인플루엔자 게놈 염기서열 분석

Influenza Genome Sequencing Project
인플루엔자(독감)
H1N1 virus
종류들
백신
치료
유행병
발병
참고 항목

2004년 초에 시작된 인플루엔자 게놈 시퀀싱 프로젝트(IGSP)는 다양한 종 분포를 나타내는 분리된 개체 모음에서 완전한 인플루엔자 게놈 시퀀스의 공개 데이터 세트를 제공하여 인플루엔자 진화를 조사하고자 합니다.

이 프로젝트는 국립보건원(NIH)의 분과인 국립알레르기감염증연구소(NIAID)의 자금 지원을 받고 있으며, 유전체연구소(TIGR, 2006년에 벤터 연구소가 됨)의 NIAID 미생물 염기서열 분석 센터에서 운영되고 있습니다.프로젝트에서 생성된 시퀀스 정보는 GenBank를 통해 지속적으로 퍼블릭 도메인에 배치되었습니다.

오리진스

2003년 말, David Lipman, Lone Simonsen, Steven Salzberg, 그리고 다른 과학자들의 컨소시엄은 게놈 연구소 (TIGR)에서 많은 수의 인플루엔자 바이러스의 염기서열 분석을 시작하자는 제안을 썼습니다.이 프로젝트 이전에는 소수의 독감 게놈만 공개적으로 사용할 [citation needed]수 있었습니다.그들의 제안은 국립 보건원(NIH)에 의해 승인되었고, 나중에 IGSP가 될 것입니다.Elodie Ghedin이 이끄는 새로운 기술 개발은 그 해 말 TIGR에서 시작되었고, 100개 이상의 인플루엔자 게놈을 설명하는 첫 번째 출판물은 2005년 Nature 저널에 등장했습니다.

연구목표

이 프로젝트는 NIH가 자금을 지원하고 검색 가능한 국제 온라인 데이터베이스인 GenBank를 통해 모든 시퀀스 데이터를 공개적으로 제공합니다.이 연구는 국제 연구원들에게 새로운 백신, 치료법, 진단을 개발하는 데 필요한 정보를 제공할 뿐만 아니라 인플루엔자의 전반적인 분자 진화와 독성을 [citation needed]결정하는 다른 유전적 요인에 대한 이해를 향상시키는 데 도움이 됩니다.그러한 지식은 연간 인플루엔자 전염병의 영향을 완화하는 데 도움이 될 뿐만 아니라 대유행 인플루엔자 바이러스의 출현에 대한 과학적 지식을 향상시킬 수 있습니다.

결과.

이 프로젝트는 2005년 3월에 첫 번째 게놈을 완성했고 그 이후로 빠르게 가속화되었습니다.2008년 중반까지, H3N2(인간), H1N1(인간), H5N1([1]조류)의 많은 변종을 포함하여 인간(인간 독감) 조류(조류 독감)와 돼지(돼지 독감) 집단에서 풍토성인 인플루엔자 바이러스로부터 3000개 이상의 분리체가 완전히 배열되었습니다.

제휴 관계

이 프로젝트는 미국 보건복지부의 기관인 NIH의 구성 요소인 국립 알레르기 및 전염병 연구소(NIAID)의 자금 지원을 받습니다.

IGSP는 전문 지식과 인플루엔자 격리의 귀중한 컬렉션에 모두 기여한 협력자들의 목록을 포함하도록 확장되었습니다.초기의 주요 기여자들은 뉴욕의 마운트 시나이 의과대학의 피터 팰리스, 뉴욕 보건부의 워즈워스 센터의 질 테일러, 캔터베리 보건 연구소(뉴질랜드)의 랜스 제닝스, 군사 병리학 연구소의 제프 토벤버거를 포함했습니다.오하이오 주립대학의 리처드 슬레몬스와 세인트루이스의 롭 웹스터입니다.테네시 주 멤피스에 있는 주드 아동 병원입니다.

2006년 이 프로젝트는 이탈리아에 있는 Istituto Zooprofilattico Sperimentale del Venezie의 Ilaria Capua와 함께 참여했는데, 그는 조류 독감 격리체(여러 H5N1 변종 포함)의 귀중한 컬렉션을 제공했습니다.이러한 조류 격리체들 중 일부는 [2]2007년 신흥 감염증에 대한 출판물에 기술되었습니다.질병통제예방센터(CDC)의 낸시 콕스와 베일러 의과대학의 로버트 카우치도 2006년에 이 프로젝트에 참여하여 150개 이상의 인플루엔자 B 분리에 기여했습니다.

이 프로젝트는 보스턴 소아병원의 플로렌스 부르주아와 케네스 맨들, 하버드 공중보건대학원과 Surveillance Data Inc.[citation needed]의 로렐 에델만과 함께 2007년 인플루엔자 시즌에 대한 전향적인 연구를 시작했습니다.


레퍼런스

  1. ^ a b 게딘 E, 센가말레이 NA, 셤웨이 M, 자보르스키 J, 펠드블리움 T, 서브부 V, 스피로 DJ, 시츠 J, 구 H, 볼로토프 P, 데르노보이 D, 타투소바 T, 바오Y, 세인트 조지 K, 테일러 J, 립맨 DJ, 프레이저 CM, 타우벤버거 (2005년 10월, 살버그)."인플루엔자 대규모 염기서열 분석, 바이러스 게놈 진화의 역동성 밝혀"자연. 437 (7062): 1162–6.비브코드: 2005 Natur.437.1162G. doi:10.1038/nature04239. PMID 16208317. (PDF로 작성)
  2. ^ Salzberg SL, Kingsford C, Cattoli G, et al. (May 2007). "Genome analysis linking recent European and African influenza (H5N1) viruses". Emerging Infect. Dis. 13 (5): 713–8. doi:10.3201/eid1305.070013. PMC 2432181. PMID 17553249.

외부 링크