버지니아 공대 바이오콤플렉시티 연구소
Biocomplexity Institute of Virginia Tech |
 | |
| 좌우명 | 우트 프로심 (라틴어) |
|---|---|
영어 모토 | 내가 서브할 수 있는 것 |
| 확립된 | 2000 |
| 전무이사 | 크리스 배럿 |
| 위치 | , , |
| 연간 연구 포트폴리오 | 6,800만[1] 달러 |
| 소속 | 버지니아 공대 |
| 웹사이트 | bi.vt.edu |
버지니아 공대(Viocomplexity Institute of Virginia Tech, 구 버지니아 공대 생물정보학 연구소)는 생물정보학, 컴퓨터 생물학, 시스템 생물학을 전문으로 하는 연구 기관이다. 이 연구소는 50명 이상의 종신 재직자와 연구 교수진을 포함하여 250명 이상의 직원을 보유하고 있다. 이 연구소의 연구는 수학, 컴퓨터 과학, 생물학, 식물 병리학, 생화학, 시스템 생물학, 통계학, 경제학, 합성 생물학, 의학과 같은 다양한 분야의 협력을 포함한다. 연구소는 인간, 동물, 식물 질병 연구뿐만 아니라 새로운 백신, 약물, 진단 대상의 발견에도 적용할 수 있는 -omic 및 생물정보 도구와 데이터베이스를 개발한다.
이 연구소의 프로그램은 국립보건원, 국립과학재단, 미국 국방부, 미국 농업부, 미국 에너지부 등 다양한 정부 및 민간 기관에서 지원하고 있다. 바이오콤플렉스 연구소는 설립 이후 1억7,900만 달러 이상의 외부 지원을 받았다. 그것은 총 6,800만 달러의 연구 포트폴리오를 가지고 있다. 이 연구소의 전무이사는 크리스 배럿이었다.
2019년 버지니아 공대의 바이오콤플렉시티 연구소와 이니셔티브를 결성하기 위해 바렛 박사 등 많은 교수진들이 채용된 후 버지니아 공대의 프랄린 생명과학 연구소로 흡수되었다.[2]
역사
이 연구소는 2000년 7월 버지니아 공대 기업연구센터의 우주공간에서 개관했으며, 2002년 이 연구소를 유치하기 위해 설계된 Building XI(Building X)로 이전하기 전까지 잠시 동안 개최되었다.[citation needed] 2005년 1월 버지니아 공대 캠퍼스 내 '생물정보학 시설 1단계와 2단계'라는 새로운 건물로 입주하였으나 CRC에 기존 공간을 유지하였다.[citation needed] 2011년, 이 연구소는 국립 수도 지역 사무실을 버지니아 알링턴에 있는 버지니아 공대 건물로 옮겼다.[1] 2015년 버지니아 생물정보학연구소는 조용히 이름을 바꾸고 '생물콤플렉스 연구소'[3]로 브랜드화했다. 2016년 11월, 버지니아 공대 메인 캠퍼스에 있는 이 연구소의 홈페이지는 찰스 스테거 전 버지니아 공대 총장의 뒤를 이어 스테거 홀(Steger Hall)로 헌정되었다.[4]
주요 연구부문
Advanced Computing and Informatics Laboratics는 Network Dynamics and Simulation Science Laboratory를 포함한 "정책 정보학"을 전담한다. 대규모 생물학적, 정보적, 사회적, 기술적 시스템을 이해하기 위한 상호작용 기반 모델링, 시뮬레이션 및 관련 분석, 실험 설계, 의사결정 지원 도구의 연구 개발을 추진한다. 그것은 미국 군부에 가능한 위기로 인해 영향을 받는 인구들에 대한 상세한 작전 정보를 제공하기 위한 시스템을 개발하기 위한 포괄적 국가 사건 관리 시스템 프로젝트를 포함한다. 초대형 네트워크 연구를 위한 고성능 컴퓨터 모델 개발 작업을 지원하는 '대형·상세·공진화 네트워크 모델링 질병역학' 프로젝트도 포함돼 있다.
사이버 인프라 부서는 주로 감염병 연구를 위한 방법, 인프라, 자원을 개발한다. "병리시스템 자원통합센터 - 세균질병 생물정보자원센터"는 병원균에 대한 정보를 통합하고 유전체, 단백질 및 기타 감염병 연구에서 발생하는 데이터를 분석하기 위한 자원 및 도구를 제공하는 것을 목적으로 한다. 생물학적 오류 및 신종 감염병에 대한 신속한 방어가 가능하도록 연구에 중점을 둔 '중대서양 생물학 및 신종 감염병 연구 우수센터'의 일부다. 조사 중인 특정 질병과 질병 유발요인으로는 탄저균, 웨스트나일 바이러스, 천연두, 크립토스포리디온증 등이 있다. 이 부서는 조지타운 대학과 국립알레르기 및 감염병 연구 지원 프로테오노믹스 연구 자원 센터의 행정센터 사회과학시스템과 협력하고 있다.바이오디펜스 프로테오믹스 연구 프로젝트를 위한 R (PRC). 이 팀은 각 PRC에서 생성된 데이터와 기술 프로토콜, 그리고 공공 배포에 이용 가능한 시약과 제품을 나열하는 카탈로그를 포함하는 공개적으로 액세스할 수 있는 웹 사이트를 설계, 개발 및 유지하도록 돕는다.
생물시스템과는 실험 데이터를 이용하여 생화학 네트워크를 연구하기 위한 연산 방법을 개발한다. 수학 경험이 부족한 사용자가 생화학 네트워크의 모델과 시뮬레이션을 구성할 수 있는 오픈소스 소프트웨어 패키지인 COPASI(Complex Pathway Simulator)를 개발했다. 또한 합성 생물학을 위한 웹 기반 컴퓨터 보조 설계 환경인 GenoCAD도 개발했다.
의학정보시스템과는 인간의 유전학과 질병, 특히 암과 신경계 질환에 초점을 맞추고 있다. 카리온 클리닉, 버지니아 공대 의과대학 및 정부 기관과 협력한다.
주요 연구실
ACDIL의[clarification needed] Network Dynamics and Simulation Science Laboratory는 크고 복잡한 시스템을 이해하기 위한 상호작용 기반 모델링, 시뮬레이션 및 관련 분석, 실험 설계 및 의사결정 지원 도구를 위한 프로그램을 추구한다. 매우 상세하고 고해상도 다중 규모의 컴퓨터 시뮬레이션은 이러한 시스템에 대한 공식적이고 실험적인 조사를 가능하게 한다.
사회·의사결정분석실험실은 공중보건정책, 국가·국제안보정책, 공공·사회정책 분야에서 분석기술의 이용·개발에 중점을 두고 있다.
영양면역학과 분자의학연구소는 장내 장내 면역의 근본적인 메커니즘을 조사하고 염증성 및 면역 매개 질환에 대한 바이오마커와 치료 대상을 규명하기 위해 2002년에 설립되었다. 이 센터는 염증성 장 질환에서 결합 리놀레산의 항염증 작용과 압시산 인슐린 감작 및 항염증 효과를 근간으로 하는 작용 메커니즘을 발견했다. 그것의 장내 병원균 프로그램에 대한 면역 모델링 센터는 인체 면역학 시스템을 모델링하고 시뮬레이션하기 위해 고성능 컴퓨팅 기술을 적용하고 있으며, 면역학자들이 실험 설계를 좁히고, 가설을 검증하고, 상당한 시간과 실험실 비용을 절약하기 위해 실리콘 실험에서 신속하게 수행하도록 돕고 있다. 이 실험실은 또한 버지니아 대학의 글로벌 건강 센터, 위내과, 채플 힐과 다른 의과대학의 노스캐롤라이나 대학과 협력하고 염증성 및 면역 매개 질환의 안전한 치료에 대한 몇 가지 인간 임상 실험을 주도하고 있다. 최근 카리온 클리닉의 위장병학과와 제휴를 맺고 염증성 장질환에 대한 공동번역 연구 프로그램을 개시하고 있다.
핵심 시설 및 서비스
이 연구소는 버지니아 공대 캠퍼스에 13만 평방피트(1만2000m2) 이상의 실험실 공간을 점유하고 있으며, 여기에는 유연성과 컴퓨터 및 실험실 시설을 위한 4만 평방피트(3700m2) 이상의 실험실 공간이 포함된다. 이 연구소는 버지니아 공대 수도권의 일부로 버지니아주 알렉산드리아에서 5천 평방피트(460m2)를 차지하고 있다. 연구소의 인프라에는 고투과 데이터 생성과 데이터 분석 기능을 통합한 핵심 시설이 포함된다.
Core Computing Facility에는 3개의 데이터 센터가 3,700평방피트2(340m) 이상에 위치하고 있으며, 250개 이상의 서버가 총 10.5테라바이트 이상의 랜덤 액세스 메모리를 보유하고 있으며, 2650개 이상의 프로세서 코어에 분산되어 있다. 1페타바이트 이상의 디스크와 3페타바이트의 테이프를 가진 저장 영역 네트워크를 가지고 있으며, 50페타바이트까지 확장할 수 있다.
게노믹스 연구실: 연구소의 본관에 6,500 평방피트(600m2)의 실험실 공간이 있다. 최첨단 Roche GS-FLX, Illumina, Ion Torrent 게놈 염기서열 분석기를 보유하고 있다. 여기에는 맞춤형 마이크로 어레이 설계, 샘플 처리 및 분석 서비스를 위한 Appymetrix National Custom Array Center가 포함된다.
데이터 분석 핵심: 원시 데이터에서 준비된 수치와 텍스트에 이르기까지 -omics 및 기타 데이터를 분석할 수 있는 턴키 서비스를 제공한다. 또한 Nexgen 시퀀스 어셈블리 및 주석, 마이크로 어레이 설계, 분석 및 해석, 대량 사양 데이터 분석, 데이터 QC, 가설 생성, 실험 설계, 통계 데이터 분석 등을 제공한다.
교육 및 홍보
K–12 프로그램에는 '키즈 테크 대학'(과학, 기술, 공학, 수학 분야에 대한 관심을 불러일으키기 위한 교육 연구 프로그램), 교사와 학생들을 위한 기후 변화 학생 서밋, 고등학교 여름 인턴십 등이 있다.
학부 과정에는 미생물학과 시스템 생물학 학부생을 위한 연구 경험과 외국인 및 국내 학생들을 위한 하계 연구소가 있다.
이 연구소는 버지니아 공대의 유전체학, 생물정보학, 컴퓨터 생물학 대학원 프로그램의 본거지로서 버지니아 공대 여러 학과의 학생들을 수용하고 있다.
참조
- ^ a b "About Virginia Bioinformatics Institute". October 23, 2015. Archived from the original on October 23, 2015. Retrieved May 27, 2021.
- ^ Korth, Robby Korth (April 24, 2019). "Following director's departure, Virginia Tech Biocomplexity Institute to close, be absorbed". Roanoke Times. Archived from the original on October 21, 2021. Retrieved December 30, 2021.
- ^ "New era of research begins with naming of the Biocomplexity Institute of Virginia Tech". Virginia Teach. Retrieved May 3, 2017.
- ^ "Steger Hall". Retrieved May 3, 2017.
외부 링크
- "Biocomplexity Institute of Virginia Tech website".
{{cite web}}: CS1 maint : url-status (링크)
