PHI 베이스
PHI-base | |
|---|---|
| 콘텐츠 | |
| 묘사 | 병원체-호스트 상호작용 데이터베이스 |
| 데이터형 발동. | 미생물 돌연변이 표현형 |
| 유기체 | 약 224개의 숙주를 대상으로 농업 및 의학적 중요성을 지닌 최대 276개의 곰팡이, 세균 및 원생 병원체 테스트 |
| 연락 | |
| 연구소 | 로담스테드 리서치 |
| 주요 인용문 | PMID 31733065 |
| 발매일 | 2005년 5월 |
| 접근 | |
| data 형식 | XML, FASTA |
| 웹 사이트 | PHI 베이스 |
| 도구들 | |
| 웹 | PHI 기반 검색 PHIB-BLAST PHI-Canto(인증 큐레이션) |
| 여러가지 종류의 | |
| 면허증. | Creative Commons Attribution-NoDerivative 4.0 국제 라이선스 |
| 버전 관리 | 네. |
| 데이터 릴리즈 빈도수. | 6개월마다 |
| 버전 | 4.11 (2021년 5월) |
| 큐레이션 정책 | 수동 큐레이션 |
병원체-숙주 상호작용 데이터베이스(PHI-base)는 병원체-숙주 상호작용의 결과에 영향을 미치는 것으로 실험적으로 증명된 유전자에 대한 큐레이션된 정보를 포함하는 생물학적 데이터베이스이다.데이터베이스는 2005년부터 외부 협력자들과 함께 Rothamsted [1][2][3][4][5][6][7]Research의 연구자들에 의해 유지되고 있다.2017년 4월 PHI 기반은 ELIXIR-UK 노드를 통한 생물학적 정보를 위한 유럽 생명과학 인프라인 ELIXIR의 일부이다.
배경
병원체-숙주 상호작용 데이터베이스는 질병 유발 및/또는 [8]숙주 반응을 유발하는 유기체의 능력을 매개하는 검증된 유전자의 증가를 효과적으로 활용하기 위해 개발되었다.
웹 접근 가능한 데이터베이스 카탈로그는 동물, 식물 및 곰팡이 숙주를 감염시키는 세균, 곰팡이 및 균류 병원균으로부터 병원성, 독성 및 이펙터 유전자를 실험적으로 검증했다.PHI-base는 곰팡이 및 균류 병원성 유전자와 이들의 숙주 상호작용에 대한 정보의 식별 및 제시에 전념하는 최초의 온라인 자원이다.따라서, PHI 베이스는 합성 화학 및 천연 제품(분무제)[citation needed]과의 개입을 위한 의학 및 농업적으로 중요한 곰팡이 및 균류 병원체의 후보 대상을 발견하기 위한 귀중한 자원이다.
PHI 기반의 각 항목은 도메인 전문가에 의해 큐레이션되고 실험이 기술된 문헌 참조뿐만 아니라 강력한 실험 증거(유전자 파괴 실험)에 의해 뒷받침된다.PHI 베이스의 각 유전자는 뉴클레오티드 및 추정 아미노산 배열과 더불어 숙주 감염 과정 동안 예측된 단백질의 기능에 대한 상세한 구조적 설명을 제시합니다.데이터 상호 운용성을 촉진하기 위해 제어된 어휘(Gene Ontology 용어, EC 번호 등)와 UniProt, EMBL 및 NCBI 분류 서비스와 같은 다른 외부 데이터 소스에 대한 링크를 사용하여 유전자를 주석 처리합니다.
현재 전개 상황
PHI 기반 버전 4.11(2021년 5월 5일)은 276개 병원체와 224개 숙주의 8070개 유전자와 17060개 상호작용에 대한 영향 및 약 20개 약물에 대한 유효성 정보와 병원체의 표적 배열에 대한 정보를 제공한다.현재 PHI 기반은 곰팡이, 난균, 박테리아를 포함한 식물 병원성 및 인간 병원성 유기체에 초점을 맞추고 있다.데이터베이스의 전체 내용은 탭으로 구분된 형식으로 다운로드할 수 있습니다.2015년부터 이 웹사이트에는 다양한 병원성 종의 커뮤니티 문학 큐레이션을 위한 PHI-Canto라는 온라인 문학 큐레이션 도구가 포함되어 있다.버전 4가 출시된 이후 PHI 기반은 PHIB-BLAST 검색 도구를 사용하여 검색할 수도 있습니다. 이 도구는 BLAST 알고리즘을 사용하여 사용자의 시퀀스를 PHI 기반에서 사용 가능한 시퀀스와 비교합니다.2016년에는 PHI 기반의 플랜트 부분을 사용하여 시멘틱 PHI 기반 검색 도구를 구축하였다."[9]
PHI-base는 2011년부터 Ensembl Genomes, 2016년부터 Fungidb, 2018년 8월부터 Global Biotic Interactions(글로비)와 연계되어 있다.모든 새로운 PHI 기반 릴리스는 이러한 독립 데이터베이스에 의해 통합됩니다.PHI 기반은 350개가 넘는 동료 리뷰 출판물에서 인용되었습니다.이러한 모든 출판물에 대한 자세한 내용은 데이터베이스의 '당사에 대하여' 섹션에 나와 있습니다.
PHI-base는 다음을 포함한 많은 애플리케이션을 위한 리소스입니다.
∙ 화학적 개입의 잠재적 대상이 될 수 있는 의료 및 농업적으로 중요한 병원균의 보존 유전자 발견
§ 게놈 비교분석
§ 새롭게 배열된 병원체 게놈 주석
∙ RNA 염기서열 분석 및 마이크로어레이 실험 기능 해석
∙ 동료평가 기사 작성 시 병원성 종간 표현형 차이 신속 교차 확인
PHI 기반의 사용은 국제 저널에 게재된 500개 이상의 동료 리뷰 기사에서 인용되고 있습니다.이러한 모든 문서는 데이터베이스의 '정보' 섹션에 인용되어 있습니다.
현재 PHI 기반에 대한 몇 가지 특정 개선이 지원됩니다.PhytoPath 프로젝트는 중요한 식물 병원체 종의 게놈 스케일 데이터를 PHI 기반에서 포착된 표현형과 통합하는 생물 정보학 자원을 개발합니다.Ensembl Genomes 브라우저를 사용하여 PhytoPath는 우선 작물 및 모델 펑갈 및 oomycete 식물성 병원체의 완전한 게놈 어셈블리와 유전자 모델에 대한 액세스를 제공합니다.고급 PhytoPath 바이오마트 검색 도구를 사용하면 다양한 종류의 식물 병원체를 검색할 수 있습니다.
자금 조달
PHI-base는 영국의 연구 위원회인 BBSRC(Biotechnology and Biological Sciences Research Council)가 자금을 지원하는 국가 역량입니다.
레퍼런스
- ^ Urban, M.; Cuzick, A.; Rutherford, K.; Irvine, A. G.; Pedro, H.; Pant, R.; Sadanadan, V.; Khamari, L.; Billal, S.; Mohanty, S.; Hammond-Kosack, K. (2017). "PHI-base: a new interface and further additions for the multi-species pathogen-host interactions database". Nucleic Acids Res. 45 (D1): D604–D610. doi:10.1093/nar/gkw1089. PMC 5210566. PMID 27915230.
- ^ Winnenburg, R.; Baldwin, T.K.; Urban, M.; Rawlings, C.; Köhler, J.; Hammond-Kosack, K.E. (2014). "PHI-base: a new database for pathogen host interactions". Nucleic Acids Research. 34 (Database Issue): D459-464. doi:10.1093/nar/gkj047. PMC 1347410. PMID 16381911.
- ^ Baldwin, T.K.; Winnenburg, R.; Urban, M.; Rawlings, C.; Köhler, J.; Hammond-Kosack, K.E. (2006). "The pathogen-host interactions database (PHI-base) provides insights into generic and novel themes of pathogenicity". Molecular Plant-Microbe Interactions. 19 (12): 1451–1462. doi:10.1094/mpmi-19-1451. PMID 17153929.
- ^ Winnenburg, R.; Urban, M.; Beacham, A.; Baldwin, T.K.; Holland, S.; Lindeberg, M.; Hansen, H.; Rawlings, C.; Hammond-Kosack, K.E.; Köhler, J. (2008). "PHI-base update: additions to the pathogen host interactions database". Nucleic Acids Research. 36 (Database Issue): D572-576. doi:10.1093/nar/gkm858. PMC 2238852. PMID 17942425.
- ^ Urban, M.; Pant, R.; Raghunath, A.; Irvine, A.G.; Pedro, H.; Hammond-Kosack, K.E. (2015). "The Pathogen-Host Interactions database (PHI-base): additions and future developments". Nucleic Acids Research. 43 (Database Issue): D645–D655. doi:10.1093/nar/gku1165. PMC 4383963. PMID 25414340.
- ^ Urban, M.; Irvine, A. G.; Raghunath, A.; Cuzick, A.; Hammond-Kosack, K.E. (2015). "Using the pathogen-host interactions database (PHI-base) to investigate plant pathogen genomes and genes implicated in virulence". Front Plant Sci. 6: 605. doi:10.3389/fpls.2015.00605. PMC 4526803. PMID 26300902.
- ^ Brown, N. A.; Urban, M.; Hammond-Kosack, K.E. (2016). "The trans-kingdom identification of negative regulators of pathogen hypervirulence". FEMS Microbiol Rev. 40 (1): 19–40. doi:10.1093/femsre/fuv042. PMC 4703069. PMID 26468211.
- ^ Urban, M; Cuzick, A; Seager, J; Wood, V; Rutherford, K; Venkatesh, SY; De Silva, N; Martinez, MC; Pedro, H; Yates, AD; Hassani-Pak, K; Hammond-Kosack, KE (8 January 2020). "PHI-base: the pathogen-host interactions database". Nucleic Acids Research. 48 (D1): D613–D620. doi:10.1093/nar/gkz904. PMC 7145647. PMID 31733065.
- ^ Rodriguez-Iglesias, A.; Rodriguez-Gonzalez, A.; Irvine, A.G.; Sesma, A.; Urban, M.; Hammond-Kosack, K.E.; Wilkinson, M.D. (2016). "Publishing FAIR Data: An Exemplar Methodology Utilizing PHI-Base". Front Plant Sci. 7: 641. doi:10.3389/fpls.2016.00641. PMC 4922217. PMID 27433158.
