핵산 시뮬레이션 소프트웨어 비교

Comparison of nucleic acid simulation software

핵산 시뮬레이션에 사용되는 주목할 만한 컴퓨터 프로그램 목록입니다.

이름. 3D 표시 모델 빌드 분 MD MC 렘 Crt 내부 유효 기간 임프 리그 GPU 평. 면허증. 웹 사이트
전복 네. 네. 네. 네. 네. 네. 네. 아니요. 네. 네. 네. 네. DNA, 단백질, 리간드 공짜 민첩한 분자
오렌지[1] 아니요. 네. 네. 네. 아니요. 네. 네. 아니요. 네. 네. 네. 네, 그렇습니다[2]. 오렌지 힘장 독자 사양 ambermd.org
아스칼라프 디자이너 네. 네. 네. 네. 아니요. 아니요. 네. 아니요. 네. 네. 네. 아니요. 오렌지 무료, GPL biomolecular-modeling.com
문자 아니요. 네. 네. 네. 네. 아니요. 네. 아니요. 네. 네. 네. 아니요. CHARMM 힘장 독자 사양 charmm.org
CP2K 아니요. 아니요. 네. 네. 네. 네. 네. 아니요. 네. 아니요. 아니요. 네. 무료, GPL cp2k.org
예보관(장착)[3] 네. 아니요. 네. 아니요. 아니요. 아니요. 네. 아니요. 네. 아니요. 네. 아니요. 수분 배치로 핵산에 대한 소분자 도킹 학계용 무료, 독자 사양 분자 예보기
ICM[4] 네. 네. 네. 아니요. 네. 아니요. 아니요. 네. 아니요. 네. 아니요. 아니요. 글로벌 최적화 독자 사양 몰소프트
점나[5] 아니요. 네. 네. 아니요. 아니요. 아니요. 아니요. 네. 아니요. 네. 아니요. 아니요. 독자 사양
MDynaMix[6] 네. 네. 아니요. 네. 아니요. 아니요. 네. 아니요. 네. 아니요. 네. 아니요. 공통 MD 무료, GPL 스톡홀름 대학교
분자 조작 환경(MOE) 네. 네. 네. 네. 아니요. 아니요. 네. 아니요. 네. 아니요. 네. 아니요. 독자 사양 케미컬 컴퓨팅 그룹
핵산 빌더(NAB)[7] 아니요. 네. 아니요. 아니요. 아니요. 아니요. 아니요. 아니요. 아니요. 아니요. 아니요. 아니요. 비정상적인 DNA, RNA 모델을 생성합니다. 무료, GPL 뉴저지 대학교
나노스케일 분자역학(NAMD) 네. 아니요. 네. 네. 아니요. 아니요. 네. 아니요. 네. 아니요. 네. 네. 고속 병렬 MD, CUDA 공짜 일리노이 대학교
옥스DNA 네. 네. 네. 네. 네. 네. 네. 아니요. 아니요. 네. 아니요. 네. DNA, RNA의 거친 입자 모델 무료, GPL dna.physics.ox.ac.uk

LAMPS CG-DNA

QRNAS [10] 아니요. 아니요. 네. 아니요. 아니요. 아니요. 네. 아니요. 아니요. 네. 아니요. 아니요. 앰버력장을 이용한 RNA, DNA 및 하이브리드 모델의 고해상도 미세화. 무료, GPL 지네실리코 깃헙
SimRNA[11] 네. 네. 아니요. 아니요. 네. 네. 네. 네. 아니요. 네. 아니요. 아니요. RNA의 거친 입자 모델링 학회용, 독자 사양용 무료 지네실리코
SimRNA웹 네. 네. 아니요. 아니요. 네. 네. 네. 네. 아니요. 네. 아니요. 아니요. RNA의 거친 입자 모델링 공짜 지네실리코
야사라 네. 네. 네. 네. 아니요. 아니요. 네. 아니요. 네. 아니요. 네. 아니요. 인터랙티브 시뮬레이션 독자 사양 www.YASARA.org

「 」를 참조해 주세요.

레퍼런스

  1. ^ Cornell W.D.; Cieplak P.; Bayly C.I.; Gould I.R.; Merz K.M., Jr.; Ferguson D.M.; Spellmeyer D.C.; Fox T.; Caldwell J.W.; Kollman P.A. (1995). "A Second Generation Force Field for the Simulation of Proteins, Nucleic Acids, and Organic Molecules". J. Am. Chem. Soc. 117 (19): 5179–5197. CiteSeerX 10.1.1.323.4450. doi:10.1021/ja00124a002.
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  3. ^ Wei, Wanlei; Luo, Jiaying; Waldispühl, Jérôme; Moitessier, Nicolas (24 June 2019). "Predicting Positions of Bridging Water Molecules in Nucleic Acid-Ligand Complexes". Journal of Chemical Information and Modeling. 59 (6): 2941–2951. doi:10.1021/acs.jcim.9b00163. ISSN 1549-960X. PMID 30998377. S2CID 121630416.
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  10. ^ Stasiewicz, Juliusz; Mukherjee, Sunandan; Nithin, Chandran; Bujnicki, Janusz M. (2019-03-21). "QRNAS: software tool for refinement of nucleic acid structures". BMC Structural Biology. 19 (1): 5. doi:10.1186/s12900-019-0103-1. ISSN 1472-6807. PMC 6429776. PMID 30898165.
  11. ^ Boniecki, Michal J.; Lach, Grzegorz; Dawson, Wayne K.; Tomala, Konrad; Lukasz, Pawel; Soltysinski, Tomasz; Rother, Kristian M.; Bujnicki, Janusz M. (2015-12-19). "SimRNA: a coarse-grained method for RNA folding simulations and 3D structure prediction". Nucleic Acids Research. 44 (7): e63. doi:10.1093/nar/gkv1479. ISSN 0305-1048. PMC 4838351. PMID 26687716.
  12. ^ Magnus, Marcin; Boniecki, Michał J.; Dawson, Wayne; Bujnicki, Janusz M. (2016-04-19). "SimRNAweb: a web server for RNA 3D structure modeling with optional restraints". Nucleic Acids Research. 44 (W1): W315–W319. doi:10.1093/nar/gkw279. ISSN 0305-1048. PMC 4987879. PMID 27095203.


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