플렉스에이드
FlexAID| 원본 작성자 | 루이필리프 모렌시, 프란시스 가우드로, 라파엘 J. 나지마노비치 |
|---|---|
| 리포지토리 | github |
| 기록 위치 | C, C++ |
| 운영 체제 | Linux, MacOS, Win64(2022년부터 지원 및 개발 중단) |
| 플랫폼 | x86_64, ARM 기반 시스템 on 칩(Apple M1 [Pro Max]) |
| 유형 | 단백질-리거 및 도킹 |
| 면허증 | 아파치 라이선스 |
| 웹사이트 | nrglab |
FlexAID는 작은 분자와 펩타이드를 리간드로, 단백질과 핵산을 도킹 대상으로 사용할 수 있는 분자 도킹 소프트웨어다.이름에서 알 수 있듯이 FlexAID는 대상의 사이드 체인 유연성뿐만 아니라 완전한 리간드 유연성을 지원한다.두 표면(리간드 및 타겟)의 상호보완성을 바탕으로 부드러운 스코어링 기능을 사용한다.
플렉스에이드(FlexAID)는 바인딩 포즈 예측에서 오토독 비나, 플렉X 등 기존 널리 사용되는 소프트웨어를 능가하는 것으로 나타났다.특히 호몰로지 모델을 사용할 때 그럴 가능성이 높은 등 목표 유연성이 중요한 경우 더욱 그러하다.[1][2][3]소스 코드는 Apache License의 GitHub에서 사용할 수 있다.[4]
그래픽 사용자 인터페이스
NRGsuite, FlexAID용 PyMol 플러그인 또한 원작자들에 의해 개발되었다.[5]
참고 항목
참조
- ^ https://nrglab.github.io
- ^ Morency, Louis-Philippe; Gaudreault, Francis; Najmanovich, Rafael (2018). "Applications of the NRGsuite and the Molecular Docking Software FlexAID in Computational Drug Discovery and Design". Computational Drug Discovery and Design. Methods in Molecular Biology. Vol. 1762. pp. 367–388. doi:10.1007/978-1-4939-7756-7_18. ISBN 978-1-4939-7755-0. PMID 29594781.
- ^ Gaudreault, Francis; Najmanovich, Rafael J. (2015-07-27). "FlexAID: Revisiting Docking on Non-Native-Complex Structures". Journal of Chemical Information and Modeling. 55 (7): 1323–1336. doi:10.1021/acs.jcim.5b00078. ISSN 1549-9596. PMID 26076070.
- ^ GitHub - NRGlab/FlexAID: Flexible Artificial Intelligence Docking., NRGlab, 2018-02-28, retrieved 2019-05-22
- ^ Gaudreault, Francis; Morency, Louis-Philippe; Najmanovich, Rafael J. (2015-12-01). "NRGsuite: a PyMOL plugin to perform docking simulations in real time using FlexAID". Bioinformatics. 31 (23): 3856–3858. doi:10.1093/bioinformatics/btv458. ISSN 1367-4803. PMC 4653388. PMID 26249810.
