Q(소프트웨어)
Q (software)| 원저작자 | 요한 오크비스트, 존 마렐리우스, 폴 바우어, 린 카메를린 |
|---|---|
| 개발자 | 스웨덴 웁살라 대학교 Q 개발팀 웁살라 몰킬메카니스카 HB |
| 초기 릴리즈 | 전( |
| 안정된 릴리스 | 6.0 / 2017; (2017 |
| 기입처 | 포트란 |
| 운영 체제 | Linux, macOS, Windows by Cygwin, 기타 Unix 종류 |
| 플랫폼 | x86, x86-64 |
| 이용가능기간: | 영어 |
| 유형 | 분자역학 시뮬레이션 |
| 면허증. | 오픈 소스 GNU General Public License 버전 2(GPLv2) |
| 웹 사이트 | github |
Q는 분자역학(MD) 시뮬레이션을 위한 컴퓨터 소프트웨어 패키지입니다(현재 출시: Q6).다른 MD 코드와 달리, 개념(Marelius et al. 1998) 이후 세 가지 유형의 자유 에너지 계산에 특화되어 있다.이러한 계산은 경험적 원자가 결합(EVB), 자유 에너지 섭동(FEP), 선형 상호 작용 에너지(LIE) 등의 방법과 보다 최근에는 이등분 양자 고전 경로(BQCP) 접근방식을 사용한 경로 적분 계산에 기초한다.
프로그램이 전문화된 방법은 단백질과 핵산에서 발생하는 에너지 균형에 대한 정량적 계산을 반환할 수 있다.미토콘드리아 리보솜의 번역 메커니즘 일부에 대한 에너지 세부사항(Lind et al. 2013) 또는 효소 반응 세부사항(Mones et al. 2013)과 같은 생화학 주요 문제에 대한 통찰력을 제공할 수 있다.
이 프로그램은 포스필드에 의존하지 않는다는 점에서 GROMACS와 비슷합니다.즉, 포스필드는 제공되지 않지만 CHARMM, 앰버, OPLS, GROMOS 등의 공통 포스필드를 사용할 수 있습니다.
이 소프트웨어는 qdyn이라고 불리는 분자역학용 주요 유틸리티 중 하나이며, qprep(X선 좌표에서 입력 파일을 준비하기 위한), qfep(FEP를 위한 MD 계산을 처리하기 위한) 등의 다양한 하위 프로그램을 제공합니다.
실행할 일반 명령어
Q를 실행하는 일반적인 명령어는 다른 MD 프로그램과 매우 유사하며 다이내믹 실행을 위한 구문은 다음과 같습니다.
qdyn inputfile.inp > outputfile.out
qdyn– 다이내믹스를 실행하는 메인 프로그램의 이름입니다.
inputfile.inp– 시뮬레이션 기간과 시간 단계, 시뮬레이션 중인 온도 등 프로그램에 대한 모든 옵션을 지정하는 텍스트 파일입니다.
filename.out– 에너지 결과를 자세히 설명하는 출력 파일입니다.출력 파일에 있는 정보의 상세도는 입력 파일에서 제어됩니다.출력은 용제, 솔루션 및 이들 간의 상호작용에 대한 자세한 내용과 함께 van der Waals 힘 및 정전 상호작용과 같은 비결합 상호작용에 대한 보고에 중점을 둔다.
「 」를 참조해 주세요.
레퍼런스
- Marelius J., Kolmodin K., Feierberg I. 및 Oqvist J., (1998)."Q: 생체 분자 시스템의 자유 에너지 계산 및 경험적 원자가 결합 시뮬레이션을 위한 분자 역학 프로그램", 분자 그래픽 및 모델링 저널, 16, 213-225.
- Lind C., Sund J. 및 Oqvist J., (2013).Nature Communications, 4,2940, "비표준 정지 코돈에서의 미토콘드리아 방출 인자와 번역 종료 코돈 판독 사양"
- Mones L., Tang W., Florian J., (2013)."탄저균 부종 인자에 의한 ATP-cAMP 변환 화학 메커니즘의 경험적 원자가 결합 시뮬레이션", 생화학, 52, 2672-2682.
