UCSF 치메라

UCSF Chimera
UCSF 치메라
Chimera1.png
키메라 주창(FSH 및 수용체, 1xwd)과 시퀀스 창(다른 종에서 FSH 수용체 정렬)이다.
개발자Biocomputing, Visualization 및 Informatics(RBVI), UCSF용 리소스
안정적 해제
1.15 / 2020년 12월 18일; 16개월 전(2020-12-18)
운영 체제Microsoft Windows, OS X, Linux
유형분자 모델링
면허증비상업적 사용 무료
웹사이트www.rbvi.ucsf.edu/chimera/

UCSF Chimera(또는 단순히 Chimera)는 밀도 지도, 초분자 조립체, 시퀀스 정렬, 도킹 결과, 궤적 및 일치 앙상블을 포함한 분자 구조 및 관련 데이터의 대화형 시각화 및 분석을 위한 확장 가능한 프로그램이다.[1]고화질 이미지와 영화를 만들 수 있다.키메라에는 완전한 문서가 포함되어 있으며, 비상업적 사용을 위해 무료로 다운로드 받을 수 있다.

키메라(Chimera)는 샌프란시스코 캘리포니아 대학의 생물학 퍼팅, 시각화, 정보학(RBVI)에 의해 개발되었다.개발은 국립보건원(NIGMS grant P41-GM103311)이 부분적으로 지원한다.차세대 프로그램은 UCSF 치메라X이다.[2]

일반구조분석

  • 원자 자동식별
  • 수소 첨가 및 부분 충전 할당
  • 고품질 수소 결합, 접촉, 충돌 감지
  • 측정: 거리, 각도, 표면적, 부피
  • 중심, 축, 평면 및 관련 측정값의 계산
  • 아미노산 로타머 라이브러리, 단백질 라마찬드란 플롯, 단백질 접점 맵
  • 구조 건물과 본드 회전
  • 분자 역학 궤적 재생(다양한 형식), 거리 및 각도 그림
  • 단백질 또는 심지어 다른 단백질의 일치 사이의 모핑
  • 색상, 반지름, "벌레"를 포함한 속성(B-요인, 친수성 등) 표시
  • 간단한 텍스트 파일 입력을 통해 사용자 지정 속성을 쉽게 생성
  • 도킹 결과의 대화형 스크리닝을 용이하게 하는 ViewDock 도구
  • 풍부한 명령 집합, 강력한 규격 구문
  • 많은 형식 읽기, PDB 및 Mol2 작성
  • 웹 및 가져오기: 단백질 데이터 뱅크, Cath 또는 SCOP(도메인), EDS(밀도 맵), EMS(밀도 맵), ModBase(비교 모델), CASTp(단백질 포켓 측정), Pub3D(소량 분자 구조), VIPERdb(동면 바이러스 캡시드), UniProte(기타 특징 주석이 있는 단백질 시퀀스)
  • PDB2PQR 충전/반경 할당, APBS 전기학 계산, AutoDock Vina 단일 리간드 도킹에 대한 인터페이스

프레젠테이션 이미지 및 동영상

  • 고해상도 영상
  • 깊이 보정, 대화형 그림자, 실루엣 가장자리, 멀티컬러 배경을 포함한 시각 효과
  • 표준 분자 표현(막대, 구, 리본, 분자 표면)
  • 나선형 및 가닥을 위한 파이프 및 파이프, 막대 사탕과 사다리 렁을 포함한 뉴클레오티드 물체
  • 등방성 B-요인을 표시하는 타원체
  • 비분자 기하학적 물체
  • 밀도 지도 및 기타 볼륨 데이터의 렌더링(아래 참조)
  • 텍스트, 기호, 화살표, 색상 키를 사용한 레이블 지정
  • 다른 구조물은 다른 각도에서 절단할 수 있다.
  • POV-Ray 번들을 포함한 옵션 레이트레이싱
  • X3D 및 기타 형식으로 장면 내보내기
  • 대화식으로 영화를 만드는 간단한 그래픽 인터페이스
  • 장면들은 애니메이션 타임라인을 따라 키프레임으로 배치될 수 있다.
  • 대안으로, 동영상 컨텐츠와 녹화는 대본을 작성할 수 있다; 관련 명령의 풍부한 집합
  • 동영상 레코딩은 morping 및 MD 궤적 재생과 통합됨

볼륨 데이터 도구

  • 여러 가지 형식의 볼륨 데이터 맵(전위 밀도, 정전위, 기타) 읽기, 여러 가지 쓰기
  • 대화형 임계값 조정, 다중 이소서페이스(수직 또는 솔리드), 투명한 렌더링
  • 지도에 원자 좌표, 지도에 지도 장착
  • 밀도 지도는 원자 좌표에서 생성될 수 있다.
  • 지도에 마커를 배치하고 매끄러운 경로로 연결할 수 있음
  • 개별 데이터 평면 또는 다중 직교 평면 표시
  • 볼륨 데이터 시계열 재생 및 모핑
  • 지도를 분할 및 편집하기 위한 많은 도구
  • 가우스 평활, 푸리에 변환, 기타 필터링 및 정규화
  • 측정: 표면 영역, 표면 설계 볼륨, 지도 대칭 등

시퀀스 구조 도구

  • 많은 시퀀스 정렬 형식 읽기, 쓰기
  • 시퀀스 정렬 생성, 편집 가능
  • 시퀀스는 자동으로 구조와 연관됨
  • 시퀀스-시퀀스-시퀀스-크로스토크: 한 항목에서 다른 항목 강조 표시
  • 웹 서비스를 통한 단백질 블라스트 검색
  • Clustal Omega 및 MUSIC 웹 서비스를 통한 다중 시퀀스 정렬
  • 동질학 모델링 및 루프 구축을 위한 MODELLER 인터페이스
  • 기존 시퀀스 정렬이 있거나 없는 구조 중첩
  • 다중 합성으로부터 구조 기반 시퀀스 정렬 생성
  • 보존을 계산하고 관련 구조물에 값을 표시하는 여러 가지 방법
  • 관련 구조물의 공간 가변성을 보여주는 RMSD 헤더(순서 위의 히스토그램)
  • 히스토그램 및 색상 기호를 포함한 사용자 정의 헤더
  • UniProt 및 CDD 피쳐 주석을 시퀀스에 컬러 상자로 표시됨
  • Newick 형식의 트리 읽기/표시

참고 항목

참조

  1. ^ Pettersen, EF; Goddard, TD; Huang, CC; Couch, GS; Greenblatt, DM; Meng, EC; Ferrin, TE (2004). "UCSF Chimera--a visualization system for exploratory research and analysis". J Comput Chem. 25 (13): 1605–12. doi:10.1002/jcc.20084. PMID 15264254. S2CID 8747218.
  2. ^ Goddard, T. D.; Huang, C. C.; Meng, E. C.; Pettersen, E. F.; Couch, G. S.; Morris, J. H.; Ferrin, T. E. (2017). "UCSF chimerax: meeting modern challenges in visualization and analysis". Protein Science. 27 (1): 14–25. doi:10.1002/pro.3235. PMC 5734306. PMID 28710774.

외부 링크