로 단백질, 지질 및 핵산의 시뮬레이션을 위해 설계된 분자 역학 패키지. Linux, macOS, Windows Common Public 제노비즈
통합 게놈 브라우저 Java 기반 데스크톱 게놈 브라우저 Linux, macOS, Windows Common Public 제노비즈
인터마인 Java 및 JavaScript로 작성된 생물학적 데이터셋의 분석 및 통합을 위한 광범위한 데이터 웨어하우스 시스템 크로스 플랫폼 LGPL 케임브리지 대학교
LabKey 서버 소프트웨어 플랫폼을 통해 조직이 복잡한 바이오메디컬 데이터를 통합, 분석 및 공유할 수 있습니다. Linux, macOS, Windows 아파치 LabKey 소프트웨어 재단
램프 C++로 작성된 분자역학 프로그램 Linux, macOS, Windows 아파치 샌디아 국립 연구소.
나토루 16S rRNA 유전자 분석 소프트웨어 Linux, macOS, Windows ? 미시간 대학교
패스비시오 생물학적 경로 그리기, 분석 및 시각화를 위한 데스크톱 소프트웨어 Linux, macOS, Windows 아파치 2.0 마스트리히트 대학교
오렌지 C++로 작성된 컴포넌트 기반 데이터 마이닝 및 머신 러닝 소프트웨어 스위트. 탐색적 데이터 분석 및 인터랙티브 시각화를 위한 비주얼 프로그래밍 프런트 엔드, 스크립팅을 위한 Python 바인딩 및 라이브러리 제공 Linux, macOS, Windows GPL 류블랴나 대학교
SAM툴 Sam/bam 형식의 높은 처리량 시퀀싱 데이터 및 정렬과 상호 작용하기 위한 유틸리티 Unix/Linux MIT 콜라보레이션
SOAP 스위트 차세대 시퀀싱 데이터의 짧은 읽기 조립, 정렬 및 분석을 위한 도구 모음 Unix/Linux, macOS GPL BGI
Staden 패키지 시퀀스 조립, 편집 및 분석, 주로 갭4, 갭5, 스핀으로 구성됩니다.C, C++, Fortran 및 Tcl로 기재되어 있습니다. Linux, macOS, Windows BSD 웰컴 트러스트 생어 연구소, 의학 연구 협의회
타베르나 워크벤치 워크플로우를 설계 및 실행하기 위한 도구 Linux, macOS, Windows LGPL myGrid
T-REX(웹 서버) 계통수 및 계통발생 네트워크의 추론, 검증 및 가시화 웹 브라우저, Windows ? 퀘벡 대학교
우겐 통합 바이오 인포매틱스 도구, C++(Qt)로 작성 Linux, macOS, Windows GPL 2 유니프로
유니펙트 루비와 JavaScript로 작성된 메타프로테오믹스의 생물다양성 분석 웹 브라우저 MIT 겐트 대학교
VOTCA C++, Perl, BASH로 작성된 분자역학용 거친 입자 모델링 패키지 Linux, macOS, Windows, 기타 Unix 종류 Apache 라이센스 2.0 막스 플랑크 폴리머 연구소

「 」를 참조해 주세요.

레퍼런스

  1. ^ 바이오피톤 라이선스
  2. ^ "GeWorkbench License". geWorkbench. Columbia University. 15 June 2014.

외부 링크