Phylo Code(필로코드)

PhyloCode

줄여서 PhyloCode로 알려진 국제 계통명칭법은 계통명칭을 관리하는 공식 규칙이다.현재 버전은 분류군의 명칭을 규제하기 위해 특별히 설계되었으며, 종명의 통치를 등급 기반 명명 코드(ICN, ICNCP, ICNP, ICZN, ICVCN)에 맡겼다.

PhyloCode는 International Society for Phylogenetic Nomenclature(ISPN)[1]와 관련되어 있습니다.동반권인 Phylonyms는 PhyloCode 아래에 300개의 분류군 이름을 설정하고 있어 코드를 [2]잘 모르는 사람들을 위한 예시이다.RegNum은 등록된 Clade 이름에 [3]연결된 온라인 데이터베이스입니다.

PhyloCode는 어떤 이름과 정의의 연관성이 [4]확립된 것으로 간주되는지, 어떤 것이[5] 동음이의어 [6]또는 동의어로 간주되는지(일반적으로 가장 먼저 등록된 것; 아래 참조)를 결정하는 규칙을 제공함으로써 계통학적 명명법을 규제한다.PhyloCode는 측계통군이나 다계통군이 아닌 [7]분지군의 명명만을 지배하며, 특정자(앵커)[8]로서 표본, 종 및 아포메트리만을 사용할 수 있습니다.

계통명

주요 기사:계통명

랭크 베이스의 명명 코드(ICN, ICZN, ICNB)와 달리 PhyloCode는 임의로 사용할 [9][10]수 있지만 랭크 사용이 필요하지 않습니다.등급 기반 코드는 등급(속, 과 등)과 많은 경우 형식 표본 또는 형식 하위 축을 사용하여 분류를 정의합니다.유형 이외의 분류군의 정확한 내용은 순위 기반 코드로 지정되지 않습니다.

이와는 대조적으로, 계통발생학적 명명법 하에서 분류군의 함량은 계통발생(즉, 조상과 후손)에 기초한 정의를 사용하여 정의되며, 실제 유기체를 나타내기 위해 특정인(예: 종, 표본, 형태)을 사용한다.정의의 공식은 조상을 나타냅니다.그러면 정의된 분류군은 그 조상과 그 모든 후손입니다.따라서, 계통학적으로 정의된 분류군의 함량은 계통학적 가설에 의존한다.

다음으로 계통발생학적 정의의 예를 제시하겠습니다(대문자는 [11]지정자를 나타냅니다).

  • 노드 베이스:"A와 B의 가장 최근의 공통 조상에서 유래한 분지" 또는 "A와 B를 포함하는 가장 덜 포괄적인 분지"
  • 브랜치 베이스:"A와 Z보다 A와 더 최근의 공통 조상을 공유하는 모든 생물이나 종으로 구성된 분류군" 또는 "Z가 아닌 A를 포함하는 가장 포괄적인 분류군" 이 종류의 정의를 위한 다른 용어는 줄기 기반이다.
  • 아포몰피 기반:"A에 의해 유전되는 아포몰피 M을 가진 최초의 생물 또는 종에서 유래한 분지"

유기체의 계통발생적 관계와 아포메이션뿐만 아니라 관련된 유기체의 존재 여부도 고려하여 다른 유형의 정의도 가능하다.

다음 표는 전통적인 명명법에서도 순위가 있는 계통발생학적 정의의 예를 보여줍니다.노드 기반 정의의 모든 지정자가 유방(Mammalia)의 다음 정의에서와 같이 현존하는 표본 또는 종인 경우 크라운 그룹이 정의됩니다.(유모의 전통적인 정의는 크라운 그룹 이외의 일부 화석 그룹을 포함하여 덜 제한적입니다.)[12]

이름. 순위 유형 가능한 계통학적 정의
티라노사우루스과 가족 티라노사우루스속
오스본 1905년		 티라노사우루스 렉스 오스본 1905년, 고르고사우루스 히브리라투스 람베 1914년, 알베르토사우루스 석관 오스본 1905년을 포함한 가장 포괄적인 분류군
젖꼭지 학급 없음 인류의 가장 최근의 공통 조상인 호모 사피엔스 린네우스 1758과 오리너구리 오르니토린쿠스 아나티누스 쇼 1799에서 유래한 클레이드
설치류 주문 없음 쥐를 포함한 가장 포괄적인 분류군, 무스쿨루스 린네우스 1758, 그러나 동부 솜꼬리, 실빌라거스 플로리다누스 알렌 1890을 포함하지 않는다.
네오르니체스
(현대 조류)		 서브클래스 없음 가장 포괄적인 분류군의 현존하는 가장 최근의 공통 조상에서 유래한 분류군 스패로우 홈메우스 린네우스 1758 그러나 공룡 스테고사우루스 아르마투스 마쉬 1887은 아니다.
네발동물 슈퍼클래스 없음 호모 사피엔스 린네가 손가락 또는 발가락으로 사지를 물려받은 최초의 조상에서 유래한 분지

버전

PhyloCode 초안은 몇 가지 수정을 거쳤습니다.이전 버전은 모두 웹 사이트에서 확인할 수 있습니다.현재 버전은 2020년 1월 현재 5이며 2014년 1월 최종 결정되어 2019년 1월 21일에 출시되었습니다.

조직

다른 명명법 코드와 마찬가지로 Phylo Code의 규칙은 기사로 구성되며, 다시 챕터로 구성됩니다.각 문서에는 주석, 예 및 권장 사항이 포함될 수도 있습니다.

목차.

등록 데이터베이스

구현이 완료되면 PhyloCode는 RegNum이라는 등록 데이터베이스와 관련지어지며,[13] 이 데이터베이스에는 허용 가능한 것으로 간주되는 모든 클래스 이름과 정의가 저장됩니다.이를 통해 계통발생학적 트리 데이터베이스(TreeBASE 등)를 통해 하위 축의 집합이나 표본과 연관지을 수 있는 clade 이름을 정의와 관련짓기 위해 공개적으로 사용할 수 있는 도구를 제공할 수 있을 것으로 기대된다.

그러나 현재 계획되어 있는 것처럼 RegNum의 가장 중요한 용도는 동의어 또는 동음이의어 중 어느 것이 받아들여질지를 결정하는 것입니다.즉, 보존의 경우를 제외하고, 등록 번호가 가장 낮은 것입니다.

역사

(PhyloCode의 서문에 요약되어 있습니다.[14]

PhyloCode는 1998년 8월 하버드 대학의 워크숍에서 그 범위와 내용에 대한 결정이 내려졌습니다.워크샵 참가자 중 상당수는 이후 프로젝트에 참여한 여러 명의 다른 사람들과 함께 자문그룹으로 활동했습니다.2000년 4월, 초안이 웹에 공개되었고 과학계로부터 코멘트가 요청되었다.

2002년 7월 예일대학교에서 두 번째 워크숍이 개최되었으며, 이 워크숍에서는 PhyloCode의 규칙과 권고사항을 일부 수정하였다.다른 개정도 종종 이루어지고 있습니다.

2004년 7월 6일부터 7월 9일까지 프랑스 파리에서 열린 제1회 국제 계통생물학 명명 회의에는 [15]11개국에서 약 70명의 계통 및 진화생물학자들이 참석했다.이는 계통학 명명법에 초점을 맞춘 최초의 공개 며칠간의 회의였으며, 새로운 협회인 ISPN(International Society for Phylogenetic Nomenclature)의 발족에 대한 장을 제공했습니다.ISPN 멤버십은 Phylogenetic Nomenclature(CPN)에 관한 위원회를 선출한다.CPN은 PhyloCode 개발의 초기 단계를 감독하는 자문 그룹의 역할을 이어받았다.

제2회 국제 계통학 명명 회의는 2006년 6월 28일부터 2006년 7월 2일까지 예일 대학교(미국 코네티컷주 뉴헤이븐)에서 열렸다.[16]

제3회 국제 계통명칭 회의는 2008년 7월 21일부터 7월 22일까지 Dalhousie University(캐나다,[17] 노바스코샤주 핼리팩스)에서 열렸다.

PhyloCode는 2020년에 [18]동반권인 Phylonyms의 출판과 함께 발효되었다.

영향

PhyloCode의 이론적 기초는 de Keiroz와 Gauthier에 [19][20][21]의한 일련의 논문에서 개발되었으며, 이는 분류군의 이름이 계통 발생학적 [22][23]트리의 일부에 의해 정의될 수 있다는 이전의 제안에 의해 암시되었다.

PhyloCode의 작성자들은 가능하면 등급 기반 접근법을 단일 코드로 통합하려는 바이오 코드 [24]초안을 모델로 사용했다.따라서 Phylo Code의 구성, 용어 중 일부 및 특정 규칙의 문구는 Bio Code에서 파생되었습니다.다른 규칙은 하나 이상의 순위 기반 코드, 특히 식물학[25][26][27] 및 동물학[28][29] 코드에서 파생됩니다.그러나 PhyloCode의 많은 규칙에는 대체 시스템의 정의적 기초가 근본적으로 다르기 때문에 분류학적 순위에 기초한 코드에는 대응하는 규칙이 없습니다.PhyloCode dos는 종명을 규정하지 않으며, 종명이나 종류 등에 관한 규칙은 기존의 명명법에 의해 규제됩니다.

미래.

PhyloCode는 논란의 여지가 있으며 일부 [30]분류학자들로부터 상당한 비판을 불러일으켰다.수십 년 전 출범했지만, PhyloCode의 광범위한 채택에 대한 지지자의 수는 여전히 적으며, PhyloCode 문헌의 출판은 2010년대 [31]중반에 정체되었다.Phylonyms는 2020년 봄에 출판되었지만, 이 코드가 어떻게 구현되고 얼마나 광범위하게 적용될지는 여전히 [32]불확실하다.일부 지지자들은 적어도 처음에는 관련 등록 데이터베이스인 RegNum에 부수되는 규칙 집합으로서만 구현되어야 하며, 과학계의 수용은 RegNum이 군집 이름과 정의를 찾기 위한 유틸리티로 대중화되면서 진행될 수 있다고 믿는다.

PhyloCode의 공개된 비판의 리스트는 ISPN 웹사이트에서 확인할 수 있습니다.반증 리스트도 참조할 수 있습니다.

레퍼런스

  1. ^ "International Society for Phylogenetic Nomenclature (website)". Phylonames.org. Retrieved 2010-07-07.
  2. ^ Laurin, M.; Bryant, H. N. (2009). "Third Meeting of the International Society for Phylogenetic Nomenclature: a Report". Zoologica Scripta. 38 (3): 333–337. doi:10.1111/j.1463-6409.2008.00379.x.
  3. ^ "RegNum". Florida Museum. Retrieved 4 April 2019.
  4. ^ "International Code of Phylogenetic Nomenclature, Version 4b - Chapter II. Publication". Ohiou.edu. Retrieved 2010-07-07.
  5. ^ "International Code of Phylogenetic Nomenclature, Version 4b - Article 13: Homonymy". ohiou.edu. Retrieved 2010-07-07.
  6. ^ "International Code of Phylogenetic Nomenclature Version 4b, Article 14: Synonymy". Ohiou.edu. Retrieved 2010-07-07.
  7. ^ "International Code of Phylogenetic Nomenclature, Version 4b - Rule 1.1". Ohiou.edu. Retrieved 2010-07-07.
  8. ^ "International Code of Phylogenetic Nomenclature, Version 4b - Article 11. Specifiers and Qualifying Clauses". Ohiou.edu. Retrieved 2010-07-07.
  9. ^ "International Code of Phylogenetic Nomenclature, Version 4b - Article 3. Hierarchy and Rank". Ohiou.edu. Retrieved 2010-07-07.
  10. ^ 단, PhyloCode에서는 등급 변경 시 분류군의 이름을 변경할 수 없습니다.단, 등급 기반 코드에서는 적어도 일부 이름에 대해 이 변경이 필요합니다.
  11. ^ "International Code of Phylogenetic Nomenclature, Version 4b - Article 9. General Requirements for Establishment of Clade Names". Ohiou.edu. Retrieved 2010-07-07.
  12. ^ Anderson, Jason S. (2002). "Use of Well-Known Names in Phylogenetic Nomenclature: A Reply to Laurin". Systematic Biology. 51 (5): 822–827. doi:10.1080/10635150290102447. PMID 12396594.
  13. ^ "The PhyloCode: Article 8".
  14. ^ "International Code of Phylogenetic Nomenclature, Version 4b - Preface". Ohiou.edu. Retrieved 2010-07-07.
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  16. ^ Laurin, M.; P. D. Cantino (2007). "Second meeting of the International Society for Phylogenetic Nomenclature: a report". Zool. Scr. 36: 109–117. doi:10.1111/j.1463-6409.2006.00268.x.
  17. ^ Laurin, M.; Bryant, H.N. (May 2009). "Third meeting of the International Society for Phylogenetic Nomenclature: a report". Zoologica Scripta. 38 (3): 333–337. doi:10.1111/j.1463-6409.2008.00379.x.
  18. ^ 드 케이로스.K. 칸티노.P.D., Gauthier.J. A. ed. (2020년)Phylonyms: PhyloCode의 동반자.CRC 프레스 Boca Raton, FL
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문학.

외부 링크