변동 X선 산란

Fluctuation X-ray scattering
변동 산란 실험은 용액에 있는 여러 단백질(또는 다른 입자)의 일련의 X선 회절 스냅샷을 수집합니다.초박형 X선 레이저는 각도가 비등방성(스펙클)인 특징을 포함하는 빠른 스냅샷을 제공하여 궁극적으로 샘플의 구조를 자세히 이해할 수 있습니다.

변동 X선 산란(FXS)[1][2]소각 X선 산란(SAXS)과 유사한 X선 산란 기술이지만 샘플 회전 확산 시간 미만의 X선 노출을 사용하여 수행됩니다.자유 전자 레이저와 같은 초광도 X선 광원으로 이상적으로 수행되는 이 기술은 기존 산란 방법에 [3]비해 훨씬 더 많은 정보를 포함하는 데이터를 생성합니다.

FXS는 (대형) 고분자 [4]구조를 결정하는 데 사용될 수 있지만 금속 나노 구조,[5] 자기 영역[6] 및 콜로이드 [7]특성화에도 적용되고 있습니다.

FXS의 가장 일반적인 설정은 모델의 빠른 회절 스냅숏을 촬영하여 장기간에 걸쳐 완전한 3D 회전을 하는 상황입니다.FXS의 특히 흥미로운 서브클래스는 샘플을 랜덤한 평면 내 회전을 나타내는 입자를 가진 2차원 시스템으로 볼 수 있는 2D 케이스입니다.이 경우 FXS 데이터와 [8]구조물에 관련된 분석 솔루션이 존재합니다.대칭 제약이 없는 경우, 다양한 반복 절차가 개발되었지만 3D 사례에 대한 분석 데이터 대 구조 관계를 사용할 수 없다.

개요

FXS 실험은 다른 임의 구성에서 샘플의 많은 X선 스냅샷을 수집하는 것으로 구성됩니다.각 화상에 대한 각도 강도 상관관계를 계산하고 모든 스냅샷에 걸쳐 평균 2점 상관함수를 유한한 Legendre 변환함으로써 이른바 Bl(q,q') 곡선의 수집을 할 수 있다.여기서 l은 Legendre 다항식 순서이고 q/q'는 da의 운동량 전달 또는 역분해능이다.타타

수학적 배경

변동 X선 산란에서 수학적 관계를 시각적으로 표현하면 전자 밀도, 산란 진폭, 회절 강도 및 각도 상관 데이터 간의 관계를 알 수 있습니다.수정된[3] 이미지

밀도 분포( { 입자가 주어졌을 때, 관련된 3차원 A {A(\{ 푸리에 변환을 통해 구해진다.

복합 구조 인자에 해당하는 강도 함수는 다음과 같습니다.

여기서^{*})은 복잡한 활용을 나타냅니다.I( ){ I{q 구면 고조파 급수로 하면 다음과 같이 된다.

많은 회절 k ( , q) { _에서 구한 평균 각도 강도 상관관계는 다음과 같습니다.

라는 것을 알 수 있다

어디에

λ{\lambda\displaystyle}는 엑스 레이 파장 사용한과 함께, 그리고.

P나는({\displaystyle P_{나는}(\cdot)}은 르장드르 Polynome.B나는(q,q ′){\displaystyle B_{나는}(q,q의)}곡선의 집합이 관찰된 자기 상관 C2(q,q ′,Δϕ q){\displaystyle C_{2}(q,q',\Delta \phi_{q})}에서 유한한 르장드르 변환을 통해 있고로 직접적으로 보상하는 구조체에(r){\displaystyle \rho(\mathbf{r})}ρ을 통해 관련된 획득할 수 있다.위의 표현입니다.

추가적인 관계는 밀도의(r){\displaystyle \gamma(\mathbf{r})}γ 현실 공간의 자기 상관을 득하: 얻을 수 있다.

강도 함수에 대한 푸리에 변환을 통해 관련된 반경 방향 팽창 계수에γ(r){\displaystyle \gamma(\mathbf{r})}의 구면 harmonics 시리즈에서 뒤이어 일어난 확장 결과.

이러한 관계에 대한 간결한 개요는 다른 곳에서 출판되었습니다[1][3].

기본 관계

데이터의 저해상도 동작을 기술하는 일반화된 Guinier 법칙은 위의 식에서 도출할 수 있습니다.

l {\ {\ 저해상도 데이터의 [3]최소 제곱 분석에서 얻을 수 있습니다.

고해상도의 데이터 폴오프는 Porod 법칙에 따라 결정됩니다.SAXS/WAXS 데이터에 대해 도출된 Porod 법칙도 여기에 포함되므로 결과적으로 다음과 같은 결과가 초래된다는 것을[3] 알 수 있습니다.

인터페이스가 잘 정의된 파티클의 경우.

FXS 데이터에 의한 구조 결정

현재, 대응하는 FXS 데이터에서 분자 구조를 결정하는 세 가지 경로가 있다.

대수적 단계

최종 모델의 특정 대칭 구성을 가정함으로써 기초종의 산란 패턴을 기술하는 팽창 계수 간의 관계를 이용하여 측정 상관 데이터와 일치하는 회절 패턴을 결정할 수 있다.이 접근방식은 20면체[9] [10]및 헬리컬 모델에 대해 실현 가능한 것으로 나타났다.

리버스 몬테카를로

결정되는 구조를 독립 산란 복셀의 집합체로서 나타냄으로써 FXS 데이터에 의한 구조 결정이 글로벌 최적화 문제로 변환되어 시뮬레이트 [3]어닐링을 사용하여 해결할 수 있다.

다층 반복 페이싱

다계층 반복 단계 알고리즘(M-TIP)은 역 몬테카를로 절차와 관련된 수렴 문제를 극복하고 대수적 방법에 의해 필요에 따라 특정 대칭 구속조건을 사용하거나 도출할 필요가 없다.M-TIP 알고리즘은 ( Adisplaystylel}(q,q 관측치와 일치하도록 일련의 시행 구조 를 수정하는 단순하지 않은 투영법을 사용합니다.A 변환(\ A 의해 얻어진 실공간 이미지( {는 대칭성, 긍정성 및 콤팩트성을 적용하도록 수정된다.M-TIP 프로시저는 랜덤포인트부터 시작할 수 있어 컨버전스 [11]속성이 우수합니다.

레퍼런스

  1. ^ a b Kam, Zvi (1977). "Determination of Macromolecular Structure in Solution by Spatial Correlation of Scattering Fluctuations". Macromolecules. 10 (5): 927–934. Bibcode:1977MaMol..10..927K. doi:10.1021/ma60059a009.
  2. ^ Kam, Z.; M. H. Koch, and J. Bordas (1981). "Fluctuation x-ray scattering from biological particles in frozen solution by using synchrotron radiation". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 78 (6): 3559–3562. Bibcode:1981PNAS...78.3559K. doi:10.1073/pnas.78.6.3559. PMC 319609. PMID 6943555.
  3. ^ a b c d e f Malmerberg, Erik; Cheryl A. Kerfeld and Petrus H. Zwart (2015). "Operational properties of fluctuation X-ray scattering data". IUCrJ. 2 (3): 309–316. doi:10.1107/S2052252515002535. PMC 4420540. PMID 25995839.
  4. ^ Liu, Haiguang; Poon, Billy K.; Saldin, Dilano K.; Spence, John C. H.; Zwart, Peter H. (2013). "Three-dimensional single-particle imaging using angular correlations from X-ray laser data". Acta Crystallographica Section A. 69 (4): 365–373. doi:10.1107/S0108767313006016. ISSN 0108-7673. PMID 23778093.
  5. ^ Chen, Gang; Modestino, Miguel A.; Poon, Billy K.; Schirotzek, André; Marchesini, Stefano; Segalman, Rachel A.; Hexemer, Alexander; Zwart, Peter H. (2012). "Structure determination of Pt-coated Au dumbbellsviafluctuation X-ray scattering". Journal of Synchrotron Radiation. 19 (5): 695–700. doi:10.1107/S0909049512023801. ISSN 0909-0495. PMID 22898947.
  6. ^ Su, Run; Seu, Keoki A.; Parks, Daniel; Kan, Jimmy J.; Fullerton, Eric E.; Roy, Sujoy; Kevan, Stephen D. (2011). "Emergent Rotational Symmetries in Disordered Magnetic Domain Patterns". Physical Review Letters. 107 (25): 257204. Bibcode:2011PhRvL.107y7204S. doi:10.1103/PhysRevLett.107.257204. ISSN 0031-9007. PMID 22243108.
  7. ^ Wochner, Peter; Gutt, Christian; Autenrieth, Tina; Demmer, Thomas; Bugaev, Volodymyr; Ortiz, Alejandro Díaz; Duri, Agnès; Zontone, Federico; Grübel, Gerhard; Dosch, Helmut (2009). "X-ray cross correlation analysis uncovers hidden local symmetries in disordered matter". Proceedings of the National Academy of Sciences. 106 (28): 11511–11514. Bibcode:2009PNAS..10611511W. doi:10.1073/pnas.0905337106. ISSN 0027-8424. PMC 2703671. PMID 20716512.
  8. ^ Kurta, R. P.; Altarelli, M.; Weckert, E.; Vartanyants, I. A. (2012). "X-ray cross-correlation analysis applied to disordered two-dimensional systems". Physical Review B. 85 (18). arXiv:1202.6253. Bibcode:2012PhRvB..85r4204K. doi:10.1103/PhysRevB.85.184204. ISSN 1098-0121. S2CID 118605221.
  9. ^ Saldin, D. K.; H.-C. Poon, P. Schwander, M. Uddin, and M. Schmidt (2011). "Reconstructing an icosahedral virus from single-particle diffraction experiments". Optics Express. 19 (18): 17318–17335. arXiv:1107.5212. Bibcode:2011OExpr..1917318S. doi:10.1364/OE.19.017318. PMID 21935096. S2CID 17080094.{{cite journal}}: CS1 maint: 여러 이름: 작성자 목록(링크)
  10. ^ Poon, H.-C.; P. Schwander, M. Uddin, & D. K. Saldin (2011). "Fiber Diffraction without Fibers" (PDF). Physical Review Letters. 19 (18): 17318–17335. Bibcode:2013PhRvL.110z5505P. doi:10.1103/PhysRevLett.110.265505. PMID 23848897.{{cite journal}}: CS1 maint: 여러 이름: 작성자 목록(링크)
  11. ^ Donatelli, 제프리 J., 피터 H.Zwart과 제임스 A.Sethian(2015년)."변동에서 X선 촬영을로 진행되 단계 산란"(PDF).미국 국립 과학 아카데미의 아메리카 미국의 회보. 112(33):10286–10291.Bibcode:2015PNAS..11210286D. doi:10.1073/pnas.1513738112.PMC4547282.PMID 26240348.초기 판 온라인으로 앞서 출판.