그로모스

GROMOS
그로모스
개발자윌프레드 판 건스테인필리프 힝넨버거, 세레이나 리니커, 크리스 오스틴브링크
초기 릴리즈1978; 44년 전 (1998년)
안정적 해제
GROMOS 11 v1.5.0 / 2021년 1월; 1년 전(2021-01)
기록 위치포트란 <= 1996,
C++ => 2011년
운영 체제유닉스 유사
플랫폼x86
다음에서 사용 가능영어
유형분자역학
면허증소유권
웹사이트www.gromos.net

GROMNEN Molecular Simulation(GROMOS)은 분자역학 시뮬레이션을 위한 힘 영역의 이름이며, 관련 컴퓨터 소프트웨어 패키지다.둘 다 그로닝겐 대학교와 스위스 연방 공과대학(ETH 취리히) 물리화학연구소의[2] 컴퓨터 보조 화학 그룹에서[1] 개발되었다.Groningen에서 Herman Berensen은 그것의 개발에 관여했다.[3]

통합 원자력장은 알칸의 응축된 위상 특성에 대해 최적화되었다.

버전

그로모스87

알립화 수소 원자와 방향성 수소 원자는 탄소 원자를 대표하여 암묵적으로 포함되었고, 수소 원자는 통합된 원자력 장인 탄소 원자를 중심으로 한 하나의 그룹으로 결합되었다.반 데르 발스 힘 매개변수는 탄화수소의 결정 구조와 짧은 비결합 컷오프 반지름을 사용한 아미노산의 계산에서 도출되었다.[4]

그로모스96

1996년에 소프트웨어 패키지의 실질적인 재작성이 발표되었다.[5][6]힘 장 또한 다음과 같은 방법으로 개선되었다. 예를 들어, 알리파틱 CHn 그룹은 긴(1.4 nm) 비결합 컷오프 라디를 사용한 모델 액체 알칸의 일련의 분자역학 시뮬레이션을 기반으로 반 데르 발스 교호작용을 재파라미터화한 통일된 원자로 표현되었다.[7]이 버전은 지속적으로 정제되고 있으며 몇 가지 다른 매개변수 세트를 이용할 수 있다.GROMOS96은 분자역학, 확률역학, 에너지 최소화에 관한 연구를 포함한다.에너지 성분 또한 GROMOS87이라는 이름의 이전 GROMOS의 일부였다. GROMOS96은 20개월 동안 계획되고 구상되었다.이 패키지는 각각 다른 필수 기능을 가진 40개의 다른 프로그램으로 만들어졌다.GROMOS96 내에서 두 가지 중요한 프로그램의 예로는 분자 위상 구축을 담당하는 PROGMT와 PROPMT가 있으며, 고전적인 분자 위상을 경로 통합 분자 위상으로 변화시킨다.

그로모스05

소프트웨어 패키지의 업데이트 버전은 2005년에 도입되었다.[8]

그로모스11

현재 GROMOS 출시일은 2011년 5월이다.

매개 변수 집합

GROMOS 힘 필드를 기반으로 하는 일부 힘 필드 매개변수 세트.A-버전은 단백질, 뉴클레오티드, 설탕의 수용액 또는 무극 용액에 적용된다.B-버전은 격리된 분자(가스 위상)에 적용된다.

54

  • 54A7[9] - 53A6은 나선 예방을 보다 잘 재현하기 위해 비틀림 각도 용어를 사용하고 조정했으며, N–H, C=O 반발, 새로운 CH3 충전 그룹, Na+ 및 Cl의− 매개변수화를 통해 수화 자유 에너지 및 새로운 부적절한 디하이드랄을 개선했다.
  • 54B7[9] - 53B6 in vacuo를 취하여 54A7과 같은 방식으로 변경.

53

  • 53A5[10] - 사이클로헥산 아미노산 아날로그 용해 자유 엔탈피와 작은 극성 분자 범위의 순수한 액체의 열역학적 특성을 재현하기 위해 처음 장착함으로써 최적화되었으며, 45A3의 확장 및 번호 재지정이다.
  • 53A6[10] - 53A5는 물에 하이드레이션 없는 엔탈피를 재현하기 위해 부분 전하를 취하고 조정했으며, 명시적 물에서 생체 분자의 시뮬레이션에 권장된다.

45

  • 45A3[11] - 막 및 마이크로셀과 같은 지질 골재, 물이 있거나 없는 탄수성 혼합 시스템, 폴리머 및 다른 생체 분자와 상호작용할 수 있는 기타 무극성 시스템에 적용하기에 적합함.
  • 45A4[12] - 45A3 재평가하여 DNA 표현을 개선한다.

43

참고 항목

참조

  1. ^ ETH 취리히 컴퓨터 지원 화학 그룹
  2. ^ ETH 취리히 물리 화학 연구소
  3. ^ "Berni J. Alder CECAM Prize". Centre européen de calcul atomique et moléculaire. Archived from the original on 13 April 2016. Retrieved 25 April 2016.
  4. ^ W. F. 밴 건스텐과 H. J. C.베렌슨, 그로닝겐 분자 시뮬레이션(GROMOS) 라이브러리 설명서, 바이오모스 b.v, 그루닝엔, 1987.
  5. ^ van Gunsteren, W. F.; Billeter, S. R.; Eising, A. A.; Hünenberger, P. H.; Krüger, P.; Mark, A. E.; Scott, W. R. P.; Tironi, I. G. Biomolecular Simulation: GROMOS96 설명서 및 사용자 설명서; vdf Hochschchchschulverlag AG an der ETH Zürich and BIOMOS b.v.: Zürich, Groningen, 1996.
  6. ^ "GROMOS 생체분자 시뮬레이션 프로그램 패키지", W. R. P. 스콧, P. Huenberger, I. G. 티로니, A. E. Mark, S. R. Bilter, J. Fennen, A. Torda, T.휴버, P. 크뤼거, W. F. 반 건스테인.J. 체육 화학 A, 103, 3596–3607
  7. ^ "응축 단계에서 탈탄화 탄화수소에 대한 개선된 GROMOS96 힘장"2001년 8월 루카스 D의 연산 화학 22호(11), 1205–1218.슐러, 자비에 도우라, 윌프레드 반 건스테인.
  8. ^ "생물분자 시뮬레이션을 위한 GROMOS 소프트웨어: GROMOS05"크리스티안 M, 힝벤버거 PH, 바코위스 D, 남작 R, 뷔르기 R, 게르케 DP, 하인츠 TN, 카스텐홀츠 MA, 크라우틀러 5세, 오스틴브링크 C, 피터 C, 트레스니악 D, 반 건스테인렌 WF.J Compute Chem 26 (16): 1719–51 PMID 16211540
  9. ^ a b Schmid N., Eichenberger A., Choutko A., Riniker S., Winger M., Mark A. & van Gunsteren W., "Definition and testing of the GROMOS force-field versions 54A7 and 54B7", European Biophysics Journal, 40(7), (2011), 843–856 [1].
  10. ^ a b Oostenbrink C, Villa, A, Mark, A. E, Van Gunsteren, W, "수화 및 용해의 자유 엔탈피에 기초한 생체 분자 힘장: GROMOS 힘장 매개변수는 53A5와 53A6을 설정한다.", Journal of Computing Chemistics, 25, (2004), 1656–16762].
  11. ^ Schuler, L. D., Daura, X, Van Gusteren, W. F. 반 구스테렌, 응축 단계에서의 탈화탄화수소에 대한 개선된 GROMOS96 힘장, 연산 화학 22(11)(2001), 1205–1218 [3].
  12. ^ Soares, T. A., Hünenberger, P. H., Kastenholz, M. A., Kräutler, V., Lenz, T., Lins, R. D., Oostenbrink, C., and van Gunsteren, W. F., An improved nucleic acid parameter set for the GROMOS force field, Journal of Computational Chemistry, 26(7), (2005), 725–737, [4].
  13. ^ a b van Gunsteren, W. F., Billeter, S. R., Eking, A. A., Hiinenberger, P. H., Kriiger, P., Mark, A. E., Scott, W. R. P. and Tironi, I. G., Biomolecular Simulation, The GROMOS96 Manual and User Guide, vdf Hochschulverlag AG an der ETH Ziirich and BIOMOS b.v., Zurich, Groningen, 1996.

외부 링크