모듈리박테리아

Modulibacteria
모듈리박테리아
과학적 분류
도메인:
박테리아
문:
'모듈리박테리아'
클래스:
모듈리플렉시아
주문:
"모듈리플렉스"
패밀리:
"모듈리플렉스과'

세키구치 외 2015년
속

모듈리박테리아는 KS3B3 또는 GN06으로 알려진 박테리아 문이다.이것은 후보 문으로, 이 그룹의 교양 있는 대표자가 없다는 것을 의미합니다.Modulibacteria 문(문)의 구성원은 높은 속도의 산업용 혐기성 폐수 처리 [1][2]생물반응기에서 치명적인 필라멘트 과성장(bulking)을 일으키는 것으로 알려져 있다.

모듈리박테리아 문(Modulibacteria phamilym)은 16S rRNA 유전자 배열 분석을 바탕으로 두 개의 독립된 연구 그룹에 의해 2006년에 처음 제안되었다.한 그룹은 게레로 니그로(멕시코 바하 캘리포니아 수르)의 과염성 미생물 매트에서 Modulibacteria 배열을 복구하고 새로운 [3]문문에 임시 이름 GN06을 사용했으며, 다른 그룹은 유황이 풍부한 검은 진흙 해양 퇴적물(CA, USA)에서 임시 이름 KSB3을 [4]사용했습니다.

2015년, "모듈리박테리아"라는 이름이 [5]제안되면서, 이 문에 대한 최초의 게놈 통찰이 이루어졌다.식품 가공 공장에서 배출되는 고강도 유기 폐수를 처리하는 본격적인 상향 혐기성 슬러지 블랭킷(UASB) 원자로의 메타노제닉 슬러지 샘플에서 두 개의 게놈이 회수되었다.

게놈 기반 대사 재구성 및 현미경 관찰을 통해 연구된 두 Modulibacteria 종(Modullexus flocculans 및 Vecturithrix granuli)은 필라멘트 구조를 생성하며, 그램 음성의 엄격히 혐기성 발효기로서 비편모동성이 가능한 것으로 확인되었다.둘 다 다른 [5]박테리아에 비해 비정상적으로 많은 감각 및 반응 조절 유전자를 가지고 있다.

모듈리박테리아문 구성원은 습지 퇴적물(FJ516883.1), 돌고래 입,[6][7] 콜드셉(FM165273)과 같은 생물반응물질과 과염색 매트 외에도 다양한 환경에서 검출되었습니다.

분류법

세키구치 외 연구진이 제안한 분류법은 다음과 같다.[5][8]GTDB 05-RS95(Genome Taxonomy Database)[11][12]를 사용하는 Annotree v1.2.0에[9][10] 의한 계통 생성

  • 클래스 '모듈리플렉시아' 세키구치 외 2015 ['벡투리치아' 세키구치 외 2015]
    • '모듈리플렉스' 세키구치 등 2015년 주문 ['벡투라트리치' 세키구치 등 2015년]
      • '모듈리플렉스과' 세키구치 등 2015년 ['벡투라트리치과' 세키구치 등 2015년]
        • 세키구치속 2015년[13]
          • 종 "Ca. M. focculans" 세키구치 외 2015년
        • 'CandidatusVecturithrix속[14]
          • 종 'Ca. V. granuli' 세키구치 외 2015년

레퍼런스

  1. ^ Yamada, Takeshi; Yamauchi, Toshihiro; Shiraishi, Koji; Hugenholtz, Philip; Ohashi, Akiyoshi; Harada, Hideki; Kamagata, Yoichi; Nakamura, Kazunori; Sekiguchi, Yuji (2007-05-31). "Characterization of filamentous bacteria, belonging to candidate phylum KSB3, that are associated with bulking in methanogenic granular sludges". The ISME Journal. 1 (3): 246–255. doi:10.1038/ismej.2007.28. ISSN 1751-7362. PMID 18043635. S2CID 5077407.
  2. ^ Yamada, Takeshi; Kikuchi, Kae; Yamauchi, Toshihiro; Shiraishi, Koji; Ito, Tsukasa; Okabe, Satoshi; Hiraishi, Akira; Ohashi, Akiyoshi; Harada, Hideki; Kamagata, Yoichi; Nakamura, Kazunori (2011-01-21). "Ecophysiology of Uncultured Filamentous Anaerobes Belonging to the Phylum KSB3 That Cause Bulking in Methanogenic Granular Sludge". Applied and Environmental Microbiology. 77 (6): 2081–2087. Bibcode:2011ApEnM..77.2081Y. doi:10.1128/aem.02475-10. ISSN 0099-2240. PMC 3067334. PMID 21257808.
  3. ^ Ley, Ruth E.; Harris, J. Kirk; Wilcox, Joshua; Spear, John R.; Miller, Scott R.; Bebout, Brad M.; Maresca, Julia A.; Bryant, Donald A.; Sogin, Mitchell L.; Pace, Norman R. (2006-05-01). "Unexpected Diversity and Complexity of the Guerrero Negro Hypersaline Microbial Mat". Applied and Environmental Microbiology. 72 (5): 3685–3695. Bibcode:2006ApEnM..72.3685L. doi:10.1128/AEM.72.5.3685-3695.2006. ISSN 0099-2240. PMC 1472358. PMID 16672518.
  4. ^ Tanner, Michael (2006). "Complex Microbial Communities Inhabiting Sulfide-rich Black Mud from Marine Coastal Environments". Biotechnology et Alia. 8: 1–16.
  5. ^ a b c Sekiguchi, Yuji; Ohashi, Akiko; Parks, Donovan H.; Yamauchi, Toshihiro; Tyson, Gene W.; Hugenholtz, Philip (2015-01-27). "First genomic insights into members of a candidate bacterial phylum responsible for wastewater bulking". PeerJ. 3: e740. doi:10.7717/peerj.740. ISSN 2167-8359. PMC 4312070. PMID 25650158.
  6. ^ Bik, Elisabeth M.; Costello, Elizabeth K.; Switzer, Alexandra D.; Callahan, Benjamin J.; Holmes, Susan P.; Wells, Randall S.; Carlin, Kevin P.; Jensen, Eric D.; Venn-Watson, Stephanie; Relman, David A. (2016-02-03). "Marine mammals harbor unique microbiotas shaped by and yet distinct from the sea". Nature Communications. 7 (1): 10516. Bibcode:2016NatCo...710516B. doi:10.1038/ncomms10516. ISSN 2041-1723. PMC 4742810. PMID 26839246.
  7. ^ Dudek, Natasha K.; Sun, Christine L.; Burstein, David; Kantor, Rose S.; Aliaga Goltsman, Daniela S.; Bik, Elisabeth M.; Thomas, Brian C.; Banfield, Jillian F.; Relman, David A. (2017-12-18). "Novel Microbial Diversity and Functional Potential in the Marine Mammal Oral Microbiome". Current Biology. 27 (24): 3752–3762.e6. doi:10.1016/j.cub.2017.10.040. ISSN 1879-0445. PMID 29153320.
  8. ^ Euzéby JP. ""Modulibacteria"". List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN). Retrieved 2016-03-20.
  9. ^ "AnnoTree v1.2.0". AnnoTree.
  10. ^ Mendler, K; Chen, H; Parks, DH; Hug, LA; Doxey, AC (2019). "AnnoTree: visualization and exploration of a functionally annotated microbial tree of life". Nucleic Acids Research. 47 (9): 4442–4448. doi:10.1093/nar/gkz246. PMC 6511854. PMID 31081040.
  11. ^ "GTDB release 05-RS95". Genome Taxonomy Database.
  12. ^ Parks, DH; Chuvochina, M; Chaumeil, PA; Rinke, C; Mussig, AJ; Hugenholtz, P (September 2020). "A complete domain-to-species taxonomy for Bacteria and Archaea". Nature Biotechnology. 38 (9): 1079–1086. bioRxiv 10.1101/771964. doi:10.1038/s41587-020-0501-8. PMID 32341564. S2CID 216560589.
  13. ^ Sayers. "Moduliflexus". National Center for Biotechnology Information (NCBI) taxonomy database. Retrieved 2016-03-20.
  14. ^ Sayers. "Vecturithrix". National Center for Biotechnology Information (NCBI) taxonomy database. Retrieved 2016-03-20.