단백질 정보 자원

Protein Information Resource

Georgetown University Medical Center에 위치한 단백질 정보 자원(PIR)은 게놈 및 단백질학 연구 및 과학 연구를 지원하는 통합된 공공 바이오 정보 자원입니다.단백질 배열 데이터베이스를 포함합니다.

역사

PIR는 단백질 배열 정보의 식별과 해석에 있어 연구자와 고객을 지원하기 위한 자원으로 1984년 국립생물의학연구재단에 의해 설립되었다.그 전에, 재단은 마가렛 데이호프의 편집자로서 1964년부터 1974년까지 출판된 단백질 배열과 구조 아틀라스에서 최초의 고분자 배열의 포괄적인 컬렉션을 편집했습니다.Dayhoff와 그녀의 연구 그룹은 단백질 배열의 비교, 배열 내에서 멀리 관련된 배열과 중복의 검출, 단백질 [8]배열의 정렬에서 진화 이력의 추론을 위한 컴퓨터 방법의 개발에 선구적인 역할을 했다.

1983년 데이호프 사망 이후 위노나 바커와 로버트 레들리가 이 프로젝트의 지도자로 취임했다.1999년, 캐시 H. Wu씨는 국립생물의학연구재단에 입사한 후 조지타운대 메디컬센터에서 PIR의 생물정보학 활동을 이끌며 2001년부터 수석연구원과 소장을 [citation needed]역임하고 있습니다.

40년 동안 PIR는 단백질 염기서열 및 구조 Atlas of Protein Sequence and [citation needed]Structure에서 성장한 최초의 국제 데이터베이스인 Protein Sequence Database(PIR-International 참조)를 포함하여 과학계가 자유롭게 접근할 수 있는 많은 단백질 데이터베이스와 분석 도구를 제공해 왔다.

2002년에 PIR는 국제 파트너인 유럽생물정보학연구소 및 스위스생물정보학연구소와 함께 단백질 정보 자원-단백질 배열 데이터베이스, 스위스프로트 및 TREMB를 통합함으로써 단백질 배열과 기능의 단일 전세계 데이터베이스인 UniProt를 만들도록 NIH로부터 보조금을 받았다.s. 2010년 현재 PIR는 주로 단백질 주석의 전파와 표준화를 지원하기 위해 PIRSF,[9] iProClass, iProLINK 등 다양한 자원을 제공하고 있다.

단백질 온톨로지는 단백질 정보 자원(Protein Information Resource)[10][11]에 의해 공개된 또 다른 인기 데이터베이스입니다.

레퍼런스

  1. ^ http://pir.georgetown.edu/ 조지타운 대학교 PIR의 Wayback Machine Official 웹사이트에 2014-03-12 아카이브.
  2. ^ Wu, Cathy; Nebert, Daniel W. (2004). "Update on genome completion and annotations: Protein Information Resource". Human Genomics. 1 (3): 229–33. doi:10.1186/1479-7364-1-3-229. PMC 3525084. PMID 15588483.
  3. ^ Wu, C. H. (2003). "The Protein Information Resource". Nucleic Acids Research. 31 (1): 345–347. doi:10.1093/nar/gkg040. PMC 165487. PMID 12520019.
  4. ^ Wu, CH; Huang, H; Arminski, L; Castro-Alvear, J; Chen, Y; Hu, ZZ; Ledley, RS; Lewis, KC; Mewes, HW; Orcutt, BC; Suzek, BE; Tsugita, A; Vinayaka, CR; Yeh, LS; Zhang, J; Barker, WC (2002-01-01). "The Protein Information Resource: an integrated public resource of functional annotation of proteins". Nucleic Acids Research. 30 (1): 35–37. doi:10.1093/nar/30.1.35. ISSN 1362-4962. PMC 99125. PMID 11752247.
  5. ^ Barker, W. C.; Garavelli, J. S.; Hou, Z.; Huang, H.; Ledley, R. S.; McGarvey, P. B.; Mewes, H. W.; Orcutt, B. C.; Pfeiffer, F.; Tsugita, A.; Vinayaka, C. R.; Xiao, C.; Yeh, L. S.; Wu, C. (2001). "Protein Information Resource: A community resource for expert annotation of protein data". Nucleic Acids Research. 29 (1): 29–32. doi:10.1093/nar/29.1.29. PMC 29802. PMID 11125041.
  6. ^ Barker, W. C. (2000). "The Protein Information Resource (PIR)". Nucleic Acids Research. 28 (1): 41–44. doi:10.1093/nar/28.1.41. PMC 102418. PMID 10592177.
  7. ^ George, D. G.; Dodson, R. J.; Garavelli, J. S.; Haft, D. H.; Hunt, L. T.; Marzec, C. R.; Orcutt, B. C.; Sidman, K. E.; Srinivasarao, G. Y.; Yeh, L.-S. L.; Arminski, L. M.; Ledley, R. S.; Tsugita, A.; Barker, W. C. (1997). "The Protein Information Resource (PIR) and the PIR-International Protein Sequence Database". Nucleic Acids Research. 25 (1): 24–27. doi:10.1093/nar/25.1.24. PMC 146415. PMID 9016497.
  8. ^ Izet, M (2016). "The Most Influential Scientists in the Development of Medical informatics (13): Margaret Belle Dayhoff". Acta Inform Med. 24 (4).
  9. ^ Wu, C. H.; Nikolskaya, A.; Huang, H.; Yeh, L. S.; Natale, D. A.; Vinayaka, C. R.; Hu, Z. Z.; Mazumder, R.; Kumar, S.; Kourtesis, P.; Ledley, R. S.; Suzek, B. E.; Arminski, L.; Chen, Y.; Zhang, J.; Cardenas, J. L.; Chung, S.; Castro-Alvear, J.; Dinkov, G.; Barker, W. C. (2004). "PIRSF: Family classification system at the Protein Information Resource". Nucleic Acids Research. 32 (90001): 112D–114. doi:10.1093/nar/gkh097. PMC 308831. PMID 14681371.
  10. ^ "GeorgeTown.edu - Protein Ontology". Archived from the original on 2011-03-10. Retrieved 2017-12-04.
  11. ^ Chicco, Davide; Masseroli, Marco (2019). "Biological and Medical Ontologies: Protein Ontology (PRO)". Encyclopedia of Bioinformatics and Computational Biology. pp. 832–837. doi:10.1016/B978-0-12-809633-8.20396-8. ISBN 9780128114322. S2CID 66974875.