생물정보학 하베스터

Bioinformatic Harvester
생물정보학 하베스터
개발자어반 리벨, 비욘 킨들러
안정적 해제
4 / 2011년 5월 24일; 10년 전(2011-05-24)
운영 체제웹 기반
유형생물정보학 도구
웹사이트harvester.kit.edu[영구적 데드링크]

생물정보학 해브스터는 유럽 분자생물학연구소가[1] 만든 생물정보학 메타 검색 엔진으로, 유전자 및 단백질 관련 정보를 위해 KIT 칼스루허 기술연구소가 주최하고 추가 개발했다.Havester는 현재 인간, 쥐, 쥐, 제브라피쉬, 드로소필라, 아라비도시스 탈리아나에 기반을 둔 정보를 위해 일하고 있다.Havester는 50개의 인기 있는 생물정보 자원을 교차 링크하고 교차 검색을 허용한다.Havester는 과학자들과 의사들에게 매일 수만 페이지씩 봉사한다.2014년 이후로 서비스가 중단되었다.

하베스터의 작업 방식

하베스터는 단백질과 유전자 데이터베이스로부터 정보를 수집하고, 소위 "사전화 서버"로부터 정보를 수집한다. 예측 서버는 예를 들어 단일 단백질에 대한 온라인 시퀀스 분석을 제공한다.하베스터 검색지수는 IPI와 유니프로트 단백질 정보 수집을 기반으로 한다.컬렉션은 다음과 같이 구성된다.

  • 인간 72.000명, 생쥐 57.000명, 쥐 41.000명, 제브라피쉬 51.000명, 아라비도시스 단백질 페이지 35.000명, 이 페이지들은 50개의 주요 생물정보 자원을 교차 연결한다.


Harvester는 여러 종류의 정보를 교차 링크한다.

텍스트 기반 정보

다음 데이터베이스에서:

그래픽 요소가 풍부한 데이터베이스

이러한 데이터베이스는 수집되지 않고 iframe을 통해 표시되며 상호 연결된다.iframe은 연결된 데이터베이스에 대한 내장된 보기 및 대화형 액세스를 위한 HTML 페이지 내의 창입니다.그러한 여러 가지 iframes는 하나의 Havester 단백질 페이지에 결합된다.이를 통해 여러 데이터베이스의 정보를 동시에 편리하게 비교할 수 있다.

외부 응용 프로그램에서 액세스

찾을 수 있는 것

하베스터는 서로 다른 검색어와 단어의 조합을 허용한다.

검색 예제:

  • 유전자 이름: "골가3"
  • 유전자-alias: "ADAP-S ADAS ADAS ADPS(아마도 ADPS)" (하나의 유전자 이름으로 충분)
  • Gene-Ontology: "Enzyme 연동 수용체 단백질 신호 경로"
  • 유니진 클러스터: "Hs.449360"
  • 고언 : "인트라골기 수송"
  • 분자함수: "단백질 키나아제 결합"
  • 단백질: "Q9NPD3"
  • 단백질 영역: "SH2 sar"
  • 단백질 국소화: "내포체성 망막"
  • 염색체: "2q31"
  • 관련 질병: "Diseaselink"라는 단어를 사용하십시오.
  • 조합: "골기 디아델링크"(질병과 관련된 모든 골기 단백질을 찾아낸다)
  • mRNA: "AL136897"
  • 단어: "암"
  • 댓글 : "심장하게 표현"
  • 저자:메르켈
  • 출판물 또는 프로젝트: "cDNA 시퀀싱 프로젝트"

참고 항목

문학

  • Liebel U, Kindler B, Pepperkok R (August 2004). "'Harvester': a fast meta search engine of human protein resources". Bioinformatics. 20 (12): 1962–3. doi:10.1093/bioinformatics/bth146. PMID 14988114.
  • Liebel U, Kindler B, Pepperkok R (2005). "Bioinformatic "Harvester": a search engine for genome-wide human, mouse, and rat protein resources". Meth. Enzymol. Methods in Enzymology. 404: 19–26. doi:10.1016/S0076-6879(05)04003-6. ISBN 9780121828097. PMID 16413254.

참고 및 참조

  1. ^ Manoj, M; Elizabeth, Jacob (Oct 2008). "Information retrieval on Internet using meta-search engines: A review" (PDF). Journal of Scientific & Industrial Research. 67 (10): 739–746. ISSN 0022-4456.

외부 링크