유기체

Organism
대장균(대장균)은 단세포 원핵생물이다
폴리포레풍기 나무와 앤지오줌나무는 큰 다세포 진핵생물이다.

In biology, an organism (from Ancient Greek ὄργανον (órganon) 'instrument, implement, tool', and -ισμός (-ismós)) is any organic, living system that functions as an individual entity.[1]모든 유기체는 세포로 구성되어 있다.[1]유기체는 다세포 동물, 식물, 곰팡이와 같은 그룹이나 원생동물, 박테리아,[2] 고세균같은 단세포 미생물분류된다.모든 종류의 유기체는 생식, 성장과 발달, 유지, 그리고 자극에 대한 어느 정도의 반응을 할 수 있다.딱정벌레, 오징어, 네발동물, 버섯, 혈관식물은 발달 과정에서 특화조직과 장기를 구별하는 다세포 유기체의 이다.

단세포 생물은 원핵생물일 수도 있고 진핵생물일 수도 있다.원핵생물은 박테리아와 고세균이라는 두 개의 분리된 영역으로 표현된다.진핵 생물들은 세포핵으로 묶인 것을 특징으로 하며 세포핵이라고 불리는 추가적인 막으로 묶인 구획을 포함하고 있다.[3]곰팡이, 동식물들은 진핵생물 내에 있는 유기체의 왕국들의 이다.

지구의 현재 종들의 수는 2백만에서 [4]1조까지이며, 그 중 170만 개 이상이 [5]기록되었다.지금까지 살았던 모든 종의 99% 이상이 멸종된 것으로 추정되고 있으며,[6] [7][8]멸종된 것으로 추정됩니다.

2016년, 모든 유기체의 마지막 공통 조상(LUCA)에서 나온 355개의 유전자가 확인되었다.[9][10]

어원학

유기물([11][12]Organism)이라는 용어는 1703년 처음 영어에 등장했으며 1834년 현재의 정의를 따랐다.그것은 "조직"이라는 용어와 직접 관련이 있다.적어도 임마누엘 칸트의 1790년 [13]판결 비평으로 거슬러 올라가면서 유기체를 자기 조직적인 존재로 정의하는 오랜 전통이 있다.

정의들

유기체는 생명의 특성을 나타내는 다소 안정된 전체로서 기능하는 분자의 집합체로 정의될 수 있다.사전적 정의는 "식물, 동물, 곰팡이 또는 박테리아와 같이 성장과 [14]번식이 가능한 살아있는 구조"와 같은 문구를 사용하여 광범위할 수 있습니다.바이러스는 [15]생식을 위해 숙주 세포의 생화학 기계에 의존하기 때문에 많은 정의에서 바이러스와 가능한 인간이 만든 비유기 생물 형태를 제외합니다.초유기체는 하나의 기능적 또는 사회적 [16]단위로 함께 일하는 많은 개인들로 구성된 유기체이다.

유기체를[17][18][19][20][21][22][23][24][25][26] 정의하는 최선의 방법에 대한 논란과 실제로 그러한 [27][28]정의가 필요한지 여부에 대한 논란이 있었다.몇몇 기여들은[29] "장기"의 범주가 [30][page needed]생물학에서 적절하지 않을 수 있다는 제안에 대한 반응이다.

바이러스

바이러스는 자율적인 번식, 성장 또는 신진대사가 불가능하기 때문에 일반적으로 유기체로 간주되지 않는다.비록 일부 유기체들은 독립적으로 생존할 수 없고 의무적인 세포 내 기생충으로 살지만, 그들은 독립적인 신진대사와 생식을 할 수 있다.비록 바이러스는 살아있는 유기체의 특징인 가지 효소와 분자를 가지고 있지만, 그들만의 신진대사는 없다; 그들은 그것들이 형성되는 유기 화합물을 합성하고 조직할 수 없다.당연히, 이것은 자율적인 번식을 배제합니다: 그것들은 숙주 세포의 기계에 의해서만 수동적으로 복제될 수 있습니다.그런 의미에서 그것들은 무생물과 유사하다.

바이러스는 독립적인 신진대사를 지속하지 않기 때문에 보통 유기체로 분류되지 않지만, 그들만의 유전자를 가지고 있고, 그들은 유기체의 진화 메커니즘과 유사한 메커니즘에 의해 진화한다.따라서 바이러스를 생물로 분류해야 한다는 주장은 바이러스가 자가조립을 통해 진화하고 복제할 수 있는 능력이다.하지만, 일부 과학자들은 바이러스가 진화하지도 않고 스스로 번식하지도 않는다고 주장한다.대신 바이러스는 숙주 세포에 의해 진화되는데, 이는 바이러스와 숙주 세포의 공진화가 있었다는 것을 의미한다.숙주 세포가 존재하지 않는다면, 바이러스 진화는 불가능할 것이다.이것은 셀에는 해당되지 않습니다.만약 바이러스가 존재하지 않는다면, 세포 진화의 방향은 다를 수 있지만, 그럼에도 불구하고 세포는 진화할 수 있을 것이다.복제의 경우,[31] 바이러스는 복제하는 데 호스트의 기계에 전적으로 의존합니다.에너지 대사와 단백질 합성을 코드하는 유전자를 가진 바이러스의 발견은 바이러스가 살아있는 유기체인지에 대한 논쟁을 촉발시켰다.이 유전자들의 존재는 바이러스가 한때 신진대사를 할 수 있었다는 것을 암시했다.그러나 나중에 에너지와 단백질 대사를 코드하는 유전자는 세포 기원을 가지고 있다는 것이 밝혀졌다.아마도, 이 유전자들은 바이러스 [31]숙주로부터 수평적인 유전자 전달을 통해 획득되었을 것이다.

화학

유기체는 생식을 촉진하고 지속가능성 또는 생존을 측정하는 방식으로 조직된 복잡한 화학 시스템입니다.무생물 화학을 지배하는 것과 같은 법칙이 생명의 화학적 과정을 지배한다.환경에 대한 적합성과 DNA 기반 유전자의 생존을 결정하는 것은 일반적으로 전체 유기체의 현상이다.

유기체는 분명히 화학 현상, 특히 큰 유기 분자의 화학 작용에 의해 그들의 기원, 신진대사, 그리고 많은 다른 내부 기능들에 기인한다.유기체는 상호작용과 환경을 통해 다양한 역할을 하는 복합 화합물 시스템입니다.

유기체는 반밀폐 화학 시스템이다.(정의에 따라) 개별적인 삶의 단위이기는 하지만, 주변 환경에 대해 폐쇄적이지는 않습니다.작동하기 위해 지속적으로 에너지를 흡수하고 방출합니다.자가영양은 태양 또는 무기화합물을 사용하여 사용 가능한 에너지(유기화합물의 형태)를 생성하는 반면, 이종영양은 환경으로부터 유기화합물을 흡수한다.

이 화합물들의 주요 화학 원소는 탄소이다.다른 탄소 원자를 포함한 다른 작은 원자와의 결합에 대한 높은 친화력, 그리고 여러 개의 결합을 형성할 수 있는 작은 크기 등 이 원소의 화학적 특성은 유기 생명체의 기초로서 이상적입니다.그것은 작은 3원자 화합물 (이산화탄소 등)을 형성할 수 있을 뿐만 아니라 데이터를 저장하고, 세포를 함께 고정하고, 정보를 전송할 수 있는 수천 개의 원자의 큰 사슬을 형성할 수 있다.

고분자

유기체를 구성하는 화합물은 고분자와 다른 더 작은 분자로 나눌 수 있다.고분자의 네 그룹은 핵산, 단백질, 탄수화물 그리고 지질이다.핵산(특히 디옥시리보핵산 또는 DNA)은 일련의 뉴클레오티드로 유전자 데이터를 저장합니다. 종류의 다른 뉴클레오티드의 특정한 배열은 유기체를 구성하는 많은 특징들을 지시한다.이 배열은 코돈으로 나뉘는데, 코돈은 각각 3개의 뉴클레오티드의 특정 배열이며 특정 아미노산에 대응합니다.따라서 특정 단백질에 대한 일련의 DNA 코드는 아미노산의 화학적 특성으로 인해 특정 방식으로 접히고 따라서 특정 기능을 수행합니다.

다음과 같은 단백질 기능이 인정되었습니다.

  1. 신진대사의 반응을 촉진하는 효소
  2. 튜브린 또는 콜라겐과 같은 구조 단백질
  3. 세포주기를 조절하는 전사인자 또는 사이클린과 같은 조절단백질
  4. 신호분자 또는 그 수용체(예: 호르몬 및 그 수용체
  5. 면역체계항체에서 독소(뱀의 덴드로톡신 등), 카나바닌과 같은 특이한 아미노산을 포함하는 단백질까지 모든 것을 포함할 수 있는 방어 단백질

인지질의 이중층은 장벽을 구성하는 세포막을 구성하고, 세포 내의 모든 것을 포함하고, 화합물이 세포에 자유롭게 드나드는 것을 막는다.인지질막의 선택적 투과성 때문에 특정 화합물만 통과할 수 있다.

구조.

모든 유기체는 세포라고 불리는 구조 단위로 구성되어 있다; 어떤 유기체는 단세포를 포함하고 다른 유기체는 다세포를 포함한다.다세포 유기체는 특정 기능을 수행하기 위해 세포를 전문화할 수 있다.이러한 세포의 그룹은 조직이며, 동물에서는 상피, 신경 조직, 근육 조직 및 결합 조직의 4가지 기본 유형으로 발생합니다.여러 종류의 조직이 특정 기능을 만들기 위해 기관의 형태로 함께 작용합니다(심장에 의한 혈액의 펌프, 또는 피부와 같은 환경에 대한 장벽).이러한 패턴은 생식계, 소화계 같은 장기 계통의 기능을 하는 몇몇 기관들과 함께 더 높은 수준으로 계속된다.많은 다세포 유기체들은 생명을 위해 협력하는 여러 장기 체계로 구성되어 있다.

감방

슐라이덴과 슈반에 의해 1839년에 처음 개발된 세포 이론은 모든 유기체가 하나 이상의 세포로 구성되어 있다고 말한다; 모든 세포는 기존의 세포에서 나오고, 세포는 세포 기능을 조절하고 다음 세대의 세포로 정보를 전달하는데 필요한 유전 정보를 포함하고 있다.

세포에는 진핵세포와 원핵세포의 두 종류가 있다.원핵세포는 보통 싱글톤인 반면, 진핵세포는 보통 다세포 유기체에서 발견됩니다.원핵세포는 핵막이 없기 때문에 DNA는 세포 내에서 결합되어 있지 않다; 진핵세포는 핵막을 가지고 있다.

원핵이든 진핵이든 모든 세포는 세포 내부를 감싸고, 내부를 환경으로부터 분리하며, 들어오고 나가는 것을 조절하고, 세포의 전위를 유지하는 막을 가지고 있다.세포막 안에서는 짠 세포질이 세포량의 대부분을 차지한다.모든 세포는 유전자의 유전 물질인 DNA와 세포의 주요 기관인 효소와 같은 다양한 단백질을 만드는 데 필요한 정보를 포함하는 RNA를 가지고 있다.세포에는 다른 종류의 생체분자도 있다.

모든 셀은 다음과 같은 [32]몇 가지 유사한 특성을 공유합니다.

진화사

마지막 공통 조상

글레이셔 국립공원의 시예 층에 있는 프리캄브리아 스트로마톨라이트.2002년 과학저널 네이처에 실린 한 논문은 이 3.5Gya (억 년 된) 지질층이 화석화된 시아노박테리아 미생물을 포함하고 있다고 제안했다.이것은 그것들이 지구상에서 가장 오래된 생명체 중 하나라는 것을 암시한다.

마지막 공통 조상(LUCA)은 현재 지구에 살고 있는 모든 유기체가 내려오는 [33]가장 최근의 유기체이다.그러므로 그것은 지구상의 모든 현재 생명체의 가장 최근의 공통 조상이다.LUCA는 약 35억에서 38억에 살았던 것으로 추정된다.[34][35]지구상에 생명체가 존재한다는 가장 초기의 증거는 서그린랜드에서[36] 발견된 37억 년 된 변형된 퇴적암에서 발견[37][38]흑연과 서호주에서 발견된 34억 8천만 년 된 사암에서 발견된 미생물 매트 화석이다.비록 지구에 살았던 모든 종들의 99% 이상이 [7][8]멸종된 것으로 추정되지만, 가장 높은 추정치와 추정치가 1조 [4]종에 달하면서, 현재 지구에 10억 종 이상의 생명체가 존재할 가능성이 높다.

생명체의 초기 발달에 대한 정보는 지질학과 행성 과학을 포함한 많은 다른 분야의 정보를 포함한다.이러한 과학은 지구의 역사와 생명체가 만들어내는 변화에 대한 정보를 제공한다.하지만, 초기 지구에 대한 많은 정보는 시간이 지나면서 지질학적 과정에 의해 파괴되었다.

모든 유기체는 공통의 조상 또는 조상 유전자 풀의 후손이다.공통 혈통에 대한 증거는 모든 생물들이 공유하는 특성에서 찾을 수 있다.다윈의 시대에, 공통 특성의 증거는 모든 새들이 날지 않는 날개를 가지고 있다는 사실과 같은 형태학적 유사성에 대한 가시적인 관찰에 기초했습니다.

모든 유기체가 공통의 조상을 가지고 있다는 강력한 유전학적 증거가 있다.예를 들어, 모든 살아있는 세포는 핵산을 유전 물질로 사용하고 단백질을 위한 구성 블록과 동일한 20개의 아미노산을 사용합니다.모든 유기체는 핵산 서열을 단백질로 변환하기 위해 동일유전자 코드를 사용합니다.이러한 특징들의 보편성은 공통의 조상을 강하게 시사하는데, 왜냐하면 이러한 특징들의 많은 선택이 자의적으로 보이기 때문이다.수평적 유전자 이동은 마지막 보편적인 [39]조상을 연구하는 것을 더 어렵게 만든다.하지만, 동일한 유전자 코드, 동일한 뉴클레오티드, 그리고 동일한 아미노산의 보편적인 사용은 그러한 조상의 존재를 압도적으로 [40]가능하게 한다.

계통발생학

루카

클로로플렉소타

데이노코타속

글리코박테리아

시아노박테리아

그라실리쿠테스

스피로채토타

스핑고박테리아

피브로박테로타

클로로비오타

박테로이드타

플랜토박테리아

플랑크토균류

클라미디오타

렌티스파에로타

버러코믹 바이오오타

프로테오박테리아 센스라토
지구박테리아

딜리베카테로타

산성박테리오타속

티오박테리아속

브델로비브리오노타

캄필로박테로타

점액구균류

테르모데술포박테리오타

슈도모나도타속

알파프로테오박테리아

베타프로테오박테리아

감마프로테오박테리아

유니박테리아
에우리박테리아

서모토고타

후소박테리오타

바실로타

방선균류

네오무라

고세균

진핵과

루트 위치

LUCA는 탄소를 고정하기 위해 우드-정달 또는 환원 아세틸-CoA 경로를 사용했을 수 있다.

생명의 나무의 뿌리의 가장 일반적으로 받아들여지는 위치는 여러 분자 [41][42][43][44][45][46]연구에 기초한 "전통적인 생명의 나무"라고 불리는 고세균진핵생물형성군락 사이에 있습니다.극소수의 연구들은 다르게 결론을 내렸습니다. 즉, 뿌리가 박테리아라는 영역, 즉 바실로타[47] 문 안에 있거나 클로로플렉소타 문(Cloroflexota)이 토마스 카발리에 [48]스미스가 제안한 바와 같이 고세균과 진핵생물, 그리고 나머지 박테리아와 함께 기저에 있다는 것입니다.

William F.에 의해 2016년에 발표된 연구. 마틴은 다양한 계통수들의 배열된 원핵생물 게놈으로부터 610만 개의 단백질을 코드하는 유전자를 유전적으로 분석함으로써 LUCA에 공통적인 286,514개의 단백질 군집 중에서 355개의 단백질 군집을 확인했다.그 결과 "LUCA는 혐기성, CO 고정성22, Wood-Ljungdahl 경로(환원 아세틸-코엔자임 A 경로), N 고정성2 및 호열성으로 퇴적된다.LUCA의 생화학은 FeS 클러스터와 래디칼 반응 메커니즘으로 가득 차 있었다.보조 인자는 전이 금속, 플라빈, S-아데노실 메티오닌, 조효소 A, 페레독신, 몰리브도프테린, 코린셀레늄에 대한 의존성을 나타낸다.그 유전자 코드는 뉴클레오시드 수정과 S-아데노실메티오닌 의존성 메틸화를 필요로 했다."결과는 조사된 355개 계통의 기초 분지로서 메타노겐성 클로스트리아를 나타내며, LUCA가 H, CO2[9]철분이 풍부한2 지구 화학 활성 환경에서 혐기성 열수 환기구 환경에 거주했음을 시사한다.그러나, LUCA에 존재하는 것으로 추정되는 많은 단백질들이 고기와 [49]박테리아 사이의 수평적 유전자 이동을 나타낸다는 것을 암시하면서, 이러한 유전자의 식별이 비판되었다.

재생산

성생식은 현재 진핵생물들 사이에 널리 퍼져 있으며, 마지막 공통 [50]조상에 존재했을 가능성이 있다.이것은 진핵생물 진화 [51]나무에서 일찍 갈라진 혈통의 후손에서 감수분열 유전자의 핵심 세트를 발견함으로써 제시된다.그리고 말릭 외 연구진.[52]그것은 아메바와 같이 이전에 "고대 무성애자"로 여겨졌던 진핵생물들이 과거에 성적이었을 가능성이 있고, 오늘날 대부분의 무성애자 혈통이 최근에 그리고 [53]독립적으로 생겨났을 가능성이 있다는 증거에 의해 더욱 뒷받침된다.

원핵생물에서, 자연적인 박테리아 변환은 한 박테리아에서 다른 박테리아로 DNA의 전달과 재조합에 의한 기증자 DNA의 수용체 염색체로의 통합을 포함한다.자연적 세균의 변형은 원시적인 성작용으로 간주되며 박테리아와 고세균 모두에서 발생하지만 주로 박테리아에서 연구되어 왔다.변형은 분명히 박테리아 적응이고 우연한 일이 아니다. 왜냐하면 이것은 이 [54]복잡한 과정을 수행하기 위한 자연적인 능력 상태에 들어가기 위해 특별히 서로 상호작용하는 수많은 유전자 생성물에 의존하기 때문이다.형질전환은 [55]원핵생물들 사이에서 흔한 DNA 전달 방식이다.

수평 유전자 이동

살아있는 유기체의 조상은 전통적으로 형태학에서 재구성되어 왔지만, 점점 더 계통학으로 보완되고 있다. 즉, 유전자(DNA) 배열의 비교를 통한 계통학 재구성이다.

염기서열 비교는 최근 계통 발생학적 "도메인"의 경계를 넘어 다양한 종들 사이에서 많은 유전자들의 수평적 이전을 시사한다.따라서 종의 계통발생학적 역사를 결정하는 것은 단일 [56]유전자의 진화적 나무를 결정하는 것으로는 단정적으로 할 수 없다.

생물학자 피터 고가튼은 "나무의 원래 비유는 더 이상 최근의 게놈 연구의 데이터에 맞지 않는다"고 제안합니다.따라서 "생물학자들은 개별 게놈에 결합된 다른 역사를 묘사하기 위해 모자이크의 은유를 사용해야 하며 mi 사이의 HGT의 풍부한 교환과 협력 효과를 시각화하기 위해 망의 은유를 사용해야 합니다."크로브.[57]

생명의 미래(복제 및 합성 생물)

현대 생명공학은 유기체와 종에 대한 전통적인 개념에 도전하고 있다.복제는 유전적으로 다른 유기체와 동일한 새로운 다세포 유기체를 창조하는 과정이며, 완전히 새로운 유기체를 창조할 수 있는 잠재력을 가지고 있다.복제는 많은 윤리적인 논쟁의 대상이다.

2008년 J. Craig Venter Institute는 25개의 중복 DNA 조각의 효모에서 한 번에 재조합을 사용하여 합성 박테리아 게놈인 Mycoplasma generalium을 조립했다.효모 재조합을 사용하면 합성 및 천연 [58]파편에서 큰 DNA 분자의 조립을 크게 간소화할 수 있습니다.Synthetic Genomics와 같은 다른 회사들은 이미 맞춤형 게놈의 많은 상업적 사용을 이용하기 위해 설립되었습니다.

「 」를 참조해 주세요.

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