오픈노트북 과학

Open-notebook science

오픈노트북 과학은 연구 프로젝트의 모든 주요 기록을 기록된 대로 온라인으로 공개하는 관행이다.여기에는 연구원의 개인 또는 실험실 노트북이 생성될 때 모든 가공되지 않은 데이터 및 관련 자료와 함께 온라인에 배치되는 작업이 포함됩니다.이 접근 방식은 '내부 정보 없음'이라는 슬로건으로 요약할 수 있습니다.이는 연구에 대한 투명한 접근법의 논리적 극단이며, '암흑 데이터'[1]라 불리는 실패한 실험, 덜 중요하거나 공개되지 않은 실험의 사용을 명시적으로 포함한다.오픈노트북 과학의 실천은 학계에서는 표준이 아니지만 연구실천과 출판에서 보다 개방적인 접근을 지향하는 일반적인 경향의 일부로서 최근 연구[2][3] 및[1][4] 일반 매체에서 큰 주목을 받고 있습니다.따라서 오픈 노트북 과학은 오픈 액세스 출판물, 오픈 데이터, 크라우드 소싱 데이터, 시티즌 사이언스의 옹호와 채택을 포함한 광범위한 오픈 사이언스 운동의 일부라고 할 수 있습니다.오픈 소스[5] 소프트웨어의 성공에 의해 부분적으로 영감을 받아 많은 아이디어에 의지하고 있습니다.

역사

오픈노트북 [6]과학이라는 용어는 2006년 당시 드렉셀 대학의 화학 부교수였던 장 클로드 브래들리가 블로그에 올린 글에서 처음 사용되었다.브래들리는 오픈노트북 과학을 다음과 [7]같이 설명했다.

일반 검색 엔진에서 자유롭게 사용할 수 있고 색인화된 실험실 노트북의 URL이 있습니다.반드시 종이 노트처럼 보일 필요는 없지만, 연구자가 결론을 내리는 데 사용할 수 있는 모든 정보가 전 세계에 동일하게 제공되어야 합니다.

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실무자

활동적인

Experimental(성별 알파벳)

"SGC의 획기적인 과학자 팀이 현재 랩 노트북을 온라인으로 공유하고 있습니다."[11][12][13]

이론적인

  • 토바이어스 오스본[22]
  • Carl Boettiger, 생태학 및 [23][24]진화학 이론 및 컴퓨터 모델링.
  • 드로르[25] 바 나탄
  • 안드레스 G. 사라비아 [26]씨, 시네스타브-메리다 대학의 물리학 박사과정 학생입니다.
  • Daniel Himmelstein은 Project Rephetio를 이끌었습니다.이것은 GitHub와 Thinklab을 사용하여 실시간으로 열린 노트북의 과학 및 [27]협업을 실시한 약물 용도 변경 연구입니다.

아카이브 완료(성별 알파벳)

  • 브릿지트 블랙(Brigette[28] Black)은 뉴멕시코 대학 코흐 연구실의 물리학 박사과정 학생이다.
  • 장 클로드 브래들리[29]
  • 제레미아[30] 페이스
  • Nadiezda Fernandez-Oropeza,[31] 뉴멕시코 대학 코흐 연구실에 있는 생물의학 공학 박사과정 학생.
  • 마이크 로렌스
  • 린 레([32]Linh Le)는 물리학을 전공하고 뉴멕시코 대학 코흐 연구실 동문입니다.
  • 텍사스 대학 [33]Smyth 연구실의 박사 후 연구원 앤디 말로니입니다.뉴멕시코 대학 코흐 연구실 박사(2011년)[34][35]
  • 카메론 네일론[36]
  • 알레한드로 타마요[37]
  • 인플루엔자의 기원과 진화[38]

반복(교육)

부분 오픈/의사 오픈 노트북

이러한 이니셔티브는 기존의 랩 노트북보다 개방적이지만 Open Notebook Science의 핵심 컴포넌트가 부족합니다.일반적으로 노트북은 부분적으로만 공유되거나 상당한 [40]지연으로 공유됩니다.

  • Open Notebook Science Network는 WordPress 블로그 네트워크로 개인/랩 노트북을 만들고 유지 관리하는 데 사용됩니다.2018년 1월 현재 126명의 현역 회원이 [42]있다.
  • Protocolpedia를 통해 랩 프로토콜을 공유하고 저장할 수 있습니다.
  • Sci-Mate는 사용자가 접근 권한을 정의할 수 있지만, 열린 노트북 도구로 사용할 수 있습니다.
  • 비노드 스카리아[43]
  • OpenWetWare(많은 연구소를 호스트하여 각 연구그룹에 관련된 정보를 선택적으로 공유할 수 있음)
  • 케일럽[44] 모스
  • 거스 로사니아[45]
  • 안토니 가렛 리시[46]
  • 브리티시컬럼비아 대학의 미생물학자 Rosie Redfield [47]씨.논의된 모든 결과는 미가공 실험 노트에는 공개되지 않았습니다.
  • 이스트 앵글리아 [49]대학의 해양 화학자 마틴 [48]존슨 씨입니다.
  • Princeton [51]University의 David Botstein의 연구실에서 Post Doc를 하고 있는 Greg [50]Lang 씨.약 1주일에 한 번 공유합니다.

혜택들

공공 실험실 수첩은 기사에서 주장을 뒷받침하기 위해 사용된 실험의 정확한 예를 쉽게 인용할 수 있도록 한다.예를 들어, Ugi [52][53]반응 최적화에 관한 논문에서는 특성화에 세 가지 다른 제품 배치가 사용되며 각 스펙트럼은 EXP099,[54] EXP203[55] 및 EXP206이 [56]사용된 특정 실험을 참조한다.이 연구는 이후 Journal of Visualized [57]Experiments에 발표되었으며, 연구실 노트북에서 동료 검토 저널의 최종 출판까지 무결성 데이터의 출처를 유지할 수 있음을 입증했습니다.

Open Notebook Science는 더 이상의 자격요건을 제시하지 않고 연구가 불합리한 지연이나 필터 없이 지속적으로 보고되고 있음을 시사합니다.이를 통해 다른 사람들은 어떤 분야나 특정 연구 그룹 내에서 연구가 실제로 어떻게 이루어지는지 정확히 이해할 수 있습니다.이러한 정보는 협력자, 예비 학생 또는 미래의 고용주에게 유용할 수 있습니다.일부 노트북 페이지에 대한 액세스를 제공하거나 금지 기간을 삽입하는 것은 이 맥락에서 "열려 있음"이라는 용어의 의미와 일치하지 않습니다.오류 수정, 실패한 실험, 그리고 모호한 결과가 보고되지 않는 한, 외부 관찰자가 과학이 어떻게 이루어지고 있는지 정확히 이해하는 것은 불가능할 것이다.Pseudo 또는[40] Partial과 같은[58] 용어는 선별적인 방법으로 또는 상당한 지연을 수반하는 랩 노트북 정보 공유를 위한 한정자로 사용되어 왔습니다.

결점

오픈노트북 과학 채택에 반대하는 주장은 과학 분야별로 중요성이 다른 세 가지 범주로 나뉜다.특히 생물학 및 의학자들이 가장 우려하는 것은 '데이터 도난' 또는 '스쿠핑'에 관한 것입니다.연구 집단이 다른 사람들의 결과를 훔치거나 적응시키는 정도는 논쟁의 대상으로 남아 있지만, 특히 일부 분야에서는 출판을 처음 하지 않는 것에 대한 두려움이 많은 행동을 유발하는 것은 확실하다.이것은, 커리어 성공의 주요한 지표로서 공개되고 있는 피어 리뷰 페이퍼에 있어서의 이러한 분야의 초점과 관련하고 있습니다.

오픈노트북 과학에 반대하는 두 번째 주장은 오픈노트북 과학이 선행 출판을 구성하기 때문에 특허 취득이 불가능하고 기존의 동료 리뷰 문헌에 그 결과를 게재하는 것이 어렵다는 것이다.특허에 관해서는 웹상의 공개는 공개로 명확하게 분류된다.따라서 특허의 가치와 이 문제를 회피하는 접근법에 대한 논쟁이 있을 수 있지만, 특허 보호가 기대되고 바람직한 결과인 연구에 대해 오픈 노트북 과학은 적절하지 않다는 것은 분명하다.안전 점검 문헌의 출판과 관련하여, 그 사례는 덜 명확하다.과학 저널의 대부분의 출판사는 이전에 학회에서 발표되었거나 프리프린트 형식으로 발표된 자료를 받아들인다.이러한 형태로 이전에 출판된 자료를 받아들이는 출판사는 일반적으로 오픈 노트북 과학을 포함한 데이터의 웹 출판이 이 범주에 속한다고 비공식적으로 지적해 왔습니다.오픈노트북 프로젝트는 높은 임팩트 팩터의 동료 리뷰[59][60] 저널에 성공적으로 게재되었지만, 광범위한 출판사에서 테스트된 것은 아닙니다.이러한 사전 출판 형식을 명시적으로 배제하는 출판사는 이전에 공개된 노트북에 공개된 자료를 받아들이지 않을 것으로 예상됩니다.

오픈노트북 과학에 대해 제기된 세 번째 주장은 경쟁 연구의 독립성을 저해하고 따라서 결과의 중요한 독립적인 검증이 부족할 수 있다는 것입니다.이것은 데이터 스쿠핑과 같은 것이 아니라, 공진화하는 데이터가 서로 영향을 미칠 가능성이 훨씬 더 희박합니다.전통적인 과학 분야에서는 대규모 실험 콜라보레이션이 데이터 유출뿐만 아니라 데이터 분석 방법에 영향을 미치는 것을 방지하기 위해 경쟁 콜라보레이션 구성원 간의 통신을 막는 방화벽 규칙을 확립하는 경우가 종종 있었습니다.

마지막 논쟁은 '데이터 홍수'의 문제와 관련이 있다.안전 점검 문헌의 현재 부피가 한 사람이 관리하기에 너무 큰 경우, 특히 일부(아마도 대부분) 품질이 낮을 때 잠재적으로 이용할 수 있는 방대한 양의 안전 점검 자료를 어떻게 처리할 것으로 예상할 수 있는가?이와 관련된 주장은 '내 노트는 너무 구체적이어서 다른 사람이 관심을 가질 수 없다'는 것이다.고품질 및 관련 소재를 어떻게 발견할 것인가 하는 문제는 관련된 문제입니다.데이터 및 방법론의 품질을 큐레이션 및 검증하는 문제는 심각한 문제이며, 오픈 노트북 과학 이상의 관련성을 갖는 문제이지만 여기에는 특별한 과제가 있습니다.

자금 및 후원

Open Notebook Science [61]Challenge는 현재 비수성 용매의 용해도 측정 결과를 보고하기 위해 Submeta,[62] Nature[63] 및 Sigma-Aldrich의 [64]후원을 받고 있습니다.2008년 12월 대회의 10명의 우승자 중 첫 번째 우승자는 Jenny [65]Hale이었다.

로고

노트북에서 로고를 사용하여 공유 조건을 나타낼 수 있습니다.완전히 열린 노트북은 "모든 콘텐츠" 및 "즉시" 액세스로 표시됩니다.부분적으로 열린 노트북은 "선택된 콘텐츠" 또는 "지연됨"[66]으로 표시될 수 있습니다.

「 」를 참조해 주세요.

레퍼런스

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