프로젝트 MinE

Project MinE

프로젝트 MinE는 근위축성 측삭경화증 환자 2명이 2013년 [1]6월 21일 세계 ALS의 날에 시작한 독립적인 대규모 전체 게놈 연구 프로젝트입니다.

근위축성 측삭경화증의 증상은 척수, 뇌간, 운동피질의 운동신경세포(운동뉴런)가 퇴화되면서 발생한다.이러한 변성의 정확한 원인은 알려지지 않았지만 환경적 노출과 유전적 요인이 질병에 대한 민감성에 영향을 미치는 것으로 생각된다.환자의 5~10%에서 가족력이 ALS에 양성입니다.그러나 각 혈통에서 유전 방식을 확립하는 것이 항상 가능한 것은 아니며, 모든 가족 사례가 진짜 멘델리아 또는 단성 질환을 앓는 것은 아니다.C9orf72 및 SOD1 유전자의 상염색체 우성 돌연변이는 상당수의 가족성 ALS 사례에서 발견된다.다른 유전자(예: VAPB [2], ANG, TARDBP 및 FUS)의 돌연변이가 보고되었지만, 훨씬 낮은 빈도와 가변 침투도로 발견되어 다른 유전자의 관여를 시사한다.

프로젝트 MinE는 ALS의 일반 유전자 변이 및 희귀 유전자 변이 모두에 대해 인간 게놈을 체계적으로 조사하는 연구 프로젝트입니다(유전자 "데이터 마이닝"은 프로젝트 이름을 설명합니다).이 프로젝트는 두 단계로 구성되며 게놈 전체 연관 연구(GWAS) 연구와 전체 게놈 염기서열 분석을 결합합니다.

  • 프로젝트 MinE의 단계 1은 ALS 환자의 DNA 샘플 300개의 전체 게놈 시퀀싱으로 구성되어 높은 충실도로 관련 하플로타입을 검출합니다(변종 호출 및 하플로타입 검출).이후 조사 대상 DNA 시료의 양을 15,000개, 건강한 대조군 20,000개(총 35,000개)로 늘림으로써 ALS에 대한 현재의 GWAS의 확대가 이루어지며, 전체 게놈 배열 결과를 이용한 치환이 이루어진다.이 두 과정을 결합하면 전체 게놈 배열 DNA 샘플의 비교적 작은 그룹이 GWAS의 > 500,000 단일 뉴클레오티드 다형성(SNP) 마커를 8,000,000 SNP 마커로 확장하고 정의에 따라 ALS 관련 변이를 포함할 것이다.
  • 프로젝트의 2단계에서는 전체 게놈 배열 샘플의 수를 15,000개의 ALS 샘플과 7,500개의 건강한 대조군을 포함하는 22,500개로 늘리는 것을 목표로 하고 있습니다.하이 스루풋의 차세대 시퀀싱이 적용됩니다.이 샘플 크기는 가족 맥락 밖에서 전체 게놈 염기서열 데이터를 신뢰성 있게 분석할 수 있을 만큼 충분히 큽니다.

프로젝트 MinE를 위해 채택된 접근법의 장기적인 이점은 당뇨병 [2]멜리투스, 암, 그리고 [3][4]다른 신경 질환을 포함한 다른 인간의 질병을 조사하는데 사용될 수 있는 많은 비 ALS 전체 게놈의 귀중한 카탈로그입니다.프로젝트 MinE는 전 세계적으로 근위축성 측삭경화증에 대한 가장 큰 유전자 연구이다.이 작업은 2013년 2분기에 시작되었으며 과학자, 산업계, 사회 재단 및 환자 간의 독특한 국제적 협업입니다.2016년 7월 25일 Nature Genetics의 2개 간행물에서 NEK1과 C21orf2가 새로운 ALS 위험 [5][6]유전자로 발견되었다.

레퍼런스

  1. ^ 프레스 릴리즈 프로젝트 MinE, 2013년 6월 21일:"Archived copy" (PDF). Archived from the original (PDF) on 2013-12-03. Retrieved 2014-05-09.{{cite web}}: CS1 maint: 제목으로 아카이브된 복사(링크)
  2. ^ Wang, Y; Nie, M; Li, W; Ping, F; Hu, Y; Ma, L; Gao, J; Liu, J (2011). "Association of Six Single Nucleotide Polymorphisms with Gestational Diabetes Mellitus in a Chinese Population". PLOS ONE. 6 (11): e26953. Bibcode:2011PLoSO...626953W. doi:10.1371/journal.pone.0026953. PMC 3214026. PMID 22096510.
  3. ^ Seshadri, Sudha; et al. (2010). "Genome-wide Analysis of Genetic Loci Associated With Alzheimer Disease". JAMA. 303 (18): 1832–1840. doi:10.1001/jama.2010.574. PMC 2989531. PMID 20460622.
  4. ^ Maraganore, DM; de Andrade, M; Lesnick, TG; Strain, KJ; Farrer, MJ; Rocca, WA; Pant, PV; Frazer, KA; Cox, DR; Ballinger, DG (2005). "High-resolution whole-genome association study of Parkinson disease". Am. J. Hum. Genet. 77 (5): 685–93. doi:10.1086/496902. PMC 1271381. PMID 16252231.
  5. ^ Van Rheenen, Wouter; et al. (2016). "Genome-wide association analyses identify new risk variants and the genetic architecture of amyotrophic lateral sclerosis". Nature Genetics. 48 (9): 1043–1048. doi:10.1038/ng.3622. PMC 5556360. PMID 27455348.
  6. ^ Kenna, Kevin P.; et al. (2016). "NEK1 variants confer susceptibility to amyotrophic lateral sclerosis". Nature Genetics. 48 (9): 1037–1042. doi:10.1038/ng.3626. hdl:2434/425939. PMC 5560030. PMID 27455347.

외부 링크