Arabidopsis 정보 자원

The Arabidopsis Information Resource
Arabidopsis Information Resource (TAIR)
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콘텐츠
묘사일반적으로 마우스 이어 크레스로 알려진 모델 식물 Arabidopsis thaliana의 유전자 및 분자 생물학 데이터의 커뮤니티 자원 및 온라인 모델 유기체 데이터베이스.
유기체아라비도시스탈리아나
연락
연구소피닉스 생물정보학
접근
웹 사이트https://www.arabidopsis.org/

Arabidopsis Information Resource(TAIR)는 일반적으로 마우스 이어 크레스로 [1]알려진 모델 식물 Arabidopsis Thaliana의 유전자 및 분자 생물학 데이터의 커뮤니티 자원 및 온라인 모델 유기체 데이터베이스입니다.

TAIR는 Arabidopsis 게놈, 유전자, 유전자 제품, 자연 변이체, 돌연변이 대립 유전자, 식물 표현형 및 연구 문헌에 대한 정보를 통합합니다.TAIR의 데이터는 단순하고 고급 검색, 대량 쿼리 및 다운로드 도구, 준비된 텍스트 파일 모음으로 검색할 수 있습니다.Arabidopsis 게놈 및 주석은 대화형 SeqViewer 및 GBrose 도구를 사용하여 시각화할 수 있습니다.TAIR의 바이오코쿠레이터는 연구 문헌(기능 주석)[2]으로부터 데이터를 취득해 통합하는 것과 동시에, 커뮤니티의 아라비도시스 데이터 및 툴의 사용을 지원하는 것을 담당하고 있습니다.TAIR는 Arabidopsis Biological Resource[3] Consortium(ABRC)과 협력하여 연구자들이 씨앗과 DNA 재고를 검색, 탐색 및 주문할 수 있도록 합니다.ABRC의 임무는 아라비도시스 연구 커뮤니티에 유용한 씨앗과 DNA 자원을 획득, 보존, 배포하는 것이다.TAIR의 커뮤니티에는 28,000명 이상의 등록 사용자가[4] 있으며, 이 웹사이트에는 매달 [5]약 60,000명의 고유 방문자가 방문합니다.

TAIR는 Phoenix Bio Informatics에 [6]위치하고 있으며 [7]구독으로 자금을 조달하고 있습니다.

TAIR 자금 이력

1999년부터 2013년까지 TAIR는 주로 미국 국립과학재단(Grant No. DBI-0850219)의 자금 지원을 받았다.NSF 자금 지원 종료에 대응하여, TAIR의 핵심 그룹은 데이터베이스의 지속 가능성에 대한 창의적인 해결책을 찾기 위한 목적으로 비영리 조직인 Phoenix Bioinformatics를 [6]설립했습니다.2013년 9월, Phoenix의 지원으로 TAIR는 가입 수익으로 전환되었습니다.가입비는 지속적인 데이터 큐레이션과 TAIR의 데이터베이스 및 도구 개선에 사용됩니다.TAIR는 최신의 [8]모든 리소스에 액세스하기 위한 다양한 서브스크립션 옵션을 제공합니다.

데이터에 대한 최대의 커뮤니티 액세스를 확보하고 데이터 재사용을 촉진하기 위해 TAIR 사이트에서의 [9]최초 출시 후 1년 후에 TAIR 내의 가입자 전용 데이터가 일반에 공개됩니다.

레퍼런스

  1. ^ Lamesch, P; Berardini, TZ; Li, D; Swarbreck, D; Wilks, C; Sasidharan, R; Muller, R; Dreher, K; Alexander, DL; Garcia-Hernandez, M; Karthikeyan, AS; Lee, CH; Nelson, WD; Ploetz, L; Singh, S; Wensel, A; Huala, E (2012). "The Arabidopsis Information Resource (TAIR): improved gene annotation and new tools". Nucleic Acids Research. 40 (Database): D1202-10. doi:10.1093/nar/gkr1090. PMC 3245047. PMID 22140109.
  2. ^ Berardini, TZ; Mundodi, S; Reiser, L; Huala, E; Garcia-Hernandez, M; Zhang, P; Mueller, LA; Yoon, J; Doyle, A; Lander, G; Moseyko, N; Yoo, D; Xu, I; Zoeckler, B; Montoya, M; Miller, N; Weems, D; Rhee, SY (2004). "Functional annotation of the Arabidopsis genome using controlled vocabularies". Plant Physiology. 135 (2): 745–55. doi:10.1104/pp.104.040071. PMC 514112. PMID 15173566.
  3. ^ "ABRC". abrc.osu.edu.
  4. ^ "TAIR Community Search". TAIR. Retrieved 11 May 2015.
  5. ^ "TAIR Google Analytics". Google Analytics. Retrieved 12 May 2015.
  6. ^ a b "Phoenix Bioinformatics". www.phoenixbioinformatics.org.
  7. ^ "TAIR Subscriptions".
  8. ^ "TAIR subscription page". TAIR. Retrieved 12 May 2015.
  9. ^ "TAIR Data Release News". TAIR. Retrieved 12 May 2015.

외부 링크