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DECIPHER
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DEFRICE 트랙이 활성화된 상태에서 Ensangel을 사용하여 본 인간 참조 게놈의 한 부분. 빨간색 막대는 이 지역 전체에서 삭제된 익명 환자의 개별적 돌연변이를 나타내며, 녹색 막대는 이 지역 전체에서 중복이 발생한 환자를 나타낸다. 표시된 부위는 17q21.3 재발 마이크로 삭제 증후군을 가진 환자에서 누락된 염색체 부분을 포괄한다.

DEFRICE는 환자 DNA 분석을 통한 유전체 변화 데이터의 웹 기반 리소스 및 데이터베이스다.[1][2][3] 25,000명 이상의 환자로부터 서브마이크론 염색체 이상(마이크로디션 및 중복)과 병원성 시퀀스 변형(단일 뉴클레오티드 변형 - SNV, 삽입, 삭제, InDels)을 문서화하고 Encensel 또는 UCSC 게놈 브라우저를 사용하여 인간 게놈에 매핑한다.[1][2][4] 또한 각 환자의 임상 특성을 분류하고 관련 과학 보고서 및 지원 그룹에 대한 링크와 함께 마이크로 삭제/복제 증후군 데이터베이스를 유지 관리한다.[1][5]

엔상블 자원을 이용한 인간 내 염색체 불균형과 표현형의 DatabasE의 약자로, DEFRICE는 Wellcome Trust의 자금으로 2004년 영국의 Sanger Institute에서 시작되었다.[1] 그러나 33개국에서 240개 이상의 임상 유전학 센터가 제공한 환자 데이터로 국제 연구 컨소시엄의 지원을 받고 있다. 각 센터는 경험이 풍부한 임상 유전학자와 상급 분자 세포유전학자로 대표된다.[6]

목표

염색체 삭제의 도식적 표현. DEFRICE는 환자에서 검출된 소량의 삭제를 인간 게놈 프로젝트에 의해 생성된 참조 게놈에 매핑한다.

DEAPCH는 웰컴 트러스트 생거 연구소의 나이젤 카터와 캠브리지 애든브룩 병원의 임상 유전학 컨설턴트인 헬렌 퍼스가 2004년에 설립했다. 여기에는 다음과 같은 세 가지 주요 목표가 있다.[6][7]

  • 알려진 병원성 변형, 기타 그럴듯하게 병원성 변형 및 인구 변동의 맥락에 배치하여 게놈 광범위한 분석에서 가능한 병원성 변형을 해석할 수 있도록 지원
  • 현재 인간 참조 게놈의 최신 기능 주석과 시퀀스 및 구조 변형을 비교하기 위해 앙상블 도구를 사용하여 가능한 기능적 영향을 가진 병원성 변형에 주석 달기(예: 특정 복사 번호 변종(마이크로삭제/마이크로 프로덕션) 또는 시퀀스 변종에 대해 어떤 유전자가 관여하는지를 정의한다.그들은 유전자 또는 규제 요소 안에 위치한다.
  • 희귀질환의 진단, 관리, 치료를 개선하기 위해 인간의 건강과 발전에 영향을 미치는 유전자 연구에 대한 연구를 촉진한다.

임상 유전학자, 세포유전학자, 분자생물학자를 위한 도구로서 DEFRICE는 환자에서 확인된 유전자 복사 번호 변동이 임상적으로 중요한지 여부를 결정하기 위해 사용된다. 회원들은 그들의 환자들에게서 변형된 DNA의 영역 내의 유전자를 시각화할 수 있고, 질병에 연루되어 있는 것으로 알려진 유전자가 있는지 확인할 수 있다. 염색체 불균형은 발달지연, 학습장애, 결합이상 등의 주요 원인이며, Nature Genetics의 Emily Niemitz에 따르면, 이 데이터베이스는 유사한 임상적 특성을 가진 환자를 가진 연구자와 임상의사들 간의 협업을 촉진하며, 이는 "n" 발견을 뒷받침할 수 있다.ew 신드롬과 임상적으로 중요한 유전자의 인식에 있어."[4][5]

과정

환자는 등록된 컨소시엄 구성원에 의해 DEFRICE에 입력된다. 일반적으로 임상 유전학자는 환자의 DNA에 대한 염색체 분석(일반적으로 마이크로 어레이 기반)을 주선한다. 잠재적 미세 삭제/생성이 확인될 수 있지만 의학적 의미는 알려져 있지 않다.[8] 임상의는 암호로 보호된 제한된 DEFRICE 데이터베이스에 익명화된 데이터를 입력하고 염색체 삭제/복제 위치 및 크기를 참조 게놈에 매핑할 수 있다. DECIPHER을 이용해서, 임상 의사, 여부 임상 의의(예를 들어, 종양 억제 유전자가 삭제되었음)[9] 알고 있고 Ensembl 유전체 브라우저에 있어서 이 지역이 DECIPHER에 다른consented 환자들이 보는 방법을 결정하는 특정 유전자를 deletion/duplication의 영향을 확인할 수 있다. ov삭제/[8]삭제 시간 단축 이를 통해 복사 번호 변경이 정상적인 다형성 변종인지 또는 환자의 임상 증상의 가능한 원인인지를 더 잘 확인할 수 있다. 그런 다음 임상의는 삭제/복제의 가능한 중요성과 환자의 건강에 미치는 영향에 대해 환자에게 상담할 수 있다.[8]

각 환자의 데이터는 익명으로 표시되며, 관련된 유전자형 및 임상 증상 세트(페노타입)를 가진 ID로만 표시된다. 환자 데이터는 컨소시엄의 다른 구성원이 접근할 수 있도록 하고 환자가 동의서에 서명하면 앙상블을 통해 볼 수 있다.[8] 사전동의에 따라 익명화된 삭제/복제 및 표현형은 접근 수준이 서로 다른 DEAPT 컨소시엄 구성원과 공용 사용자에게 볼 수 있게 된다(예: 기록된 사용자만 데이터를 입력한 센터의 연락처 세부사항을 볼 수 있다). 환자에 대한 더 많은 정보를 찾고자 하는 공공 사용자는 DEFRICE에 요청을 보낼 수 있으며, DEFRICE는 이를 제출 센터를 담당하는 임상의 코디네이터에게 전달한다.

DEFRICE에 축적된 대부분의 환자들은 일반 인구에서 발생률이 매우 낮은 유전적 돌연변이를 보인다. 따라서 동일한 임상의사가 유사한 환자를 만날 확률도 낮다. DEFRICE는 전 세계 어느 공인 임상의나 세포유전학자에게나 개방되기 때문에 유사한 희귀 사례를 발견할 가능성이 크게 높아진다. 이러한 임상 유전 정보의 온라인 공유는 마이크로 디레션/생성 및 이와 연관된 병원성 표현형에 대한 이해를 증진시킬 뿐만 아니라 새로운 신드롬의 발견을 촉진시켰다.[10][11][12][13] 2014년 1월 현재, 2만 3천명 이상의 환자가 동의된 DEFRICE 데이터베이스에 입력되었다.

윤리 및 프라이버시

환자 데이터를 DEFRICE에 입력하기 위한 적절한 동의는 제출 임상의가 획득한다.[14] 환자 동의는 언제든지 철회할 수 있으며, 그 데이터는 제거된다.[7] 보호자 부모 동의로 아동 기록이 표시되는 경우가 많다. DEFRICE는 아이가 16세가 되면 입국을 알게 되고 참가자로써 탈퇴하거나 계속할 수 있는 기회를 얻게 된다고 조언한다.[7] DEFRICE를 사용하는 각 회원 센터는 해당되는 경우 자체 기관 또는 국가의 연구 윤리 위원회의 윤리적 승인을 받는다. 영국에서는 정보위원실에 1998년 데이터보호법에 따라 DEFRICE에 관한 통지를 받았다.[14] 이 프로젝트는 인간 유전학, 계산 생물학, 윤리 및 법률 분야의 자문 위원회 대표가 감독한다.[15]

정보의 프라이버시를 보장하기 위해 데이터는 암호화된 TLS/SSL 연결을 통해 제공된다. 공인된 의료 연구 센터의 신뢰할 수 있는 개인만이 다른 환자를 제출한 센터의 신원에 접근할 수 있다(협업을 원할 경우 환자의 임상의에게 연락하도록 허용). 공공의 구성원은 제출된 센터의 신원 없이 DEFRICE 및 Ensemble에서 익명으로 동의된 환자 데이터를 검색할 수 있다.[8][14]

참고 항목

참조

  1. ^ a b c d Firth HV, Richards SM, Bevan AP, Clayton S, Corpas M, et al. (April 2009). "DECIPHER: Database of Chromosomal Imbalance and Phenotype in Humans Using Ensembl Resources". Am. J. Hum. Genet. 84 (4): 524–33. doi:10.1016/j.ajhg.2009.03.010. PMC 2667985. PMID 19344873.
  2. ^ a b Swaminathan GJ; Bragin E; Chatzimichali EA; Corpas M; et al. (2012). "DECIPHER: web-based community resource for clinical interpretation of rare variants in developmental disorders". Hum. Mol. Genet. 21 (R1): R37–R44. doi:10.1093/hmg/dds362. PMC 3459644. PMID 22962312.
  3. ^ Bragin E; Chatzimichali EA"; et al. (2014). "DECIPHER: database for the interpretation of phenotype-linked plausibly pathogenic sequence and copy-number variation". Nucleic Acids Res. 42 (Database issue): D993–D1000. doi:10.1093/nar/gkt937. PMC 3965078. PMID 24150940.
  4. ^ a b Stewart, A; Brice, P; Burton, H (2007). Genetics, health care, and public policy: an introduction to public health genetics. Cambridge University Press. p. 159. ISBN 978-0-521-52907-5.
  5. ^ a b Niemitz, E (2009). "DECIPHERing chromosomal imbalances". Nature Genetics. 41 (5): 514. doi:10.1038/ng0509-514.
  6. ^ a b "About DECIPHER". Wellcome Trust Sanger Institute. Retrieved 12 February 2014.
  7. ^ a b c Firth, HV (January 2009). "Welcome to the DECIPHER database: An introduction for Families" (PDF). Wellcome Trust Sanger Institute. Retrieved 12 February 2014.[영구적 데드링크]
  8. ^ a b c d e Firth, HV. "Data Flow Chart for the DECIPHER Database" (PDF). Wellcome Trust Sanger Institute. Archived from the original (PDF) on 19 May 2015. Retrieved 12 February 2014.
  9. ^ OMIM에 열거된 유전자를 포함하여 확립된 임상적 중요성의 유전자가 각인된 유전자로 부각된다.
  10. ^ Shaw-Smith C, Redon R, Rickman L, et al. (April 2004). "Microarray based comparative genomic hybridisation (array-CGH) detects submicroscopic chromosomal deletions and duplications in patients with learning disability/mental retardation and dysmorphic features". J. Med. Genet. 41 (4): 241–8. doi:10.1136/jmg.2003.017731. PMC 1735726. PMID 15060094.
  11. ^ Shaw-Smith C, Pittman AM, Willatt L, et al. (September 2006). "Microdeletion encompassing MAPT at chromosome 17q21.3 is associated with developmental delay and learning disability". Nat. Genet. 38 (9): 1032–7. doi:10.1038/ng1858. PMID 16906163.
  12. ^ Zahir F, Firth HV, Baross A, et al. (September 2007). "Novel deletions of 14q11.2 associated with developmental delay, cognitive impairment and similar minor anomalies in three children". J. Med. Genet. 44 (9): 556–61. doi:10.1136/jmg.2007.050823. PMC 2597953. PMID 17545556.
  13. ^ Malan V, Raoul O, Firth HV, et al. (September 2009). "19q13.11 deletion syndrome: a novel clinically recognisable genetic condition identified by array comparative genomic hybridisation". J. Med. Genet. 46 (9): 635–40. doi:10.1136/jmg.2008.062034. PMID 19126570.
  14. ^ a b c Firth, HV. "Ethical framework for DECIPHER" (PDF). Wellcome Trust Sanger Institute. Retrieved 24 June 2010.[영구적 데드링크]
  15. ^ "DECIPHER Advisory Board". Wellcome Trust Sanger Institute. Retrieved 24 June 2010.

외부 링크