분자역학 모델링 소프트웨어 비교

Comparison of software for molecular mechanics modeling

이것은 분자역학 계산에 주로 사용되는 컴퓨터 프로그램 목록입니다.

이름. 3D 표시 모델빌더 분 MD MC 렘 품질관리 임프 GPU 평. 면허증. 웹 사이트
오렌지[1] 아니요. 네. 네. 네. 네. 네. I 네. 네. 고성능 MD, 포괄적인 분석 도구 독자적인 무료 오픈 소스 황색 MD
전복 네. 네. 네. 네. 네. 네. I 네. 네. 생체분자 시뮬레이션, 단백질 접힘. 독자 사양, 무료, 상업용 민첩한 분자
ADF 네. 네. 네. 네. 네. 아니요. 네. 네. 네. 모델링 스위트: ReaxFF, UFF, 오렌지와 Tripos의 힘 필드를 사용한QM-MM, DFT 및 반경험적 방법, RDKit에 의한 구조 분석, 부분적으로 GPU 가속 독점, 상용, 무료 평가판 SCM
아스칼라프 디자이너 네. 네. 네. 네. 네. 네. I 네. 네. 분자 구축(DNA, 단백질, 탄화수소, 나노튜브), 분자 역학, GPU 가속 혼합: 무료 오픈 소스(GNU GPL)와 상용 아스칼라프 프로젝트
아보가드로 네. 네. 네. 아니요. 아니요. 아니요. I 아니요. 아니요. 분자 구축, 편집(펩타이드, 소분자, 결정), 입체구조 분석, 2D/3D 변환, 기타 도구와의 확장 인터페이스 무료 오픈 소스 GNU GPL 아보가드로
보스 아니요. 아니요. 네. 아니요. 네. 아니요. 네. 아니요. 아니요. OPLS 독자 사양 예일 대학교
문자 아니요. 네. 네. 네. 네. I I 네. 네. 여러 그래픽 프론트 엔드를 갖춘 상용 버전은 이전의 Accelrys였던 BIOVIA(CHARM)에서 판매합니다. 독자 사양, 상업용 charmm.org
케미킨 아니요. 아니요. 아니요. 아니요. 아니요. 아니요. 아니요. 아니요. 아니요. 화학 반응 속도론. 독자 사양 케미킨
CP2K 아니요. 아니요. 네. 네. 네. 아니요. 네. 네. 네. CP2K는 고체, 액체 및 생물학적 시스템의 원자론적 및 분자적 시뮬레이션을 수행할 수 있습니다. 무료 오픈 소스 GNU GPLv2 이후 CP2K
데스몬드 네. 네. 네. 네. 아니요. 네. 아니요. 아니요. 네. 하이 퍼포먼스 MD.결과 및 계산 셋업과 실행을 위한 포괄적인 GUI를 갖추고 있습니다. 독점, 상업 또는 무료 D.E. 쇼 리서치 슈뢰딩거
디스커버리 스튜디오 네. 네. 네. 네. 네. 아니요. 네. 네. 네. 의약품 발견 프로세스의 최적화에 초점을 맞춘 포괄적인 생명과학 모델링 및 시뮬레이션 스위트: 소분자 시뮬레이션, QM-MM, 약초자 모델링, QSAR, 단백질 리간드 도킹, 단백질 호몰로지 모델링, 배열 분석, 단백질-단백질 도킹, 항체 모델링 등. 독자 사양, 평가판 이용 가능 Dassault Systems BIOSVIA
(이전 Accelrys)
fold.it Y/I 네. 네. 네. 네. 네. I 아니요. 아니요. Washington 대학과 The Baker Labs; 구조 예측, 단백질 접힘 독점, 상업 또는 무료 fold.it 다운로드 페이지
폴드X I 네. 네. 아니요. 아니요. 아니요. 아니요. 아니요. 아니요. 에너지 계산, 단백질 설계 독점, 상업 또는 무료 CRG
그로맥스 아니요. 아니요. 네. 네. 아니요[2]. 네. I 네, 그렇습니다[3]. 네. 하이 퍼포먼스 무료 오픈 소스 GNU GPL gromacs.org
그래픽스 아니요. 아니요. 네. 네. 네. 네. 네. 네. 네. 생체 분자용 독자 사양, 상업용 GROMOS 웹사이트
램프 네. 네. 네. 네. 네. 네. I 네. 네. 연질 및 솔리드 스테이트 재료 및 굵은 입자 시스템에 대한 잠재력이 있습니다. 무료 오픈 소스, GNU GPLv2 산디아
매크로 모델 네. 네. 네. 네. 네. 아니요. I 네. 아니요. OPLS-AA, MMFF, GBSA 솔벤트 모델, 구조 샘플링, 최소화, MD. 시각화, 분자 구축, 계산 설정, 작업 시작 및 모니터링, 프로젝트 수준의 결과 구성, 기타 모델링 프로그램 스위트 액세스를 제공하는 Maestro GUI가 포함됩니다. 독자 사양 슈뢰딩거
지도[4] 네. 네. 네. 네. 네. 네. 네. 아니요. 네. 여러 시뮬레이션 엔진에 액세스할 수 있는 단일 사용자 인터페이스에서 도구 구축, 시각화 및 분석 독자 사양, 평가판 이용 가능 사이노믹스
머티리얼스튜디오 네. 네. 네. 네. 네. 아니요. 네. 네. 아니요. 재료 시뮬레이션 기술을 데스크톱 컴퓨팅에 도입하여 연구개발 프로세스의 주요 문제를 해결하는 환경 독자 사양, 평가판 이용 가능 Dassault Systems BIOSVIA
(이전 Accelrys)
MBN Explorer[5] + MBN Studio 네. 네. 네. 네. 네. 아니요. 아니요. 네. 네. 표준 및 반응형 CHARMM 힘장; 분자모델러(탄소나노물질, 생체분자, 나노결정), 명시적 예시 라이브러리 독자 사양의 무료 평가판 이용 가능 MBN 연구소
MDynaMix 아니요. 아니요. 아니요. 네. 아니요. 아니요. 아니요. 아니요. 아니요. 병렬 MD 무료 오픈 소스 GNU GPL 스톡홀름 대학교
모. 네. 네. 네. 네. 아니요. 아니요. I 네. 아니요. 분자 조작 환경(MOE) 독자 사양 케미컬 컴퓨팅 그룹
ms2 네. 네. 네. 네. 네. 아니요. 아니요. 아니요. 아니요. 많은 열물리학적 성질에 대한 즉각적인 계산에 직접 착수한다.ms2의 주요 용도는 유체입니다. 프리 오픈 소스 ms-2.de
오락 아니요. 아니요. 네. 네. 아니요. 네. 아니요. 네. 아니요. 원자 수준에서 생체 분자 시스템의 자유 에너지 표면을 탐색하는 분자 역학 시뮬레이션 프로그램 프리 오픈 소스 Orac 다운로드 페이지
NAMD + VMD 네. 네. 네. 네. 아니요. 네. I 네. 네. 고속 병렬 MD, CUDA 독점, 무료 학술 이용, 소스 코드 베크만 연구소
NWChem 아니요. 아니요. 네. 네. 아니요. 아니요. 네. 아니요. 아니요. 양자역학, 분자역학 및 복합 QM-MM 방법을 포함하는 고성능 컴퓨터 화학 소프트웨어 무료 오픈 소스 Education Community License 버전 2.0 NWChem
단백질 국소 최적화 프로그램 아니요. 네. 네. 네. 네. 아니요. 아니요. 아니요. 아니요. 나선, 루프 및 사이드 체인 최적화, 빠른 에너지 최소화 독자 사양 PLOP 위키
Q 아니요. 아니요. 아니요. 네. 아니요. 아니요. 아니요. 아니요. 아니요. (I) 자유 에너지 섭동(FEP) 시뮬레이션, (II) 경험적 원자가 결합(EVB), 반응 자유 에너지 계산, (II) 수용체 리간드 결합 친화성의 선형 상호작용 에너지(LIE) 계산 무료 오픈 소스 GNU GPLv2 이후 Q
QuantumATK 네. 네. 네. 네. 네. 아니요. 네. 네. 아니요. 재료 과학을 위한 완벽한 원자론적 모델링 플랫폼입니다.여기에는 DFT(평면파 및 LAO), 반경험 및 포스 필드 시뮬레이션 엔진이 포함됩니다. 독자 사양, 상업용 Synopsys 퀀텀ATK
샘슨 네. 네. 네. 네. 아니요. 아니요. 네. 아니요. 아니요. 컴퓨터 나노과학(생명과학, 재료 등)모듈러 아키텍처, SAMSON 요소라고 불리는 모듈 전용, 무료 SAMSON Connect(SAMSON Connect)
스크리그레스 네. 네. 네. 네. 아니요. 아니요. 네. 네. 아니요. MM, DFT, 반경험적 방법, 병렬 MD, 입체구조 분석, 선형 스케일링 SCF, 도킹 단백질 리간드, 배치 처리, 가상 스크리닝, 자동 빌더(분자역학, 단백질, 결정) 독자 사양 SCIGRESS.com
스파르타어 네. 네. 네. 아니요. 네. 아니요. 네. 네. 아니요. 소형 분자(< 2,000 a.m.u.) MM 및 QM 툴로 구성, 구조, 특성, 스펙트럼, 반응성 및 선택성을 판단합니다. 독자 사양의 무료 평가판 이용 가능 Wavefunction 주식회사
테라켐 아니요. 아니요. 네. 네. 아니요. 아니요. 네. 아니요. 네. 고성능 GPU 가속 ab initio 분자 역학 및 TD/DFT 소프트웨어 패키지(대형 분자 또는 나노 스케일 시스템용).NVIDIA GPU 및 64비트 Linux 상에서 실행되며 CUDA 코드가 대폭 최적화되어 있습니다. 시용판 라이선스 이용 가능 페타켐 LLC
팅커 I 네. 네. 네. 네. I I 네. 네. 분자 설계용 소프트웨어 도구-Tinker-OpenMM[6]

분자[7] 설계용 소프트웨어 도구-Tinker-HP

 전용, 무료 워싱턴 대학교
UCSF 키메라 네. 네. 네. 아니요. 아니요. 아니요. 아니요. 아니요. 아니요. 시각적으로 매력적인 뷰어, 아미노산 로타머 및 기타 빌딩, Antecamber 및 MMTK, Ambertools 플러그인이 개발 중입니다. 독자 사양의 무료 학술용 캘리포니아 대학교
야사라 네. 네. 네. 네. 아니요. 아니요. 네. 아니요. 네. 분자 그래픽스, 모델링, 시뮬레이션 독자 사양 YASARA.org

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주 및 참고 자료

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  2. ^ Harrison ET, Weidner T, Castner DG, Interlandi G (2017). "Predicting the orientation of protein G B1 on hydrophobic surfaces using Monte Carlo simulations". Biointerphases. 12 (2): 02D401. doi:10.1116/1.4971381. PMC 5148762. PMID 27923271.
  3. ^ Implicit Solvent – 2014년 7월 29일 Wayback Machine에서 Gromacs 아카이브 완료
  4. ^ "MAPS". Archived from the original on 2019-11-28. Retrieved 2016-11-14.
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