ORF9b

ORF9b
베타코로나바이러스지질결합단백질
2cme sarscov orf9b.png
SARS-CoV ORF9b 단백질 이합체의 X선 결정 구조. 중앙 공동(노란색)의 지질 분자를 보여줍니다.PDB부터 : [1]2CME
식별자
기호.bCoV_lipid_BD
팜PF09399
인터프로IPR018542

ORF9b(기존 ORF13이라고도 함)는 사스-CoV와 사스-CoV-2를 포함한 사르베코바이러스 아속 코로나바이러스의 바이러스 보조 단백질을 코드하는 유전자이다.그것은 코로나 바이러스 핵캡시드 [2][3][4]단백질을 암호화하는 N 유전자 내에 개방형 판독 프레임이 완전히 포함된 중복 유전자이다.암호화된 단백질은 SARS-CoV에서[2][3] 97개의 아미노산 잔류물과 [4]SARS-CoV-2에서 98개의 아미노산 잔류물로, 두 경우 모두 단백질 이합체를 형성한다.

명명법

과학 문헌에서 이 유전자에 사용되는 명명법에 불일치가 있었다.SARS-CoV에 대한 일부 연구에서는 ORF13으로 언급되고 있다.그것은 때때로 ORF9a라고도 불리며, 그 결과 사스-CoV에서 76 코돈의 다운스트림 ORF가 발생하며, N 유전자와 중복되어 ORF9b로 지정된다.권장되는 명명법은 긴 ORF를 9b로, 다운스트림 짧은 ORF를 ORF9c로 [5]나타냅니다.

구조.

ORF9b 단백질은 사스-CoV에서[2][3] 97개, 사스-CoV-2에서 [4]98개의 아미노산 잔류물이다.그것은 베타 [2][3][4]시트가 풍부한 호모디머를 형성하고 중앙에 지질과 결합하는 소수성 공동을 형성합니다.지질 결합 공동은 단백질을 [1]막에 고정시키는 특이한 메커니즘으로 작용할 수 있습니다.

SARS-CoV-2 ORF9b 단백질의 단편은 단독으로 [6]관찰된 베타판 구조가 아닌 ORF9b가 알파나선을 형성하는 Tom70과의 단백질 복합체 내에서 구조적으로 특징지어졌다.이 폴드 전환 동작은 생물정보학 예측과도 일치하며 SARS-CoV [7]상동성체에서도 발생할 수 있습니다.

표현과 현지화

ORF9b은 겹쳐진 두개의 유전자의 모든 충분히 다른 것 ORF9c.ORF9b의bicistronicsubgenomic RNA.[2][3][8]에서 이웃 ORF9c의 길이를 잘 sarbecoviruses에 있고 강하다 보호되기 것과 달리 리보솜았는데 주사에 의해 표현되는 N유전자 코로나 바이러스 뉴클레오캅 시드 단백질 인코딩의 열린 독서 이내에 들어 있다. 증거기능성 단백질 분해 [9]유전자입니다.

SARS-CoV에서 단백질은 소포체([2][1]ER)[3] 및 세포내 소포에 국재된다.핵 국재 시퀀스는 없지만 수동 확산에 의해 세포 핵으로 들어갈 수 있다. 그러나 [2][3]핵에서 빠져나오기 위한 핵 수출 시퀀스는 있다.SARS-CoV-2에서는 미토콘드리아 [4]막과 관련이 있는 것으로 알려졌다.

기능.

ORF9b 단백질의 기능은 잘 특성화되지 않았습니다.그것은 바이러스 [2]복제에 필수적이지 않다.

바이러스 단백질 상호작용

ORF9b 단백질은 ORF6, 비구조 단백질 5, 비구조 단백질 14 및 코로나 바이러스 외피 [2]단백질을 포함한 많은 다른 바이러스 단백질과 상호작용하는 것으로 보고되었다.성숙한 사스-CoV 바이러스에서 검출되어 미량 바이러스 구조 [2][3][8]단백질일 수 있습니다.

숙주 세포 효과

ORF9b 단백질은 숙주의 면역 체계 반응을 조절하는 데 관여할 수 있다.SARS-CoV-2 단백질은 외막 [6][10]복합체의 미토콘드리아 전이효소 성분인 Tom70과의 상호작용을 통해 간섭자 반응을 억제하는 것으로 보고되었다.

레퍼런스

  1. ^ a b c Meier, Christoph; Aricescu, A. Radu; Assenberg, Rene; Aplin, Robin T.; Gilbert, Robert J.C.; Grimes, Jonathan M.; Stuart, David I. (July 2006). "The Crystal Structure of ORF-9b, a Lipid Binding Protein from the SARS Coronavirus". Structure. 14 (7): 1157–1165. doi:10.1016/j.str.2006.05.012. PMC 7126280. PMID 16843897.
  2. ^ a b c d e f g h i j Liu, Ding Xiang; Fung, To Sing; Chong, Kelvin Kian-Long; Shukla, Aditi; Hilgenfeld, Rolf (September 2014). "Accessory proteins of SARS-CoV and other coronaviruses". Antiviral Research. 109: 97–109. doi:10.1016/j.antiviral.2014.06.013. PMC 7113789. PMID 24995382.
  3. ^ a b c d e f g h McBride, Ruth; Fielding, Burtram (7 November 2012). "The Role of Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS)-Coronavirus Accessory Proteins in Virus Pathogenesis". Viruses. 4 (11): 2902–2923. doi:10.3390/v4112902. PMC 3509677. PMID 23202509.
  4. ^ a b c d e Redondo, Natalia; Zaldívar-López, Sara; Garrido, Juan J.; Montoya, Maria (7 July 2021). "SARS-CoV-2 Accessory Proteins in Viral Pathogenesis: Knowns and Unknowns". Frontiers in Immunology. 12: 708264. doi:10.3389/fimmu.2021.708264. PMC 8293742. PMID 34305949.
  5. ^ Jungreis, Irwin; Nelson, Chase W.; Ardern, Zachary; Finkel, Yaara; Krogan, Nevan J.; Sato, Kei; Ziebuhr, John; Stern-Ginossar, Noam; Pavesi, Angelo; Firth, Andrew E.; Gorbalenya, Alexander E.; Kellis, Manolis (June 2021). "Conflicting and ambiguous names of overlapping ORFs in the SARS-CoV-2 genome: A homology-based resolution". Virology. 558: 145–151. doi:10.1016/j.virol.2021.02.013. PMC 7967279. PMID 33774510.
  6. ^ a b Gao, Xiaopan; Zhu, Kaixiang; Qin, Bo; Olieric, Vincent; Wang, Meitian; Cui, Sheng (December 2021). "Crystal structure of SARS-CoV-2 Orf9b in complex with human TOM70 suggests unusual virus-host interactions". Nature Communications. 12 (1): 2843. Bibcode:2021NatCo..12.2843G. doi:10.1038/s41467-021-23118-8. PMC 8121815. PMID 33990585.
  7. ^ Porter, Lauren L. (August 2021). "Predictable fold switching by the SARS‐CoV ‐2 protein ORF9b". Protein Science. 30 (8): 1723–1729. doi:10.1002/pro.4097. PMC 8242659. PMID 33934422.
  8. ^ a b Xu, Ke; Zheng, Bo-Jian; Zeng, Rong; Lu, Wei; Lin, Yong-Ping; Xue, Liang; Li, Li; Yang, Lei-Lei; Xu, Chen; Dai, Jie; Wang, Fei; Li, Qing; Dong, Qing-Xi; Yang, Rui-Fu; Wu, Jia-Rui; Sun, Bing (June 2009). "Severe acute respiratory syndrome coronavirus accessory protein 9b is a virion-associated protein". Virology. 388 (2): 279–285. doi:10.1016/j.virol.2009.03.032. PMC 7103405. PMID 19394665.
  9. ^ Jungreis, Irwin; Sealfon, Rachel; Kellis, Manolis (December 2021). "SARS-CoV-2 gene content and COVID-19 mutation impact by comparing 44 Sarbecovirus genomes". Nature Communications. 12 (1): 2642. Bibcode:2021NatCo..12.2642J. doi:10.1038/s41467-021-22905-7. PMC 8113528. PMID 33976134.
  10. ^ Jiang, He-wei; Zhang, Hai-nan; Meng, Qing-feng; Xie, Jia; Li, Yang; Chen, Hong; Zheng, Yun-xiao; Wang, Xue-ning; Qi, Huan; Zhang, Jing; Wang, Pei-Hui; Han, Ze-Guang; Tao, Sheng-ce (September 2020). "SARS-CoV-2 Orf9b suppresses type I interferon responses by targeting TOM70". Cellular & Molecular Immunology. 17 (9): 998–1000. doi:10.1038/s41423-020-0514-8. PMC 7387808. PMID 32728199.