LabKey 서버

LabKey Server
LabKey 서버
개발자랩키
안정된 릴리스
21.3 / 2021년 3월, 1년 전(2021-03)[1]
기입처자바
운영 체제크로스 플랫폼
면허증.Apache 라이센스 2.0
웹 사이트www.labkey.com

LabKey Server는 과학자들이 생물의학 연구 데이터를 통합, 분석 및 공유하는 데 사용할 수 있는 소프트웨어 스위트입니다.이 플랫폼은 다양한 데이터 소스 간에 웹 기반 쿼리, 보고 및 협업을 수행할 수 있는 안전한 데이터 저장소를 제공합니다.기본 플랫폼 위에 특정 과학 애플리케이션 및 워크플로우를 추가하고 데이터 처리 파이프라인을 활용할 수 있습니다.

면허증.

LabKey는 Apache [2]License에 따라 LabKey Server 및 해당 문서를 무료로 라이센스합니다.

언어와 확장성

기본 플랫폼은 Java로 작성되어 있습니다.Java 기반 모듈 또는 HTML, XML 및 JavaScript로 [3]작성된 단순 파일 기반 모듈을 추가하여 확장할 수 있습니다.이 플랫폼은 LabKey Server의 Java, JavaScript, R, Python, Perl 및 SAS 클라이언트 [4]라이브러리를 사용하여 확장할 수도 있습니다.

역사

원래 CPAS(Computational Proteomics Analysis System)로 알려진 LabKey Server는 Fred Hutchinson Cancer Research Center에서 Fred Hutch Computational Proteomics Lab에서 생성된 대량의 데이터를 관리하기 위해 개발되었습니다.2005년에 소규모 팀이 Hutch에서 독립하여 LabKey Software로 독립적으로 운영하기 시작했습니다.기부자들은 이 소프트웨어가 더 넓은 과학 [5][6][7]커뮤니티에 도움이 될 수 있다는 것을 깨달았습니다.

핵심 컴포넌트

LabKey Server는 질량 분석, 흐름 세포 측정, 마이크로 어레이, 마이크로 플레이트, ELISA, NAB 및 관찰 연구 정보를 포함한 모든 유형의 생물의학 데이터를 위한 안전한 데이터 저장소를 제공합니다.커스터마이즈 가능한 데이터 처리 파이프라인을 통해 생물의학 연구에 공통되는 대용량 데이터 파일을 업로드 및 처리할 수 있습니다.

이 플랫폼은 다음과 같은 여러 연구 분야에 대한 도메인별 지원도 제공합니다.

  • 관찰 연구.시간 경과에 따른 참가자, 피실험자 또는 동물에 대한 종적, 대규모 연구 관리를 지원합니다.임상 데이터와 검사 결과를 통합할 수 있습니다.
  • 프로테오믹스X! Tandem 검색 엔진, Trans-Proteomic Pipeline, 마스코트 및 Sequest와 같은 도구를 사용하여 높은 처리량 질량 분석 데이터를 처리할 수 있습니다.CAB와 함께 '실버 레벨 준거 데이터 서비스'로 인정받음IG 표준
  • 플로우 사이토메트리자동화된 품질 관리, 중앙 집중식 데이터 관리 및 웹 기반 데이터 공유를 지원합니다.FlowJo와 통합됩니다.

지카 오픈 리서치 포털

2016년 LabKey와 위스콘신-매디슨 대학의 Dave O'Connor 교수는 LabKey Server를 사용하여 Zika Open Research Portal [1]을 시작했습니다.이 포털은 ZEST(Zika Experimental Science Team) 멤버에 의해 생산되고 있는 실험 데이터에 직접 액세스할 수 있습니다.이 포털은 실시간 연구 [8][9]데이터를 공유하는 최초의 플랫폼으로서 과학계의 주목을 받았다.

오픈 소스 소프트웨어

Labkey는 다양한 방법으로 라이선스를 받습니다.소스 코드는 Community Edition의 핵심 기능 세트용으로 제공되며 Premium Edition도 제공됩니다.[10]

사용자

사용자는 개별 연구소에서 대규모 연구 컨소시엄까지 다양합니다.2017년 프로그램 사용자는 다음과 같습니다.[11]

출판물

  • Nelson, Elizabeth K; Piehler, Britt; Eckels, Josh; Rauch, Adam; Bellew, Matthew; Hussey, Peter; Ramsay, Sarah; Nathe, Cory; Lum, Karl; Krouse, Kevin; Stearns, David; Connolly, Brian; Skillman, Tom; Igra, Mark (2011). "LabKey Server: An open source platform for scientific data integration, analysis and collaboration". BMC Bioinformatics. 12: 71. doi:10.1186/1471-2105-12-71. PMC 3062597. PMID 21385461.
  • Rauch, Adam; Bellew, Matthew; Eng, Jimmy; Fitzgibbon, Matthew; Holzman, Ted; Hussey, Peter; Igra, Mark; MacLean, Brendan; et al. (2006). "Computational Proteomics Analysis System (CPAS): An Extensible, Open-Source Analytic System for Evaluating and Publishing Proteomic Data and High Throughput Biological Experiments". Journal of Proteome Research. 5 (1): 112–21. doi:10.1021/pr0503533. PMID 16396501.
  • Shulman, Nicholas; Bellew, Matthew; Snelling, George; Carter, Donald; Huang, Yunda; Li, Hongli; Self, Steven G.; McElrath, M. Juliana; De Rosa, Stephen C. (2008). "Development of an automated analysis system for data from flow cytometric intracellular cytokine staining assays from clinical vaccine trials". Cytometry Part A. 73A (9): 847–56. doi:10.1002/cyto.a.20600. PMC 2591089. PMID 18615598.
  • "The Best of Both Worlds: Integrating a Java Web Application with SAS Using the SAS/SHARE Driver for JDBC" (PDF).

레퍼런스

  1. ^ "Release Notes 21.3 (March 2021): /Documentation". labkey.org. Retrieved 2021-04-13.
  2. ^ "LabKey Frequently Asked Questions: /home". Labkey.org. Retrieved 2010-05-29.
  3. ^ "Building Modules: /home/Documentation". Labkey.org. Retrieved 2010-05-29.
  4. ^ "LabKey API: /Documentation". Labkey.org. Retrieved 2010-05-29.
  5. ^ "Computational Proteomics Laboratory". Proteomics.fhcrc.org. Archived from the original on 2010-06-16. Retrieved 2010-05-29.
  6. ^ http://www.fhcrc.org/content/public/en/news/center-news/2005/03/wizards-computational-science.html
  7. ^ "Center News - 1/5/06 - Center, NCI launch open-source software for proteomics analysis". Fhcrc.org. 2006-01-05. Retrieved 2010-05-29.
  8. ^ Butler, Declan (2016-02-23). "Zika researchers release real-time data on viral infection study in monkeys". Nature. Nature News. doi:10.1038/nature.2016.19438. S2CID 168146966. Retrieved 2016-02-23.
  9. ^ "Zika Data From the Lab, and Right to the Web". New York Times. 2016-07-18. Retrieved 2016-07-18.
  10. ^ "LabKey Server - Research's Most Flexible Software Platform for Insight".
  11. ^ "Our Clients LabKey Software". Labkey.com. Retrieved 2010-05-29.

외부 링크

  • 랩키. 랩키 공식 웹사이트야.제품, 기능 및 프로페셔널 커스터마이징에 대해 알아보십시오.
  • LabKey 지원 포털.문서 및 커뮤니티 포럼 등의 지원을 받으실 수 있습니다.