에리히2

ERICH2
에리히2
식별자
별칭ERIH2, 글루타민 리치 2
외부 IDMGI: 1913998 호몰로진: 75226 GeneCard: ERICH2
직교체
종인간마우스
엔트레스

285141

66748

앙상블

ENSG00000204334

ENSMUSG00000075302

유니프로트

A1L162

n/a

RefSeq(mRNA)

NM_001289947
NM_001290030
NM_001290031

NM_025744

RefSeq(단백질)

NP_001276876
NP_001276959
NP_001276960

n/a

위치(UCSC)n/aChr 2: 70.34 – 70.37Mb
PubMed 검색[2][3]
위키다타
인간 보기/편집마우스 보기/편집

글루탐산염 풍부한 단백질 2는 인간의 단백질로서 ERICH2라는 유전자에 의해 암호화된 것이다.이 단백질은 특히 고환에서 남성 조직에서 많이 발현되며, 단백질은 특히 핵올리 섬유질 중심과 이들 고환세포의 배실체에서 발견된다.[4]단백질은 히스톤 수정과 적절한 히스톤 기능에 역할을 할 수 있음을 나타내는 여러 단백질 상호작용을 가지고 있다.[5]

유전자

국립생명공학정보센터(NCBI)에서 설명한 ERICH2 유전자 위치.

ERICH2는 2Q31.1의 인간 염색체 2에 위치한다.[6]그것은 10개의 뚜렷한 전우들을 포함하고 있다.유전자 자체는 2만8930개의 염기쌍이며 EIF2S2P4와 GAD1 유전자가 나란히 있다.[6]ERICH2 유전자의 알려진 파라로그는 없다.

mRNA

ERICH2 전사에서는 세 가지 검증된 고유 mRNA 변형이 생성된다.가장 긴 대본변형은 1,388개의 염기쌍으로 이 중 1,311개가 코딩이다.[6]두 번째 변종은 5' UTR의 첫 번째 변종과 다르다.또한 변형 1과 비교하여 코딩 순서 차이와 뚜렷한 N-단자 차이를 가지고 있다.[6]변형 3은 몇 개의 exon이 없고, 구별되는 3' UTR 및 C-단말 부위가 있다.또한 이 변형은 1,063개의 염기쌍에서 다른 두 개보다 짧다.[6]

ERICH2 단백질의 만화.녹색 상자는 PHA03247 도메인을 나타내고, 오렌지 상자는 아드레날린 사이트를 나타내고, 파란색 상자는 cAMP와 cGMP 의존 단백질 키나아제 결합 사이트를 나타낸다.회색 상자 라벨 P는 Proline이 풍부한 영역을 나타내며, 회색 상자 라벨은 멀리 떨어져 있는 맞춤법 전체에 보존되어 있다.회색 태그는 인산화 부위를 나타내며, 빨간색 깃발은 글루탐산 아미노산을 나타낸다.만화 위쪽의 녹색 선은 Pat4 핵 지역화 신호를 나타내고 회색 괄호는 Pat7 지역화 신호를 나타낸다.

단백질

ERICH2 단백질은 길이가 436개의 아미노산이며, 분자량은 약 48,000 kD이며,[7] 등전점은 약 5이다.[7]단백질은 아미노산 프로라인이 풍부하고 타이로신과 글리신이 낮은 것으로 결정된다.

모티브 및 도메인

ERICH2의 개념적 번역.인트론-엑슨 경계는 노란색으로 강조되어 있다.PHA03247 도메인은 연회색을 강조한다.아세틸레이션 사이트는 주황색 글꼴로 되어 있다.아드레날린 사이트는 연한 청색 글씨체로 되어 있다.c-AMP 및 c-GMP 종속 단백질 키나제 인산화 부위가 강조 표시된다.인산화 부위는 분홍색 텍스트로 되어 있다.원거리 직교에서 가장 많이 보존된 부위는 녹색으로 강조 표시된다.베타 가닥 구조는 검은색 화살표로 표현된다.알파 나선 구조는 보라색 화살표로 표현된다.

인간의 ERICH2 단백질에서 알려진 두 개의 모티브가 발견되었다.KKNT 모티브는 cAMP-와 cGMP에 의존하는 단백질 인산화 작용으로, 이 단백질 모티브는 영장류에서만 발견되었다.[8]또한 포유류에게 보존된 FGR 모티브가 있는데, 그것은 아드레날린 현장으로 정의된다.[9]마지막으로 ERICH2 단백질은 32개의 아미노산인 PHA03247 도메인을 포함한다.[6]이 영역은 일반적으로 맞춤법을 통해 보존되지 않으며 함수를 알 수 없다.그것은 헤르페스 버이온을 구성하는 단백질에 존재한다.[10]

구조 및 국산화

2차 구조 예측은 알파 나선형 1개와 베타 가닥 형성을 보여준다.알파 나선은 ERICH2 단백질 만화에서 볼 수 있는 보존된 전체 부분을 포괄한다.베타 가닥은 아미드화 부위에서 12개의 아미노산이 나올 것으로 예측되며 4개의 아미노산을 포함한다.[11]단백질에서 4개의 핵 국산화 신호와 2개의 pat4 신호, 2개의 pat7 신호가 발견되었으며, 그 위치는 만화에서 보여진다.[12]이 단백질이 핵 안에 존재한다는 것은 78%로 예측된다.[12]

표현

대장암의 CACO-2 세포 라인에서 인간 세포의 형광 투시법을 통해 ERICH2 항체의 존재를 알 수 있으며, 미관 및 DNA가 강조되었다.그림은 주로 뉴클레올리 섬유소 중심과 베실체에 있는 ERICH2 단백질의 위치를 보여준다.[13]

ERICH2는 보편적으로 표현되지 않는다.그러나 그것은 발달한 태아의 맥락막과 성인의 고환에서 좁게 표현되는 것으로 나타났다.[14]폐와 여성 조직 표현도 있었지만 표현은 크게 줄었다.[15]단백질은 특히 핵올리 섬유질 중심과 세포 내 배실체에 위치한다.[4][16]

표현규정

ERICH2 단백질에 대한 많은 인산화 부위가 예측된다.티로신에서는 세린과 세레오닌에서만 예측되는 것이 없다.[17][18]단백질의 N-terminus에도 예측 아세틸화 현장이 있으며, 특히 세 번째 아미노산에서도 예측된다.[19]많은 SOX/SRY-섹스/고환자들이 ERIC2의 전사들을 구속하고 조절할 것으로 예측된다.[20]

함수

상호작용 단백질

ERICH2는 H2A 계열의 단백질과 상호작용한다.[5][16]H2A 단백질은 히스톤의 옥타머 구조에서 특히 역할을 한다.ERICH2는 특히 H2AFY 단백질과 상호작용하는 것으로 알려져 있는데, 이 단백질은 안정적인 X 염색체 불활성화에 핵심적인 역할을 하며 특정 뉴클레오솜에서 정상적인 H2A를 대체하여 전사를 억제함으로써 기능할 수 있다.[21]

ERICH2는 또한 특정 암세포의 성장과 증식 조절과 배실 밀매에 작용하는 단백질 SDCB1과 상호작용하는 것으로 알려져 있다.[22]

IWS1 단백질은 또한 ERICH2와 상호작용한다.이 단백질은 전사 인자로 기능하며 RNA 중합효소 II 신장 복합체의 구성을 정의하는 데 핵심적인 역할을 한다.[23]이 콤플렉스는 히스톤 수정과 적절한 스플라이싱의 역할을 한다.

2-하이브리드 검사와 다른 단백질 상호작용 방법은 PSORS1C2 단백질과의 상호작용을 보여주었지만, 이 단백질의 기능은 여전히 알려져 있지 않다.[5]

호몰로지

ERICH2 단백질의 파라로그는 알려져 있지 않다.ERICH2에는 여러 세사에 걸쳐 124개의 알려진 직교법이 있다.[6]

속과 종 공용 이름 분기일(MYA)[24] 시퀀스 길이(aa) 시퀀스 ID 시퀀스 유사성
호모 사피엔스 인간 0 436 -- --
호세투스 이집트아목 이집트 과일박쥐 94 430 58% 63%
프로피테쿠스 공동의 코크렐시파카 74 323 54% 60%
무스 무스쿨루스 마우스 90 463 47% 56%
우르수스 마리티무스 북극곰 94 296 50% 53%
앨리게이터 미시시피엔시스 아메리카 악어 320 370 28% 38%
탐노피스시탈리스 커먼 가터 스네이크 320 309 27% 37%
칼로힌추스 밀리 오스트레일리아의 유령 상어 465 319 22% 33%
다니오 레리오 제브라 피쉬 432 310 24% 30%
강황색반지반죽반지반죽 보라색 바다 우르친 627 470 23% 25%
크라소스트레아 기가스 퍼시픽 오이스터 758 293 17% 22%
베미시아타바시 실버리프 화이트플라이 758 213 13% 14%
트라이코플렉스 아해렌스 트리코플렉스 930 164 12% 15%

참조

  1. ^ a b c GRCm38: 앙상블 릴리스 89: ENSMUSG000075302 - 앙상블, 2017년 5월
  2. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  3. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ a b "Cell atlas - ERICH2 - The Human Protein Atlas". www.proteinatlas.org. Retrieved 2017-02-17.
  5. ^ a b c "Results - mentha: the interactome browser". mentha.uniroma2.it. Retrieved 2017-04-27.
  6. ^ a b c d e f g "ERICH2 glutamate rich 2 [Homo sapiens (human)] - Gene - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Retrieved 2017-02-17.
  7. ^ a b Kramer, Jack (1990). "Biology WorkBench 3.2".[영구적 데드링크]
  8. ^ "PROSITE". prosite.expasy.org. Retrieved 2017-02-26.
  9. ^ "PROSITE". prosite.expasy.org. Retrieved 2017-02-26.
  10. ^ Ludwig, Adriana; Krieger, Marco Aurelio; Ludwig, Adriana; Krieger, Marco Aurelio (2016-12-01). "Genomic and phylogenetic evidence of VIPER retrotransposon domestication in trypanosomatids". Memórias do Instituto Oswaldo Cruz. 111 (12): 765–769. doi:10.1590/0074-02760160224. ISSN 0074-0276. PMC 5146736. PMID 27849219.
  11. ^ Pearson, William (1999). "Biology workbench". SDSC Biology workbench. Retrieved 2017-02-15.[영구적 데드링크]
  12. ^ a b "PSORT II Prediction". psort.hgc.jp. Retrieved 2017-05-07.
  13. ^ "Cell atlas - ERICH2 - The Human Protein Atlas". www.proteinatlas.org. Retrieved 2017-04-27.
  14. ^ European Molecular Biology Lab. "Expression Atlas".
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  16. ^ a b Database, GeneCards Human Gene. "ERICH2 Gene - GeneCards ERIC2 Protein ERIC2 Antibody". www.genecards.org. Retrieved 2017-05-07.
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  18. ^ "NetPhos 3.1 Server". www.cbs.dtu.dk. Retrieved 2017-05-07.
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  20. ^ "Genomatix: Genome Annotation and Browser: Query Input". www.genomatix.de. Retrieved 2017-05-07.
  21. ^ "H2AFY - Core histone macro-H2A.1 - Homo sapiens (Human) - H2AFY gene & protein". www.uniprot.org. Retrieved 2017-04-27.
  22. ^ "SDCBP - Syntenin-1 - Homo sapiens (Human) - SDCBP gene & protein". www.uniprot.org. Retrieved 2017-04-27.
  23. ^ Database, GeneCards Human Gene. "IWS1 Gene - GeneCards IWS1 Protein IWS1 Antibody". www.genecards.org. Retrieved 2017-05-07.
  24. ^ "TimeTree :: The Timescale of Life". www.timetree.org. Retrieved 2017-05-07.