다양성 창출 레트로 엘리먼트

Diversity-generating retroelement

다양성 생성 레트로 요소(DGRs)는 Bordetella page(BPP-1)[1]에서 처음 발견되었고 이후 박테리아(예: 박테리아)에서 발견되었다.Treponema[2] denticola 및 Regionella pneumophila[3], Archian virus(예: ANMV-1),[4] 온대 화지(예: Hankechage[5] 및 CrAss 유사 화지[6]), 용해 화지.[7]DGRs는 특정 표적 단백질의 특정 영역, 예를 들어 BPP-1의 파지 테일 섬유, 레지오넬라 기흉필라의 리포단백질(Legionella pneumophila 병의 배후에 있는 병원체), 트레포네마 치아의 TvpA(구강 관련 페리오파토겐)[8]를 돌연변이시킴으로써 숙주에 유익하다.오류 발생 가능성이 높은 역전사 효소는 표적 단백질에서 이러한 초가변 영역을 생성하는 데 책임이 있다(변성 역호밍).변이원성 역호밍에서는 변이원화된 cDNA(실질적인 A~N의 돌연변이를 포함한다)가 템플릿 영역(TR)에서 역전사되어 가변 영역(VR)이라고 불리는 템플릿 영역과 유사한 세그먼트로 치환된다.보조 가변성 결정인자(Avd) 단백질은 DGR의 또 다른 성분이며, 오류 발생 가능성이 높은 RT와의 복합 형성은 돌연변이 유발 [9][10]리호밍에 중요하다.

DGR은 숙주의 진화와 생존에 도움이 됩니다.염증성 장질환(IBD) 환자가 건강한 사람에 비해 대변 샘플에 더 많은 화지가 있지만 F.Prausnitzii가 적기 때문에 소화기계에 대한 파지 적응에 역할을 하는 것으로 여겨지는 DGRs를 포함하고 있으며, 이러한 파지가 질병 동안 활성화됨을 시사한다.F.prausnitzii [11]고갈을 트리거할 수 있습니다.DiGReF,[12] DGRScan,[13] MetaCST,[14] myDGR[15] 등 DGR을 식별하기 위한 여러 툴이 구현되어 있습니다.

「 」를 참조해 주세요.

레퍼런스

  1. ^ Doulatov, Sergei; Hodes, Asher; Dai, Lixin; Mandhana, Neeraj; Liu, Minghsun; Deora, Rajendar; Simons, Robert W.; Zimmerly, Steven; Miller, Jeff F. (2004-09-30). "Tropism switching in Bordetella bacteriophage defines a family of diversity-generating retroelements". Nature. 431 (7007): 476–481. Bibcode:2004Natur.431..476D. doi:10.1038/nature02833. ISSN 0028-0836. PMID 15386016. S2CID 1849829.
  2. ^ Nimkulrat, Sutichot; Lee, Heewook; Doak, Thomas G.; Ye, Yuzhen (2016-06-03). "Genomic and Metagenomic Analysis of Diversity-Generating Retroelements Associated with Treponema denticola". Frontiers in Microbiology. 7: 852. doi:10.3389/fmicb.2016.00852. ISSN 1664-302X. PMC 4891356. PMID 27375574.
  3. ^ Arambula, D.; Wong, W.; Medhekar, B. A.; Guo, H.; Gingery, M.; Czornyj, E.; Liu, M.; Dey, S.; Ghosh, P.; Miller, J. F. (2013-04-30). "Surface display of a massively variable lipoprotein by a Legionella diversity-generating retroelement". Proceedings of the National Academy of Sciences. 110 (20): 8212–8217. Bibcode:2013PNAS..110.8212A. doi:10.1073/pnas.1301366110. ISSN 0027-8424. PMC 3657778. PMID 23633572.
  4. ^ Paul, Blair G.; Bagby, Sarah C.; Czornyj, Elizabeth; Arambula, Diego; Handa, Sumit; Sczyrba, Alexander; Ghosh, Partho; Miller, Jeff F.; Valentine, David L. (2015-03-23). "Targeted diversity generation by intraterrestrial archaea and archaeal viruses". Nature Communications. 6 (1): 6585. Bibcode:2015NatCo...6.6585P. doi:10.1038/ncomms7585. ISSN 2041-1723. PMC 4372165. PMID 25798780.
  5. ^ Benler, Sean; Cobián-Güemes, Ana Georgina; McNair, Katelyn; Hung, Shr-Hau; Levi, Kyle; Edwards, Rob; Rohwer, Forest (2018-10-23). "A diversity-generating retroelement encoded by a globally ubiquitous Bacteroides phage". Microbiome. 6 (1): 191. doi:10.1186/s40168-018-0573-6. ISSN 2049-2618. PMC 6199706. PMID 30352623.
  6. ^ Morozova, Vera; Fofanov, Mikhail; Tikunova, Nina; Babkin, Igor; Morozov, Vitaliy V.; Tikunov, Artem (2020-05-22). "First crAss-Like Phage Genome Encoding the Diversity-Generating Retroelement (DGR)". Viruses. 12 (5): 573. doi:10.3390/v12050573. ISSN 1999-4915. PMC 7290462. PMID 32456083.
  7. ^ Hedzet, Stina; Accetto, Tomaž; Rupnik, Maja (2020-10-10). "Lytic Bacteroides uniformis bacteriophages exhibiting host tropism congruent with diversity generating retroelement". dx.doi.org. doi:10.1101/2020.10.09.334284. S2CID 222349191. Retrieved 2020-11-08.
  8. ^ Le Coq, J.; Ghosh, P. (2011-08-22). "Conservation of the C-type lectin fold for massive sequence variation in a Treponema diversity-generating retroelement". Proceedings of the National Academy of Sciences. 108 (35): 14649–14653. Bibcode:2011PNAS..10814649L. doi:10.1073/pnas.1105613108. ISSN 0027-8424. PMC 3167528. PMID 21873231.
  9. ^ Alayyoubi, Maher; Guo, Huatao; Dey, Sanghamitra; Golnazarian, Talin; Brooks, Garrett; Rong, Andrew; Miller, Jeffery; Ghosh, Partho (2013-02-05). "Structure of the Essential Diversity-Generating Retroelement Protein bAvd and Its Functionally Important Interaction with Reverse Transcriptase". Structure. 21 (2): 266–276. doi:10.1016/j.str.2012.11.016. ISSN 0969-2126. PMC 3570691. PMID 23273427.
  10. ^ Handa, Sumit; Jiang, Yong; Tao, Sijia; Foreman, Robert; Schinazi, Raymond F; Miller, Jeff F; Ghosh, Partho (2018-07-11). "Template-assisted synthesis of adenine-mutagenized cDNA by a retroelement protein complex". Nucleic Acids Research. 46 (18): 9711–9725. doi:10.1093/nar/gky620. ISSN 0305-1048. PMC 6182149. PMID 30007279.
  11. ^ Cornuault, Jeffrey K.; Petit, Marie-Agnès; Mariadassou, Mahendra; Benevides, Leandro; Moncaut, Elisabeth; Langella, Philippe; Sokol, Harry; De Paepe, Marianne (2018-04-03). "Phages infecting Faecalibacterium prausnitzii belong to novel viral genera that help to decipher intestinal viromes". Microbiome. 6 (1): 65. doi:10.1186/s40168-018-0452-1. ISSN 2049-2618. PMC 5883640. PMID 29615108.
  12. ^ Schillinger, Thomas; Lisfi, Mohamed; Chi, Jingyun; Cullum, John; Zingler, Nora (2012). "Analysis of a comprehensive dataset of diversity generating retroelements generated by the program DiGReF". BMC Genomics. 13 (1): 430. doi:10.1186/1471-2164-13-430. ISSN 1471-2164. PMC 3521204. PMID 22928525.
  13. ^ Ye, Yuzhen (2014-08-15). "Identification of Diversity-Generating Retroelements in Human Microbiomes". International Journal of Molecular Sciences. 15 (8): 14234–14246. doi:10.3390/ijms150814234. ISSN 1422-0067. PMC 4159848. PMID 25196521.
  14. ^ Yan, Fazhe; Yu, Xuelin; Duan, Zhongqu; Lu, Jinyuan; Jia, Ben; Qiao, Yuyang; Sun, Chen; Wei, Chaochun (2019-07-19). "Discovery and characterization of the evolution, variation and functions of diversity-generating retroelements using thousands of genomes and metagenomes". BMC Genomics. 20 (1): 595. doi:10.1186/s12864-019-5951-3. ISSN 1471-2164. PMC 6642488. PMID 31324156.
  15. ^ Sharifi, Fatemeh; Ye, Yuzhen (2019-05-03). "MyDGR: a server for identification and characterization of diversity-generating retroelements". Nucleic Acids Research. 47 (W1): W289–W294. doi:10.1093/nar/gkz329. ISSN 0305-1048. PMC 6602519. PMID 31049585.