통합 미생물 게놈 시스템

Integrated Microbial Genomes System
IMG
IMG 2.9의 게놈 분석 도구
내용
설명통합 미생물 게놈 데이터베이스 및 비교 분석 시스템.
연락처
작가들빅터 M 마르코위츠
1차 인용마르코위츠 외 연구진(2012년)[1]
접근
웹사이트img.jgi.doe.gov

통합 미생물 게놈(IMG) 시스템은 미국 에너지부(DOE)-공동 게놈연구소가 개발한 게놈 탐색 및 주석 플랫폼이다.[2][3]IMG는 DOE-JGI에 의해 서열화된 모든 초안 및 완전한 미생물 게놈을 다른 공개 게놈(고고아, 박테리아, 유카리아, 바이러스, 플라스미드 포함)과 통합하여 포함하고 있다.IMG는 사용자에게 유전자, 게놈, 기능 등 3차원에 따른 미생물 게놈의 비교분석을 위한 도구 세트를 제공한다.사용자는 다양한 기준에 따라 비교분석 카트에서 선택·양도할 수 있다.IMG에는 KEG, Pfam, InterPro, Gene Ontology 등 여러 도구의 정보를 통합하는 게놈 주석 파이프라인도 포함되어 있다.사용자는 또한 자신의 유전자 주석(MyIMG 유전자 주석이라고 함)을 타이핑하거나 업로드할 수 있으며, IMG 시스템은 이러한 주석이 포함된 Genbank 또는 EMBL 형식 파일을 생성할 수 있게 된다.null

연속적인 릴리스에서 IMG는 몇 가지 도메인별 도구를 포함하도록 확장되었다.IMG/M(Microbiome Samples, IMG/M) 시스템을 갖춘 통합 미생물 게놈은 IMG 시스템의 확장형으로, 공개된 격리 게놈과 조립된 메타게놈 데이터의 비교 분석 컨텍스트를 제공한다.[4][5]통합 미생물 게놈-전문가 검토(IMG/ER) 시스템은 관심 있는 미생물 게놈의 기능 주석과 큐레이션에 대해 개별 과학자 또는 과학자 그룹을 지원한다.[2]사용자는 주석을 단 게놈을 IMG-ER에 제출(또는 IMG 자동 주석 파이프라인을 먼저 적용하도록 요청)하고 보안(암호 보호) 액세스를 통해 시스템의 수동 큐레이션 및 비교 분석을 진행할 수 있다.IMG-HMP는 IMG에서 공개 가능한 모든 게놈의 맥락에서 HMP(Human Microbiome Project)와 관련된 게놈의 분석에 초점을 맞추고 있으며,[6] IMG-ABC 시스템은 박테리아 2차 대사 분석과 표적형 생합체 유전자 군집 발견을 위한 시스템이다.[7]IMG-VR 시스템(최근 업데이트된 IMG/VR v.2.0 버전 포함)은 바이러스성 게놈과 메타게놈에 대해 공개적으로 사용할 수 있는 가장 큰 데이터베이스다.[8][9]null

참고 항목

참조

  1. ^ Markowitz, Victor M; Chen I-Min A; Palaniappan Krishna; Chu Ken; Szeto Ernest; Grechkin Yuri; Ratner Anna; Jacob Biju; Huang Jinghua; Williams Peter; Huntemann Marcel; Anderson Iain; Mavromatis Konstantinos; Ivanova Natalia N; Kyrpides Nikos C (Jan 2012). "IMG: the integrated microbial genomes database and comparative analysis system". Nucleic Acids Res. England. 40 (1): D115-22. doi:10.1093/nar/gkr1044. PMC 3245086. PMID 22194640.
  2. ^ a b Markowitz, V. M.; Chen, I. M. A.; Palaniappan, K.; Chu, K.; Szeto, E.; Grechkin, Y.; Ratner, A.; Anderson, I.; Lykidis, A.; Mavromatis, K.; Ivanova, N. N.; Kyrpides, N. C. (2009). "The integrated microbial genomes system: An expanding comparative analysis resource". Nucleic Acids Research. 38 (Database issue): D382–D390. doi:10.1093/nar/gkp887. PMC 2808961. PMID 19864254.
  3. ^ Hadjithomas, Michalis; Chen, I.-Min Amy; Chu, Ken; Ratner, Anna; Palaniappan, Krishna; Szeto, Ernest; Huang, Jinghua; Reddy, T. B. K.; Cimermančič, Peter (2015-07-14). "IMG-ABC: A Knowledge Base To Fuel Discovery of Biosynthetic Gene Clusters and Novel Secondary Metabolites". mBio. 6 (4): e00932. doi:10.1128/mBio.00932-15. ISSN 2150-7511. PMC 4502231. PMID 26173699.
  4. ^ Markowitz, V. M.; Chen, I. -M. A.; Chu, K.; Szeto, E.; Palaniappan, K.; Grechkin, Y.; Ratner, A.; Jacob, B.; Pati, A.; Huntemann, M.; Liolios, K.; Pagani, I.; Anderson, I.; Mavromatis, K.; Ivanova, N. N.; Kyrpides, N. C. (2011). "IMG/M: The integrated metagenome data management and comparative analysis system". Nucleic Acids Research. 40 (Database issue): D123–D129. doi:10.1093/nar/gkr975. PMC 3245048. PMID 22086953.
  5. ^ Chen, I.-Min A.; Markowitz, Victor M.; Chu, Ken; Palaniappan, Krishna; Szeto, Ernest; Pillay, Manoj; Ratner, Anna; Huang, Jinghua; Andersen, Evan (2017-01-04). "IMG/M: integrated genome and metagenome comparative data analysis system". Nucleic Acids Research. 45 (D1): D507–D516. doi:10.1093/nar/gkw929. ISSN 1362-4962. PMC 5210632. PMID 27738135.
  6. ^ Markowitz, Victor M.; Chen, I.-Min A.; Chu, Ken; Szeto, Ernest; Palaniappan, Krishna; Jacob, Biju; Ratner, Anna; Liolios, Konstantinos; Pagani, Ioanna (2012). "IMG/M-HMP: a metagenome comparative analysis system for the Human Microbiome Project". PLOS ONE. 7 (7): e40151. Bibcode:2012PLoSO...740151M. doi:10.1371/journal.pone.0040151. ISSN 1932-6203. PMC 3390314. PMID 22792232.
  7. ^ Hadjithomas, Michalis; Chen, I.-Min A.; Chu, Ken; Huang, Jinghua; Ratner, Anna; Palaniappan, Krishna; Andersen, Evan; Markowitz, Victor; Kyrpides, Nikos C. (2017-01-04). "IMG-ABC: new features for bacterial secondary metabolism analysis and targeted biosynthetic gene cluster discovery in thousands of microbial genomes". Nucleic Acids Research. 45 (D1): D560–D565. doi:10.1093/nar/gkw1103. ISSN 1362-4962. PMC 5210574. PMID 27903896.
  8. ^ Paez-Espino, David; Chen, I.-Min A.; Palaniappan, Krishna; Ratner, Anna; Chu, Ken; Szeto, Ernest; Pillay, Manoj; Huang, Jinghua; Markowitz, Victor M. (2017-01-04). "IMG/VR: a database of cultured and uncultured DNA Viruses and retroviruses". Nucleic Acids Research. 45 (D1): D457–D465. doi:10.1093/nar/gkw1030. ISSN 1362-4962. PMC 5210529. PMID 27799466.
  9. ^ Paez-Espino D, Roux S, Chen IA, Palaniappan K, Ratner A, Chu K, et al. (2019). "IMG/VR v.2.0: an integrated data management and analysis system for cultivated and environmental viral genomes". Nucleic Acids Res. 47 (D1): D678–D686. doi:10.1093/nar/gky1127. PMC 6323928. PMID 30407573.

외부 링크