제브라피시 정보 네트워크
Zebrafish Information Network | |
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| 콘텐츠 | |
| 묘사 | Zebrafish 모델 생물 데이터베이스. |
| 유기체 | 제브라피시 |
| 연락 | |
| 연구소 | 오리건 대학교 |
| 주요 인용문 | Bradford & al. (2011)[1] |
| 발매일 | 2010 |
| 접근 | |
| 웹 사이트 | http://zfin.org |
Zebrafish Information Network(ZFIN; 제브라피쉬 정보 네트워크)는 제브라피쉬(다니오 레리오)에 대한 정보를 제공하는 온라인 생물학적 데이터베이스입니다.Zebrafish는 유전자, 게놈 및 발달 연구에 널리 사용되는 모델 유기체이며, ZFIN은 이 [2]연구에서 생성된 대량의 데이터를 조회하고 표시하기 위한 통합 인터페이스를 제공합니다.ZFIN은 제브라피쉬를 인간 생물학의 모델로 쉽게 사용할 수 있도록 이러한 데이터를 다른 모델 유기체(예: 마우스)에 대한 해당 정보 및 인간 질병 데이터베이스에 [3]연결한다.외부 배열 데이터베이스(예: GenBank) 및 게놈 브라우저에 대한 풍부한 링크가 포함됩니다.유전자 생성물, 유전자 발현 및 표현형 데이터는 생물의학 온톨로지로부터의 용어로 주석을 달았다.ZFIN은 미국 오리건 대학에 기반을 두고 있으며, NIH(National Institutes of Health)에서 자금을 제공하고 있습니다.
내용물
ZFIN은 다음 두 가지 주요 부분으로 구성됩니다.
- 실험실 프로토콜, 유전자 명명 가이드, 해부학 정보와 같은 생물학적 자원뿐만 아니라 커뮤니티 뉴스와 발표의 웹사이트
- 과학 문헌에서 큐레이션되고 제브라피쉬 연구소가 직접 제출한 생물학적 데이터를 포함하는 관계형 데이터베이스(예: Thise의 높은 처리량 유전자 발현[4] 분석).
ZFIN의 정보는 Zebrafish International Resource Center(ZIRC), China Zebrafish Resource Center(CZRC) 등의 웹 리소스와 밀접하게 연결되어 있으며, Zebrafish 관련 연구 리소스, 자료 및 서비스를 유지하고 제공합니다.
ZFIN의 관계형 데이터베이스 인터페이스는 다음과 같은 생체 데이터 유형에 대한 쿼리 양식 및 표시 페이지를 제공합니다.
- 유전자, 마커 및 클론
- 유전자 발현
- 항체
- 시퀀스 얼라인먼트(BLAST)
- 돌연변이 및 트랜스제닉 라인
- 해부학
- 유전자 지도
ZFIN은 또한 제브라피쉬 관련 출판물, 연구소, 사람 및 회사의 데이터베이스를 관리하고 있습니다.
ZFIN은 전문 검색 인터페이스 외에도 구글과 같은 글로벌 사이트 검색을 제공합니다.
ZFIN의 커뮤니티 위키에서는 제브라피쉬 연구자들이 실험실 프로토콜과 항체에 대한 정보를 공유할 수 있습니다.
주 및 참고 자료
- ^ Bradford, Yvonne; Conlin, Tom; Dunn, Nathan; Fashena, David; Frazer, Ken; Howe, Douglas G; Knight, Jonathan; Mani, Prita; Martin, Ryan; Moxon, Sierra A. T.; Paddock, Holly; Pich, Christian; Ramachandran, Sridhar; Ruef, Barbara J; Ruzicka, Leyla; Bauer Schaper, Holle; Schaper, Kevin; Shao, Xiang; Singer, Amy; Sprague, Judy; Sprunger, Brock; Van Slyke, Ceri; Westerfield, Monte (Jan 2011). "ZFIN: enhancements and updates to the Zebrafish Model Organism Database". Nucleic Acids Res. England. 39 (Database issue): D822-9. doi:10.1093/nar/gkq1077. PMC 3013679. PMID 21036866.
- ^ 스프래그 등(2008).Zebrafish 정보 네트워크: Zebrafish 모델 유기체 데이터베이스는 유전자형과 표현형에 대한 지원을 제공합니다.핵산 분해능 36:D768.
- ^ Zebrafish 데이터베이스 프로젝트
- ^ B. Thisse and C. Thisse (2004). "Fast release clones: a high throughput expression analysis". ZFIN Direct Data Submission (Unpublished).
{{cite web}}: CS1 maint: 작성자 파라미터 사용(링크)
외부 링크
- ZFIN Zebrafish 모델 생물 데이터베이스
- 베가 제브라피쉬 게놈 주석
- FishMap : 유전체학 및 통합생물학 연구소에서 관리하는 제브라피쉬 커뮤니티 유전체 브라우저
- Zebrafish Genomics and Integrative Biology Institute에서 유지되는 Wiki 베타 프리뷰
