피지 (소프트웨어)

Fiji (software)
피지
개발자요하네스 쉰델린, 이그나시오 아르간다 카레라스, 알버트 카르도나, 마크 롱에어, 벤자민 슈미드 등
안정적 해제
2.9.0 / 2022년 9월 14일; 12개월 전 (2022-09-14)[1]
저장소github.com/fiji/fiji
기재.자바
운영체제Java 지원이 있는 any
유형영상처리 및 영상분석
면허증.GPL v3[2](일부 플러그인의 라이센스가 서로[3] 다름)
웹사이트fiji.sc
Windows 11에서 피지의 스크린샷

피지(피지 이즈 저스트 이미지 J)[4][5]는 ImageJ2를 기반으로 한 오픈 소스 이미지 처리 패키지입니다.

피지의 주요 목적은 많은 번들 플러그인과 함께 ImageJ2 배포판을 제공하는 것입니다.피지는 통합 업데이트 시스템을 갖추고 있으며 일관성 있는 메뉴 구조, 상세한 알고리즘 설명 및 튜토리얼 형태의 광범위한 문서화, 다양한 소스의 여러 구성 요소를 설치할 필요를 방지하는 기능을 사용자에게 제공하는 것을 목표로 합니다.

피지는 또한 Just-in-Time Java 개발뿐만 아니라 BeanShell, Jython, JRuby, Clojure, Groovy, Java Script 및 기타 스크립트 언어를 지원하는 스크립트 편집기 형태의 버전 제어 시스템, 이슈 추적기, 전용 개발 채널 및 신속 프로토타이핑 인프라를 사용하여 개발자를 대상으로 합니다.

플러그인

다양한 응용 프로그램을 제공할 뿐만 아니라 다양한 품질을 제공하는 Image J용 플러그인이 많이 존재합니다.[6]

또한 일부 플러그인에는 특정 버전의 ImageJ, 특정 버전의 타사 라이브러리 또는 Java 컴파일러 또는 Java 3D와 같은 추가 Java 구성 요소가 필요합니다.

피지의 주요 목표 중 하나는 ImageJ, Java, Java 3D, 플러그인 및 더욱 편리한 구성 요소를 가능한 한 쉽게 설치하는 것입니다.그 결과 피지는 점점 더 적극적인 사용자를 확보하고 있습니다.[7]

관객

피지는 원래 신경과학자들을[8] 위한 것이었지만, 세포생물학,[9] 기생충학,[10] 유전학, 생명과학, 재료과학 등 다양한 분야의 과학자들을 끌어들이기에 충분한 기능성을 축적했습니다.공식 웹사이트에 명시된 바와 같이, 비록 피지가 일반적으로 과학적 이미지 분석을 돕는 많은 도구를 제공하지만, 주요 초점은 "생명 과학"입니다.[11]

피지는 3D Viewer가[12] 빛 현미경을 통해 얻은 데이터를 시각화하는 데 도움을 주고 등록,[13] 분할 및 기타 고급 이미지 처리 알고리즘을 제공하는 생명 과학 커뮤니티에서 가장 인기가 있습니다.

피지 성분 TrakEM2는 유충 드로소필라 뇌의 신경 계통을 분석하는 데 성공적으로 사용되고 향상되었습니다.[14]

피지는 시각화에 관한 네이처 메소드 리뷰 부록에 눈에 띄게 등장했습니다.[15]

발전

피지는 완전 오픈 소스입니다.소스는 공용 Git 저장소에 있습니다.

피지는 Google Summer of Code 2009에 단체로 승인되어 두 개의 프로젝트를 완료했습니다.

자바스크립트, Jython, JRuby, Clojure, BeanShell 및 기타 언어를 지원하는 스크립트 프레임워크는 피지 개발에 필수적인 부분입니다. 많은 개발자가 언급된 스크립트 언어 중 하나로 플러그인을 프로토타입화하고 점진적으로 프로토타입을 적절한 자바 코드로 변환합니다.이를 위해 앞서 언급한 Google Summer of Code 프로젝트 중 하나로 구문 강조와 in-place 코드 실행이 포함된 스크립트 편집기를 추가하였습니다.

스크립트 프레임워크는 피지 릴리스에 포함되어 있으므로 고급 사용자는 해당 스크립트를 공통 워크플로우에서 사용할 수 있습니다.

이 개발은 컴퓨터 배경을 가진 생명과학자들이 만나 각각의 관심 플러그인을 개선하는 가끔 해커톤의 혜택을 받습니다.

스크립트 편집기

피지의 스크립트 편집기는 스크립트 및 ImageJ 플러그인의 신속한 프로토타이핑을 지원하므로 피지는 ImageJ를 사용하여 새로운 이미지 처리 알고리즘을 개발하고 새로운 이미지 처리 기술을 탐색할 수 있는 강력한 도구가 됩니다.[16][17]

지원되는 플랫폼

피지는 Windows, Linux 및 Mac OS X, Intel 32비트 또는 64비트에서 실행되며 Mac OS X/PPC는 제한적으로 지원됩니다.

참고문헌

  1. ^ "Tags - fiji/fiji". Retrieved 26 November 2022 – via GitHub.
  2. ^ "LICENSE.txt file". Retrieved 25 November 2022 – via GitHub.
  3. ^ "LICENSES file". Retrieved 25 November 2022 – via GitHub.
  4. ^ 1차 참조:
  5. ^ 피지는 2008년 11월 ImageJ 사용자 및 개발자 컨퍼런스에서 처음으로 공개 발표되었습니다.
  6. ^ 2008년 11월 제2회 ImageJ 사용자 및 개발자 컨퍼런스와 2010년 10월 제3회 ImageJ 및 사용자 개발자 컨퍼런스에서의 프레젠테이션 비교.
  7. ^ 피지 사용 지도와 비교
  8. ^ Longair Mark; Baker DA; Armstrong JD. (2011). "Simple Neurite Tracer: Open Source software for reconstruction, visualization and analysis of neuronal processes". Bioinformatics. 27 (17): 2453–4. doi:10.1093/bioinformatics/btr390. PMID 21727141.
  9. ^ Preibisch S, Saalfeld S, Tomancak P (April 2009). "Globally Optimal Stitching of Tiled 3D Microscopic Image Acquisitions". Bioinformatics. 25 (11): 1463–5. doi:10.1093/bioinformatics/btp184. PMC 2682522. PMID 19346324.{{cite journal}}: CS1 유지 : url-status (링크)
  10. ^ Hegge S, Kudryashev M, Smith A, Frischknecht F (May 2009). "Automated classification of Plasmodium sporozoite movement patterns reveals a shift toward productive motility during salivary gland infection". Biotechnology Journal. 4 (6): 903–13. doi:10.1002/biot.200900007. PMID 19455538. S2CID 7371409. Archived from the original on 1 August 2009.
  11. ^ 피지 위키, 2012-11-01 검색.
  12. ^ Benjamin Schmid; Johannes Schindelin; Albert Cardona; Mark Longair; Martin Heisenberg (2010). "A high-level 3D visualization API for Java and ImageJ". BMC Bioinformatics. 11: 274. doi:10.1186/1471-2105-11-274. PMC 2896381. PMID 20492697.
  13. ^ Stephan Preibisch; Stephan Saalfeld; Johannes Schindelin; Pavel Tomancak (2010). "Software for bead-based registration of selective plane illumination microscopy data". Nature Methods. 7 (6): 418–419. doi:10.1038/nmeth0610-418. PMID 20508634. S2CID 39609830.
  14. ^ Albert Cardona; Stephan Saalfeld; Ignacio Arganda; Wayne Pereanu; Johannes Schindelin; Volker Hartenstein (2010). "Identifying Neuronal Lineages of Drosophila by Sequence Analysis of Axon Tracts". The Journal of Neuroscience. 30 (22): 7538–7553. doi:10.1523/JNEUROSCI.0186-10.2010. PMC 2905806. PMID 20519528.
  15. ^ Thomas Walter; David W Shattuck; Richard Baldock; Mark E Bastin; Anne E Carpenter; Suzanne Duce; Jan Ellenberg; Adam Fraser; Nicholas Hamilton; Steve Pieper; Mark A Ragan; Jurgen E Schneider; Pavel Tomancak; Jean-Karim Hériché (2010). "Visualization of image data from cells to organisms". Nature Methods. 7 (3s): S26–S41. doi:10.1038/nmeth.1431. PMC 3650473. PMID 20195255.
  16. ^ 2010년 10월 제3회 사용자 및 개발자 컨퍼런스에서 피지의 스크립팅(Fiji Is Just ImageJ)
  17. ^ 알버트 카르도나의 급강하 코스인 자이썬이 피지와 함께 대본을 쓰고 있습니다.

외부 링크