램프
LAMMPS |
 | |
| 원저작자 | Steve Plimpton, Aidan Thompson, Stan Moore, Axel Kohlmeyer, Richard Berger |
|---|---|
| 개발자 | 산디아 국립 연구소 템플 대학교 |
| 초기 릴리즈 | 전 |
| 안정된 릴리스 | 2020년 6월 23일 / 2022년 6월 23일; 전 |
| 저장소 | github |
| 기입처 | C++ |
| 운영 체제 | 크로스 플랫폼: Linux, macOS, Windows, FreeBSD |
| 플랫폼 | x86, x86-64, ARM, POWER9 |
| 크기 | 480 MB |
| 이용가능기간: | 영어 |
| 유형 | 분자역학 |
| 면허증. | GNU 일반 공중 라이선스 |
| 웹 사이트 | www |
대규모 원자/분자 병렬 시뮬레이터(LAMPS)는 Sandia National [1]Laboratories의 분자 역학 프로그램입니다.LAMPS는 병렬 통신에 MPI(Message Passing Interface)를 사용하며 GNU General Public [1]License 조건에 따라 배포되는 무료 오픈 소스 소프트웨어입니다.
LAMPS는 원래 미국 에너지부의 2개 연구소와 민간 기업의 [1]3개 연구소가 공동으로 개발한 연구 개발 계약(CRADA)에 따라 개발되었습니다.2016년 현재[update], 산디아 국립 연구소와 템플 대학 [1]연구진에 의해 유지 및 배포되고 있습니다.
특징들
계산 효율을 높이기 위해 LAMMPS는 네이버리스트(Verlet 리스트)를 사용하여 인근 파티클을 추적합니다.리스트는 입자의 국소 밀도가 [2]너무 커지지 않도록 단거리에서 밀어내는 입자를 가진 시스템에 최적화되어 있습니다.
병렬 컴퓨터에서 LAMMPS는 공간 분해 기술을 사용하여 시뮬레이션 도메인을 작은 3D 하위 도메인으로 분할합니다. 이 중 하나는 각 프로세서에 할당됩니다.프로세서는 서브도메인 경계에 있는 원자의 고스트 아톰 정보를 통신하고 저장합니다.LAMPS는 입자가 3D 직사각형 박스를 거의 균일한 밀도로 채우는 시스템에 가장 효율적입니다(병렬 컴퓨팅의 의미).
LAMMPS는 또한 가속된 방식으로 [3]결합된 스핀과 분자 역학을 허용합니다.
LAMMPS는 많은 분석 도구와 엔진에도 [4][5][6]결합되어 있습니다.
「 」를 참조해 주세요.
레퍼런스
- ^ a b c d "LAMMPS Molecular Dynamics Simulator". Sandia National Laboratories. Retrieved 2022-07-13.
- ^ Plimpton, S. (1993-05-01). "Fast parallel algorithms for short-range molecular dynamics". doi:10.2172/10176421.
{{cite journal}}:Cite 저널 요구 사항journal=(도움말) - ^ Tranchida, Julien Guy; Wood, Mitchell; Moore, Stan Gerald (2018-09-01). "Coupled Magnetic Spin Dynamics and Molecular Dynamics in a Massively Parallel Framework: LDRD Final Report". doi:10.2172/1493836. OSTI 1493836. S2CID 127973739.
{{cite journal}}:Cite 저널 요구 사항journal=(도움말) - ^ Stukowski, Alexander (2009-12-15). "Visualization and analysis of atomistic simulation data with OVITO–the Open Visualization Tool". Modelling and Simulation in Materials Science and Engineering. 18 (1): 015012. doi:10.1088/0965-0393/18/1/015012. ISSN 0965-0393.
- ^ Goswami, Rohit; Goswami, Amrita; Singh, Jayant K. (2019). "dSEAMS: Deferred Structural Elucidation Analysis for Molecular Simulations". arXiv:1909.09830. doi:10.1021/acs.jcim.0c00031.s001.
{{cite journal}}:Cite 저널 요구 사항journal=(도움말) - ^ McGibbon, Robert T; Beauchamp, Kyle A; Schwantes, Christian R; Wang, Lee-Ping; Hernández, Carlos X; Harrigan, Matthew P; Lane, Thomas J; Swails, Jason M; Pande, Vijay S (2014-09-09). "MDTraj: a modern, open library for the analysis of molecular dynamics trajectories". Biophysical Journal. 109 (8): 1528–32. bioRxiv 10.1101/008896. doi:10.1016/j.bpj.2015.08.015. PMC 4623899. PMID 26488642.
