오픈아톰
OpenAtom | 이 글은 검증을 위해 인용구가 추가로 필요하다.– · · 책· · (2018년 10월)(이 템플릿 |
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OpenAtom은 슈퍼컴퓨터 시뮬레이션을 위해 Charm++로 작성된 대규모 병렬 양자화학 애플리케이션이다.그것의 개발 버전은 린CP라고 불렸다.물질과학, 화학, 고체물리학, 생물물리학의 많은 중요한 문제들은 근본적인 양자역학 원리에 기초한 모델링 접근법을 필요로 한다.비교적 효율적이고 유용한 것으로 입증된 특별한 접근방식은 Car-Parrinello ab initio 분자역학(CPIMD)이다.그것은 수백에서 수천 개의 원자로 구성된 시스템을 연구하는 데 널리 사용된다.CPIMD 연산에는 다수의 동시 스파스 3D Fast Fourier Transforms(3D-FFT), 비제곱 매트릭스 곱 및 몇 개의 동시 밀도 3D-FT를 포함하여 통신 오버헤드가 높은 많은 상호의존적 단계가 포함된다.
복잡한 통신 최적화 및 로드 밸런싱 문제로 이어지는 다양한 하위 컴퓨터들 간의 복잡한 종속성 때문에 수백 개의 프로세서를 넘어서는 이 접근방식을 병렬화하는 것은 어려운 일이다.Charm++와 프로세서 가상화 개념을 사용하여 단계를 여러 개의 가상 프로세서로 구분하고, 이를 다시 물리적 프로세서에 유연하게 매핑하여 상당한 작업 인터리빙을 가능하게 한다.인터리빙은 건축학적으로 독립적인 방법과 네트워크 토폴로지 인식 매핑 기법을 통해 향상된다.OpenAtom은 NCSA의 Cray XE6/XK7 시스템인 IBM Blue Gene/Q의 코어 262,144개, Blue Water의 코어 131,072개까지 뛰어난 확장성을 보였다.
OpenAtom은 OpenAtom 웹 페이지에서 무료로 다운로드할 수 있다.출판된 논문도 웹사이트에서 찾을 수 있다.
