Cell Profiler

CellProfiler
Cell Profiler
CellProfiler logo 2017.png
개발자Anne E. Carpenter, Thouis Jones, Lee Kamentsky, Allen Goodman, Claire McQuin 및 기타 (Broad Institute)
안정된 릴리스
4.2.1 / 2021년 7월 22일, 12개월 전(2021-07-22)
저장소
운영 체제임의(Python 기반)
유형이미지 처리이미지 분석
면허증.BSD 3절
웹 사이트www.cellprofiler.org

Cell[1][2] Profiler는 무료 오픈 소스 소프트웨어입니다.컴퓨터 비전이나 프로그래밍에 관한 트레이닝을 받지 않고도 수천 개의 이미지에서 자동으로 표현형을 정량적으로 측정할 수 있습니다.이미지 분석을 위한 고급 알고리즘은 파이프라인을 형성하기 위해 함께 순차적으로 배치될 수 있는 개별 모듈로 사용할 수 있습니다. 그런 다음 파이프라인을 사용하여 이미지, 특히 형광 현미경을 통해 얻은 생물학적 개체와 특징을 식별하고 측정합니다.

배포는 Microsoft Windows, macOSLinux에서 사용할 수 있습니다.Cell Profiler의 소스 코드는 자유롭게 사용할 [3]수 있습니다.Cell Profiler는 Broad Institute의 Imaging [4]Platform에 의해 개발되었습니다.

특징들

Cell Profiler는 가장 일반적인 현미경 이미지 [5]형식을 읽고 분석할 수 있습니다.생물학자들은 일반적으로 CellProfiler를 사용하여 관심 대상 개체(예를 들어 세포, 군체, C. elegans 웜)를 식별한 후 [6]해당 개체의 특성을 측정합니다.조도 보정 전용 모듈을 전처리 공정으로 적용하여 조명의 [7]불균형으로 인한 왜곡을 제거해도 된다.오브젝트 식별(세그멘테이션)은 머신러닝 또는 화상 임계값화, 뭉친 오브젝트의 인식과 분할, 크기 또는 [8]형상에 근거한 오브젝트의 제거 또는 병합을 통해 이루어진다.이러한 각 단계는 고유한 영상 분석을 위해 사용자가 사용자 정의할 수 있습니다.

형태학, 강도 텍스처를 포함하여 식별된 각 세포 또는 세포 하위 구획에 대해 광범위한 측정이 생성될 수 있습니다.이러한 측정은 기본 제공 보기 및 플롯 데이터 도구를 사용하거나 쉼표로 구분된 스프레드시트 [9]형식으로 내보내거나 MySQL 또는 SQLite [10]데이터베이스로 가져와 액세스할 수 있습니다.

CellProfiler는 고성능 과학 라이브러리 NumPy SciPy, Open Microscopy[11] Environment Consortium의 Bio-Formats 라이브러리, 플러그인 및 매크로 사용을 위한 ImageJ, 픽셀 기반 [12]분류를 위한 ilastik과 인터페이스합니다.CellProfiler는 다수의 2차원 이미지(가장 일반적인 고콘텐츠 스크리닝 이미지 형식)에 맞게 설계 및 최적화되어 있지만 소규모 실험 및 시간 지연 [13]동영상 분석을 지원합니다.

역사

CellProfiler는 Whitehead Institute for Biomedical Research와 Massachusetts Institute of Technology의 과학자들[14]의해 2005년 12월에 출시되었습니다.현재는 Broad [15]Institute의 Imaging Platform에 있는 Cimini Lab에 의해 개발 및 유지보수되고 있습니다.

원래는 [14]MATLAB에서 개발되었으며,[2] Python으로 다시 작성되어 2010년에 CellProfiler 2.0으로 출시되었습니다.3D 이미지 스택의 볼륨 분석과 옵션 딥 러닝 모듈을 지원하는 버전 3.0은 2017년 [16]10월에 출시되었습니다.CellProfiler 4.0은 2020년 9월에 출시되었으며 Python [17]3으로의 마이그레이션의 가장 주목할 만한 예와 함께 속도, 사용성 및 유틸리티 향상에 초점을 맞췄다.

지역 사회

Cell Profiler는 무료 오픈 소스 프로젝트이기 때문에 누구나 Cell Profiler의 새로운 모듈로 자체 이미지 처리 알고리즘을 개발하여 프로젝트에 [18]기여할 수 있습니다.Cell Profiler 웹사이트에는 토론 포럼이 있습니다.이 포럼에서는 신규 사용자는 보통 프로젝트의 [19]크리에이터에 의해 질문에 답할 수 있습니다.

레퍼런스

  1. ^ Carpenter AE, Jones TR, Lamprecht MR, Clarke C, Kang IH, Friman O, Guertin DA, Chang JH, Lindquist RA, Moffat J, Golland P, Sabatini DM (2006). "CellProfiler: image analysis software for identifying and quantifying cell phenotypes". Genome Biology. 7 (10): R100. doi:10.1186/gb-2006-7-10-r100. PMC 1794559. PMID 17076895.
  2. ^ a b Kamentsky L, Jones TR, Fraser A, Bray MA, Logan DJ, Madden KL, Ljosa V, Rueden C, Eliceiri KW, Carpenter AE (April 2011). "Improved structure, function and compatibility for CellProfiler: modular high-throughput image analysis software". Bioinformatics. 27 (8): 1179–80. doi:10.1093/bioinformatics/btr095. PMC 3072555. PMID 21349861.
  3. ^ "CellProfiler wiki". GitHub. December 2016.
  4. ^ "Imaging Platform". Broad Institute. 2018.
  5. ^ "CellProfiler — Bio-Formats 5.2.1 documentation". www.openmicroscopy.org. Retrieved 2016-08-29.[영구 데드링크]
  6. ^ Lamprecht, Michael R.; Sabatini, David M.; Carpenter, Anne E. (2007-01-01). "CellProfiler: free, versatile software for automated biological image analysis". BioTechniques. 42 (1): 71–75. doi:10.2144/000112257. ISSN 0736-6205. PMID 17269487.
  7. ^ Singh, S.; Bray, M.-A.; Jones, T. R.; Carpenter, A. E. (2014-12-01). "Pipeline for illumination correction of images for high-throughput microscopy". Journal of Microscopy. 256 (3): 231–236. doi:10.1111/jmi.12178. ISSN 1365-2818. PMC 4359755. PMID 25228240.
  8. ^ "IdentifyPrimaryObjects". d1zymp9ayga15t.cloudfront.net. Retrieved 2016-08-29.
  9. ^ "ExportToSpreadsheet". d1zymp9ayga15t.cloudfront.net. Retrieved 2016-08-29.
  10. ^ "ExportToDatabase". d1zymp9ayga15t.cloudfront.net. Retrieved 2016-08-29.
  11. ^ "Open Microscopy Environment". Retrieved 2018-05-07.
  12. ^ "CellProfiler/CellProfiler". GitHub. Retrieved 2016-08-29.
  13. ^ Bray, Mark-Anthony; Carpenter, Anne E. (2015-01-01). "CellProfiler Tracer: exploring and validating high-throughput, time-lapse microscopy image data". BMC Bioinformatics. 16: 368. doi:10.1186/s12859-015-0759-x. ISSN 1471-2105. PMC 4634901. PMID 26537300.
  14. ^ a b "What Is the Key Best Practice for Collaborating with a Computational Biologist?". Cell Systems. 3 (1): 7–11. 2016. doi:10.1016/j.cels.2016.07.006. PMID 27467242.
  15. ^ {{weburl=https://cimini-lab.broadinstitute.org/}개요
  16. ^ Carpenter, AE (2017-10-16). "CellProfiler 3.0 release: faster, better, and 3D". CellProfiler Blog.
  17. ^ "CellProfiler 4.0 Release: Improvements in speed, utility, and usability". carpenterlab.broadinstitute.org. Retrieved 2020-10-16.
  18. ^ "CellProfiler/CellProfiler". GitHub. Retrieved 2016-08-29.
  19. ^ "CellProfiler". forum.cellprofiler.org. Retrieved 2016-08-29.

외부 링크