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Folding@home

Folding@home
Folding@home
FAH Logo.svg
원저작자비제이 판데
개발자Pande Laboratory, Sony, Nvidia, ATI Technologies, Joseph Coffland, Cauldron Development[1]
초기 릴리즈2000년 10월 1일, 21년 전(2000-10-01)
안정된 릴리스
7.6.21 / 2020년 10월 23일, 21개월 전(2020-10-23)[2]
운영 체제Microsoft Windows, macOS, Linux, PlayStation 3 (펌웨어 버전 4.30부터 중단)
플랫폼IA-32, x86-64, ARM64, CUDA[3]
이용가능기간:영어, 프랑스어, 스페인어, 스웨덴어
유형분산 컴퓨팅
면허증.독자적인[4] 소프트웨어
웹 사이트foldingathome.org

Folding@home(FAH 또는 F@h)은 단백질 역학 시뮬레이션을 통해 과학자들이 다양한 질병에 대한 새로운 치료법을 개발하는 것을 목적으로 하는 분산 컴퓨팅 프로젝트입니다.이것은 단백질 접힘 과정과 단백질의 움직임을 포함하며, 지원자들의 개인용 [5]컴퓨터에서 실행되는 시뮬레이션에 의존합니다.Folding@home은 현재 펜실베니아 대학에 기반을 두고 있으며 Vijay Pande의 [6]전 학생인 Greg Bowman이 이끌고 있습니다.

이 프로젝트에서는 분산 컴퓨팅과 과학적 연구를 위해 그래픽 처리 장치(GPU), 중앙 처리 장치(CPU) 및 라즈베리 파이와 같은 ARM 프로세서를 사용합니다.이 프로젝트에서는 기존의 컴퓨팅 [7]방식에서 패러다임의 전환인 통계 시뮬레이션 방법론을 사용합니다.클라이언트-서버 모델 네트워크 아키텍처의 일부로서 자원봉사를 받은 머신은 각각 시뮬레이션(워크 유닛)을 완료하고 프로젝트의 데이터베이스 서버로 되돌립니다.여기서 유닛은 전체 시뮬레이션으로 컴파일됩니다.자원봉사자들은 Folding@home 웹사이트에서 그들의 공헌을 추적할 수 있으며, 이것은 자원봉사자들의 참여를 경쟁적으로 만들고 장기적인 참여를 장려한다.

Folding@home은 세계에서 가장 빠른 컴퓨팅 시스템 중 하나입니다.COVID-19 [8]대유행의 결과로 프로젝트에 대한 관심이 높아지면서, 시스템은 2020년 3월 말까지 약 1.22 엑사플롭의 속도를 달성했고 2020년 [9]4월 12일까지 2.43 엑사플롭에 도달하여 세계 최초의 엑사플롭 컴퓨팅 시스템이 되었다.이러한 대규모 컴퓨팅 네트워크의 성능 수준을 통해 연구자는 이전에 달성한 것보다 수천 배나 긴 단백질 접힘에 대한 계산 비용이 많이 드는 원자 수준 시뮬레이션을 실행할 수 있게 되었습니다.Folding@home은 2000년 10월 1일 출시된 이래 226편의 과학 연구 [10]논문 제작에 참여했습니다.프로젝트의 시뮬레이션 결과는 [11][12][13]실험 결과와 매우 일치합니다.

배경

상세정보 : 단백질 폴딩
접기 전과 접기 후의 단백질.불안정한 랜덤 코일 상태에서 시작하여 네이티브 상태 컨피규레이션으로 종료됩니다.

단백질은 많은 생물학적 기능에 필수적인 구성 요소이고 생물학적 세포 내의 거의 모든 과정에 참여합니다.그들은 종종 효소로 작용하며 세포 신호 전달, 분자 수송, 세포 조절을 포함한 생화학 반응을 수행합니다.구조적인 요소로서, 일부 단백질은 세포의 골격과 항체 역할을 하는 반면, 다른 단백질은 면역 체계에 참여합니다.단백질이 이러한 역할을 하기 전에, 단백질은 기능적인 3차원 구조로 접혀야 하는데, 이 과정은 종종 자발적으로 일어나며 아미노산 배열 내의 상호작용과 그 주변과의 아미노산 상호작용에 의존합니다.단백질 접힘은 단백질의 에너지적으로 가장 유리한 형태, 즉 본래의 상태를 찾기 위한 탐색에 의해 구동된다.따라서, 단백질 접힘을 이해하는 것은 단백질이 무엇을 하고 어떻게 작용하는지를 이해하는 데 매우 중요하며, 컴퓨터 [14][15]생물학에서 성배로 여겨진다.복잡한 셀 환경에서 접힘이 발생하지만 일반적으로 원활하게 진행됩니다.하지만, 단백질의 화학적 특성이나 다른 요인들로 인해, 단백질은 잘못 접힐 수 있습니다. 즉, 잘못된 경로를 따라 접혀 변형될 수 있습니다.세포 메커니즘이 잘못 접힌 단백질을 파괴하거나 다시 접을 수 없는 한, 그것들은 그 후에 모여 여러 가지 쇠약해지는 [16]질병을 일으킬 수 있다.이러한 과정을 연구하는 실험실 실험은 범위와 원자 상세에 제한이 있을 수 있으므로 과학자들은 실험을 보완할 때 단백질 접힘, 잘못된 접힘 및 [17][18]집적의 보다 완전한 그림을 제공하는 물리학 기반 컴퓨팅 모델을 사용하게 됩니다.

단백질의 구성 또는 구성 공간(단백질이 취할 수 있는 가능한 형태의 집합)의 복잡성과 계산 능력의 한계로 인해, 모든 원자 분자 역학 시뮬레이션은 그들이 연구할 수 있는 시간표에서 심각하게 제한되었습니다.대부분의 단백질은 일반적으로 밀리초 [17][19]단위로 접히는 반면, 2010년 이전에는 시뮬레이션이 나노초에서 마이크로초 사이의 타임스케일에 [11]도달할 수 있었다.범용 슈퍼컴퓨터는 단백질 접힘 시뮬레이션을 위해 사용되었지만, 그러한 시스템은 본질적으로 비용이 많이 들고 일반적으로 많은 연구 그룹에서 공유된다.또한, 운동 모델의 연산은 연속적으로 이루어지기 때문에, 이러한 아키텍처에 대한 전통적인 분자 시뮬레이션의 강력한 확장이 유난히 어렵다.[20][21]또한 단백질 접힘은 확률적 과정(즉, 무작위)이며 시간에 따라 통계적으로 달라질 수 있기 때문에 접힘 [22][23]과정의 포괄적인 뷰를 위해 긴 시뮬레이션을 사용하는 것은 계산적으로 어렵다.

Folding@home은 여기 그림과 같이 마르코프 상태 모델을 사용하여 단백질이 처음 무작위로 감긴 상태(왼쪽)에서 원래의 3D 구조(오른쪽)로 응축할 때 취할 수 있는 가능한 모양과 접힘 경로를 모델링합니다.

단백질 접힘은 한 [16]번에 발생하지 않습니다.대신,[24] 단백질은 접히는 시간의 대부분을, 어떤 경우에는 거의 96%를, 단백질의 에너지 지형에서 각각 최소 국소 열역학 자유 에너지인 다양한 중간 구조 상태에서 대기하며 보냅니다.Folding@home은 적응형 샘플링으로 알려진 프로세스를 통해 시뮬레이션 궤적 세트의 시작점으로 이러한 구성을 사용합니다.시뮬레이션이 더 많은 구성을 발견함에 따라, 이들로부터 궤적이 다시 시작되고, 이 순환 과정으로부터 점차 마르코프 상태 모델(MSM)이 생성된다.MSM은 생체분자의 구조 및 에너지 지형을 구별되는 구조의 집합으로 설명하는 이산 시간 마스터 방정식 모델입니다.적응형 샘플링 마르코프 상태 모델 방법은 로컬 에너지 최소값 자체의 계산을 회피하기 때문에 시뮬레이션의 효율성을 크게 증가시키고 짧은 독립 시뮬레이션 [25]궤적의 통계 집계를 가능하게 하므로 분산 컴퓨팅(GPUGRID 포함)에 적응할 수 있다.마르코프 상태 모델을 구성하는 데 걸리는 시간은 병렬 시뮬레이션 실행의 수, 즉 사용 가능한 프로세서의 수에 반비례합니다.즉, 선형 병렬화를 달성하여 전체 직렬 계산 시간의 약 4배 감소로 이어집니다.완성된 MSM은 단백질의 위상 공간(단백질이 취할 수 있는 모든 구성)과 그 사이의 전환으로부터 수만 개의 샘플 상태를 포함할 수 있습니다.모델은 접히는 이벤트와 경로(즉, 경로)를 나타내며, 연구자는 나중에 운동 클러스터링을 사용하여 그렇지 않으면 매우 상세한 모델의 대략적인 표현을 볼 수 있다.그들은 단백질이 어떻게 잘못 접히는지를 밝히고 시뮬레이션과 실험을 [7][22][26]양적으로 비교하기 위해 이러한 MSM을 사용할 수 있다.

2000년과 2010년 사이에, Folding@home 단백질의 길이는 4배 증가했고, 단백질 접기 시뮬레이션의 타임스케일은 [27]6배 증가했다.2002년 Folding@home은 마르코프 상태 모델을 사용하여 수개월에 [13]걸쳐 약 백만 CPU일의 시뮬레이션을 완료했으며, 2011년에는 MSMs가 총 1,000만 CPU 시간의 [28]컴퓨팅을 필요로 하는 또 다른 시뮬레이션을 병렬화했습니다.2010년 1월 Folding@home은 MSM을 사용하여 느리게 접히는 32-잔류 NTL9 단백질의 역학을 1.52밀리초로 시뮬레이션했다. 이는 실험적인 접힘 속도 예측과 일치하지만 이전에 달성한 것보다 1,000배 긴 시간 척도이다.이 모델은 여러 개별 궤도로 구성되었으며, 각각 2단계씩 더 짧았으며 단백질의 에너지 [7][11][29]지형에 전례 없는 수준의 세부 정보를 제공했다.2010년 Folding@home 연구원 그레고리 보먼은 오픈 소스 MSBuilder 소프트웨어를 개발하고 이론과 실험 [30][31]간의 양적 합의를 달성한 공로로 미국 화학 협회로부터 토마스 쿤 패러다임 시프트 상을 받았습니다.그의 업적으로, Pande 영 Investigators에"과 계산 방법 단백질과 RNA 이끈 이론적 모델을 생산하 field-changing를 접field-defining 개발"[32]을 응원하고 2006년 어빙 Sigal 영 조사관인 상 그의 시뮬레이션 결과에 대한``re-exami 자극했다 2012년 마이클과 케이트 바라니 상을 수여했다.내트.앙상블 측정과 단일 분자 측정의 의미를 모두 파악하여 시뮬레이션 방법론에 [33]대한 Pande의 노력이 선구적인 기여를 하게 되었습니다."

생물의학 연구의 적용 사례

단백질의 잘못된 접힘은 알츠하이머병, 암, 크로이츠펠트-야콥병, 낭포성 섬유증, 헌팅턴병, 겸상적혈구 빈혈, 제2형 [16][34][35]당뇨병을 포함한 다양한 질병을 야기할 수 있습니다.HIV나 인플루엔자와 같은 바이러스에 의한 세포 감염은 세포막의 [36]접힘 현상도 수반한다.일단 단백질이 잘못 접히는 것이 더 잘 이해되면, 단백질 접힘을 조절하는 세포의 자연적인 능력을 증가시키는 치료법이 개발될 수 있다.그러한 치료법에는 주어진 단백질의 생산을 변경하거나 잘못 접힌 단백질을 파괴하거나 접히는 과정을 [37]돕기 위해 조작된 분자를 사용하는 것이 포함됩니다.컴퓨터 분자 모델링과 실험 분석의 조합은 약물 [38]발견의 신속화 및 비용 절감과 같은 분자 의학 [18]및 치료법의 합리적인 설계를 근본적으로 형성할 수 있는 가능성을 가지고 있다.Folding@home의 첫 5년간의 목표는 접힘에 대한 이해를 향상시키는 것이었고, 현재의 목표는 접힘과 관련된 질병,[39] 특히 알츠하이머병을 이해하는 것이었다.

Folding@home에서 실행되는 시뮬레이션은 실험실 [22]실험과 함께 사용되지만, 연구자들은 이를 사용하여 체외 접기와 네이티브 세포 환경에서 접기가 어떻게 다른지를 연구할 수 있다.이것은 접기, 잘못 접기, 그리고 실험적으로 관찰하기 어려운 질병과의 관계를 연구하는 데 유리하다.예를 들어, 2011년, Folding@home은 자연적 감금이나 군중이 접히는 [40][41]과정에 어떻게 영향을 미칠 수 있는지를 과학자들이 더 잘 이해할 수 있도록 리보솜 출구 터널 안에서 단백질이 접히는 것을 시뮬레이션했다.게다가, 과학자들은 일반적으로 안정적인 자연 상태에서 단백질을 펼치기 위해 화학적 변성제를 사용한다.변성제가 단백질의 리폴딩에 어떻게 영향을 미치는지는 일반적으로 알려져 있지 않으며, 이러한 변성 상태가 접힘 거동에 영향을 미칠 수 있는 잔류 구조를 포함하고 있는지 실험적으로 판단하기는 어렵다.2010년 Folding@home은 GPU를 사용하여 단백질 L의 전개 상태를 시뮬레이션하고 실험 [42]결과와 강력하게 일치하여 단백질 L의 붕괴율을 예측했습니다.

프로젝트의 대용량 데이터 세트는 다른 연구자가 요청에 따라 자유롭게 사용할 수 있으며 일부는 Folding@home [43][44]웹사이트에서 액세스할 수 있습니다.Pande 연구소는 Blue Gene 슈퍼컴퓨터 [45]등 다른 분자역학 시스템과 협업하여 Folding@home의 주요 소프트웨어를 다른 연구자들과 공유하여 Folding@home에 도움이 된 알고리즘이 다른 과학 [43]분야에 도움이 될 수 있도록 하였습니다.2011년, 그들은 Folding@home의 MSM과 다른 병렬화 방법을 기반으로 한 오픈 소스 코페르니쿠스 소프트웨어를 출시했으며, 이는 대규모 컴퓨터 클러스터나 [46][47]슈퍼컴퓨터에서의 분자 시뮬레이션의 효율성과 규모를 향상시키는 것을 목표로 하고 있다.Folding@home의 모든 과학적 발견 요약은 출판 후 [48]Folding@home 웹사이트에 게시됩니다.

알츠하이머병

알츠하이머병은 뇌에서 아밀로이드 베타 단백질 조각의 응집과 관련이 있다(오른쪽).연구자들은 Folding@home을 사용하여 이 집계 과정을 시뮬레이션하여 질병의 원인을 더 잘 파악했습니다.

알츠하이머병은 노인들에게 가장 자주 영향을 주는 불치의 신경변성 질환으로 치매의 절반 이상을 차지한다.정확한 원인은 밝혀지지 않았지만, 이 질병은 단백질 오접힘 질환으로 밝혀졌다.알츠하이머는 Aβ가 잘못 접혀 다른 Aβ펩타이드와 함께 뭉쳐져 발생하는 아밀로이드 베타(Aβ) 펩타이드의 독성 응집과 관련이 있다.이러한 Aβ 집합체는 알츠하이머병의 [49][50][51]병리학적 지표인 상당히 큰 노인성 플라크로 성장한다.이러한 골재의 이기종 특성으로 인해 X선 결정학 및 핵자기공명(NMR)과 같은 실험 방법은 구조를 특성화하는 데 어려움을 겪었다.더욱이, Aβ 집적의 원자 시뮬레이션은 크기와 [52][53]복잡성 때문에 계산적으로 매우 까다롭다.

Naem과 Fazili는 문헌 리뷰 [54]기사에서 Aβ 응집 예방은 알츠하이머병을 위한 치료제를 개발하는 유망한 방법이다.2008년 Folding@home은 수십 초의 시간 척도에 걸쳐 원자 상세하게 Aβ 집적의 역학을 시뮬레이션했다.이전 연구에서는 약 10마이크로초만 시뮬레이션할 수 있었습니다.Folding@home은 이전에 가능했던 것보다 6배 긴 Aβ 폴딩을 시뮬레이션할 수 있었다.연구원들은 [55]이 연구 결과를 구조 내에서 분자 상호작용의 주요 원천이었던 베타 머리핀을 식별하기 위해 사용했다.이 연구는 향후 통합 연구와 통합 [52]과정을 안정화할 수 있는 작은 펩타이드를 찾기 위한 추가 연구를 위해 Pande 연구실을 준비하는 데 도움이 되었다.

2008년 12월, Folding@home은 Aβ [56]골재의 독성을 억제하는 것으로 보이는 몇 가지 작은 약물 후보를 발견했다.2010년, 단백질 접이식 기계 센터와 긴밀히 협력하여, 이러한 약물 리드는 생체 [35]조직에 대한 시험을 시작했다.2011년 Folding@home은 골재 형성을 안정화시키는 것으로 보이는 Aβ의 여러 돌연변이에 대한 시뮬레이션을 완료했다. 이는 Aβ 올리고머의 [53][57]실험적인 핵자기공명분광학 연구에 큰 도움을 줄 수 있다.그해 말, Folding@home은 다양한 천연 효소가 Aβ의 [58][59]구조와 접힘에 어떤 영향을 미치는지 결정하기 위해 다양한 Aβ 조각의 시뮬레이션을 시작했다.

헌팅턴병

헌팅턴병은 단백질이 잘못 접히고 집적되는 신경변성 유전 질환이다.헌팅틴 단백질의 N말단에서 글루타민 아미노산의 과도한 반복은 응집을 일으키고 반복의 거동은 완전히 이해되지 않지만 질병과 [60]관련된 인지 저하를 초래한다.다른 골재와 마찬가지로 [61]그 구조를 실험적으로 결정하는 것은 어렵다.과학자들은 Folding@home을 사용하여 헌팅틴 단백질 골재의 구조를 연구하고 골재 [35]형성을 멈추기 위한 합리적인 약물 설계 방법을 예측하고 있습니다.헌팅틴 단백질의 N17 조각은 이러한 응집을 가속화하며, 여러 가지 메커니즘이 제안되었지만, 이 과정에서 N17 조각의 정확한 역할은 거의 알려지지 않았다.[62]Folding@home은 [63]질병에서 그들의 역할을 명확히 하기 위해 이것과 다른 단편들을 시뮬레이션했다.2008년부터 알츠하이머병에 대한 약물 설계 방법이 헌팅턴에 [35]적용되고 있다.

암

알려진 모든 암의 절반 이상은 모든 세포에 존재하는 종양 억제 단백질인 p53의 돌연변이를 포함한다. p53은 DNA 손상 시 세포 주기 및 세포 사멸 신호를 조절한다.p53의 특정 돌연변이는 이러한 기능을 방해할 수 있으며, 비정상적인 세포가 계속 자라나 종양의 발생을 초래할 수 있습니다.이러한 돌연변이의 분석은 p53 관련 [64]암의 근본 원인을 설명하는 데 도움이 된다.2004년, Folding@home은 물의 원자 전체 시뮬레이션에서 p53의 단백질 이합체의 리폴딩에 대한 최초의 분자 역학 연구를 수행하는데 사용되었다.시뮬레이션 결과는 실험 관찰 결과와 일치했고 이전에는 얻을 [65]수 없었던 이합체의 리폴딩에 대한 통찰력을 제공했습니다.이것은 분산 컴퓨팅 [66]프로젝트의 암에 관한 최초의 동료 리뷰 출판물입니다.이듬해, Folding@home은 주어진 단백질의 안정성에 중요한 아미노산을 식별하는 새로운 방법을 개발했고, 이는 p53의 돌연변이를 연구하는데 사용되었다.이 방법은 암을 촉진하는 돌연변이를 식별하는데 상당히 성공적이었으며, 그렇지 않으면 [67]실험적으로 측정할 수 없는 특정 돌연변이의 영향을 결정했다.

Folding@home은 또한 세포 내에서 복잡하고 [35]화학적으로 스트레스를 받는 환경에서 다른 단백질의 접힘을 도와 세포 생존에 필수적인 역할을 하는 열충격 단백질인 단백질 샤페론을 연구하는데도 사용된다.빠르게 성장하는 암세포는 특정 보호자에 의존하며, 일부 보호자는 화학요법 내성에 중요한 역할을 한다.이러한 특정 보호자에 대한 억제는 효율적인 화학요법 약물 또는 [68]암 확산을 감소시키기 위한 잠재적 작용 모드로 보여진다.Folding@home을 사용하고 단백질 접이식 기계 센터와 긴밀히 협력하여, Pande 연구소는 암세포에 [69]관여하는 보호자를 억제하는 약을 찾기를 희망하고 있다.연구자들은 또한 Src 키나제 효소, 그리고 [70][71]암을 포함한 많은 질병과 관련이 있을 수 있는 어떤 형태의 호메오도메인과 같은 암과 관련된 다른 분자들을 연구하기 위해 Folding@home을 사용하고 있다.2011년 Folding@home은 암세포의 [72][73]표면 수용체에 결합함으로써 영상 스캔에서 암을 식별할 수 있는 작은 크노틴 단백질 EETI의 역학 시뮬레이션을 시작했다.

인터류킨2(IL-2)는 면역계의 T세포가 병원균과 종양을 공격하는 것을 돕는 단백질이다.그러나 폐부종 등 부작용이 심각해 암 치료제로는 사용이 제한된다.IL-2는 T세포와 다르게 폐세포에 결합하기 때문에 IL-2 연구는 이러한 결합 메커니즘 간의 차이를 이해하는 것을 포함한다.2012년 Folding@home은 면역체계 역할에 300배 더 효과적이지만 부작용이 적은 IL-2 돌연변이 형태의 발견을 도왔다.실험에서, 이 변형된 형태는 종양 성장을 방해하는 데 있어 자연 IL-2를 크게 능가했다.제약회사들은 이 돌연변이 분자에 관심을 표명하고 있으며,[74][75] 국립보건원은 치료제로서 이 분자의 개발을 가속화하기 위해 다양한 종양 모델에 대해 이 분자를 테스트하고 있다.

골형성불완전증

골형성불완전증은 뼈가 부서지기 쉬운 질병으로 알려져 있으며 치명적인 치료불완전성 골질환은 치명적일 수 있다.그 병에 걸린 사람들은 기능적인 결합골조직을 만들 수 없다.이것은 다양한 구조적 역할을 수행하며 [77]포유동물에서 가장 풍부한 단백질인 Type-I [76]콜라겐의 돌연변이 때문이다.이 돌연변이는 콜라겐의 삼중나선 구조에 변형을 일으켜 자연적으로 파괴되지 않으면 뼈 [78]조직이 비정상적이고 약해지는 원인이 된다.2005년 Folding@home은 [79]이전의 시뮬레이션 방법을 개선하여 향후 콜라겐 컴퓨팅 연구에 유용할 수 있는 새로운 양자역학 방법을 테스트했습니다.비록 연구자들이 콜라겐 접힘과 잘못 접힘을 연구하기 위해 Folding@home을 사용했지만, 그 관심은 알츠하이머와 헌팅턴의 [35]연구와 비교해 볼 때 시범적인 프로젝트로 받아들여지고 있다.

바이러스

Folding@home은 인플루엔자나 HIV와 같은 일부 바이러스가 생체 [35]세포를 인식하고 들어가는 것을 막기 위한 연구에 도움을 주고 있다.2011년 Folding@home은 HIV의 핵심 성분인 효소 RNase H의 역학에 대한 시뮬레이션을 시작하여 [80]이를 비활성화하는 약을 설계하기 시작했습니다.Folding@home은 또한 바이러스 감염과 광범위한 생물학적 기능에 필수적인 사건인 막융합을 연구하기 위해 사용되어 왔다.이 융합은 바이러스 융합 단백질의 구조 변화와 단백질 [36]도킹을 포함하지만, 융합 뒤에 있는 정확한 분자 메커니즘은 거의 알려지지 않았습니다.[81]핵융합 사건은 수백 마이크로초 동안 50만 개 이상의 원자가 상호작용하는 것으로 구성될 수 있습니다.이러한 복잡성으로 인해 일반적인 컴퓨터 시뮬레이션은 수 나노초 동안 약 10,000개의 원자로 제한됩니다. 이는 몇 가지 크기의 [55]차이입니다.막융합 메커니즘을 예측하기 위한 모델의 개발은 항바이러스제로 [82]그 과정을 목표로 하는 방법에 대한 과학적 이해를 도울 것이다.2006년에 과학자들은 마르코프 상태 모델과 Folding@home 네트워크를 적용하여 융합을 위한 두 가지 경로를 발견하고 다른 기계적 [55]통찰력을 얻었다.

2007년 Folding@home에서 소포라고 불리는 작은 세포에 대한 상세한 시뮬레이션을 실시한 후, Pande 연구소는 융합 [83]중 구조 변화의 토폴로지를 측정하는 새로운 컴퓨팅 방법을 도입했습니다.2009년, 연구원들은 Folding@home을 숙주 세포에 바이러스를 부착하고 바이러스 진입을 돕는 단백질인 인플루엔자 헤마글루티닌의 돌연변이를 연구하기 위해 사용했다.헤마글루티닌에 대한 돌연변이는 단백질이 숙주의 세포 표면 수용체 분자에 얼마나 잘 결합하는지에 영향을 미치는데, 이것은 바이러스가 숙주의 유기체에 얼마나 감염되는지를 결정합니다.헤마글루티닌 돌연변이의 영향에 대한 지식은 항바이러스제 [84][85]개발에 도움이 된다.2012년 현재 Folding@home은 버지니아 [35][86]대학의 실험 연구를 보완하면서 헤마글루티닌의 접힘과 상호작용을 시뮬레이션하고 있습니다.

2020년 3월, Folding@home은 치료법을 찾고 코로나 바이러스 대유행에 대해 더 많은 것을 배우는 전 세계 연구자들을 돕기 위한 프로그램을 시작했다.프로젝트의 첫 물결은 사스-CoV-2 바이러스와 관련 사스-CoV 바이러스의 잠재적인 약제성 단백질 표적을 시뮬레이션하며,[87][88][89] 이 표적에 대해 훨씬 더 많은 데이터를 이용할 수 있다.

의약품 설계

약물은 표적 분자의 특정 위치에 결합하고 목표물을 비활성화하거나 구조 변화를 일으키는 것과 같은 원하는 변화를 일으킴으로써 기능한다.이상적으로는 약물은 매우 특이적으로 작용해야 하며 다른 생물학적 기능을 방해하지 않고 표적에만 결합해야 한다.하지만, 두 분자가 어디에서 얼마나 단단하게 결합할 것인지 정확하게 결정하는 것은 어렵다.컴퓨팅 능력의 한계로 인해, 실리콘 방법의 전류는 일반적으로 정확성을 위해 속도를 교환해야 합니다. 예를 들어, 계산 비용이 많이 드는 자유 에너지 계산 대신 신속한 단백질 도킹 방법을 사용합니다.Folding@home의 컴퓨팅 퍼포먼스는 연구자가 두 가지 방법을 모두 사용하여 효율성과 신뢰성을 [39][90][91]평가할 수 있도록 합니다.컴퓨터 보조 약물 설계는 약물 [38]발견을 촉진하고 비용을 절감할 수 있는 잠재력을 가지고 있다.2010년 Folding@home은 MSM과 자유 에너지 계산을 사용하여 X선 결정학을 통해 실험적으로 결정된 결정 구조에서 빌린 단백질의 고유 상태를 1.8 앵스트롬(O) 루트 평균 제곱 편차(RMSD) 이내로 예측했다.이러한 정확도는 본질적으로 구조화되지 않은 [55]단백질을 포함한 미래의 단백질 구조 예측 방법과 관련이 있다.과학자들은 최후의 수단으로 사용되는 항생제인 반코마이신과 [92][93]페니실린과 같은 항생제를 분해할 수 있는 단백질인 베타락타마아제를 연구함으로써 약물에 대한 내성을 연구하기 위해 Folding@home을 사용했다.

화학 활동은 단백질의 활성 부위를 따라 일어납니다.기존의 약물 설계 방법에는 표적 단백질이 하나의 단단한 구조에 존재한다는 가정 하에 이 부위에 단단히 결합하고 해당 부위의 활동을 차단하는 것이 포함된다.그러나 이 접근법은 모든 단백질의 약 15%에 대해서만 효과가 있다.단백질은 작은 분자에 의해 결합될 때 단백질의 구조를 바꿀 수 있고 궁극적으로 단백질의 활동에 영향을 미칠 수 있는 알로스테릭 부위를 포함합니다.이 사이트들은 매력적인 약물 표적이지만, 그것들을 찾는 것은 계산적으로 매우 비용이 많이 든다.2012년, Folding@home과 MSM은 의학적으로 관련된 세 가지 단백질(β-락타마아제, 인터류킨-2, RNase H)[93][94]에서 알로스테릭 부위를 식별하기 위해 사용되었다.

알려진 항생제의 약 절반은 메신저 RNA를 단백질로 변환함으로써 단백질 생합성을 수행하는 크고 복잡한 생화학 기계인 박테리아의 리보솜의 작동을 방해한다.마크로라이드 항생제는 리보솜의 출구 터널을 막아서 필수적인 박테리아 단백질의 합성을 막습니다.2007년, Pande 연구소는 새로운 [35]항생제를 연구하고 설계하기 위한 보조금을 받았다.2008년, 그들은 이 터널의 내부와 특정 분자가 어떻게 그것에 [95]영향을 미칠 수 있는지를 연구하기 위해 Folding@home을 사용했다.리보솜의 전체 구조는 2011년에만 결정되었으며, Folding@home은 리보솜 단백질의 기능이 거의 [96]알려지지 않았기 때문에 리보솜 단백질을 시뮬레이션하였다.

생물의학 연구의 잠재적 응용 분야

Folding@home에서 얻을 수 있는 단백질 오접힘 촉진 질환은 더 많이 있으며, 오접힘 단백질 구조나 오접힘 속도론을 식별하여 향후 약물 설계에 도움을 줄 수 있습니다.종종 치명적인 프리온 질환은 가장 심각한 질병 중 하나이다.

프리온병

프리온(PrP)은 진핵세포에서 널리 발견되는 막간세포단백질이다.포유동물에서, 그것은 중추신경계에 더 풍부합니다.비록 그것의 기능은 알려지지 않았지만, 종들 사이의 높은 보존은 세포 기능에 중요한 역할을 한다는 것을 보여준다.정상적인 프리온 단백질(PrPc, 세포를 의미함)에서 Isoform PrPSc(시제품 프리온 질환의 약자)를 일으키는 질환으로의 구조 변화는 크로이츠펠트-야콥병의 소 해면상뇌증(BSE)을 포함하여 총칭하여 전염성 해면상뇌증(TSE)으로 알려진 다수의 질병을 유발한다.인간의 치명적인 불면증(CJD)과 사슴과의 만성 소모성 질병(CWD)입니다.단백질의 잘못된 접힘의 결과로 구조 변화가 널리 받아들여지고 있다.TSE가 다른 단백질 오접힘 질환과 구별되는 것은 전염되는 특성이다.감염성 PrPSc의 '씨뿌리기'는 자연 발생, 유전 또는 오염된 조직에 대한 [97]노출을 통해 발생하며, 정상적인 PrPc를 PrPSc로 [98]구성된 섬유질 집합체 또는 아밀로이드와 같은 플라크로 변환하는 연쇄 반응을 일으킬 수 있다.

PrPSC의 분자 구조는 응집된 특성으로 인해 완전히 특성화되지 않았다.단백질이 잘못 접히는 메커니즘이나 그것의 동태에 대해서는 잘 알려져 있지 않다.PrPc의 알려진 구조와 아래에 설명된 시험관내 및 생체내 연구 결과를 사용하여 Folding@home은 PrPSC가 어떻게 형성되고 감염성 단백질이 플라크와 같이 섬유소와 아밀로이드를 형성하도록 스스로 배열하는 방법을 설명하는데 있어 PrPSc를 정제하거나 골재를 용해해야 하는 요구사항을 우회하는 데 유용할 수 있다.

PrPc는 막에서 효소적으로 분리되어 정제되었으며, NMR 분광학, X선 결정학 등의 구조 특성 기법을 사용하여 구조 연구되었다.번역 후 PrPc는 뮤린에 231개의 아미노산(aa)을 가지고 있다.분자는 최대 aa 잔기 121에 걸친 길고 구조화되지 않은 아미노 말단 영역과 구조화된 카르복시 말단 [98]도메인으로 구성된다.이 구상 도메인은 2개의 짧은 시트 형성 반평행 β-스트랜드(murine PrPc의 경우 aa 128~130 및 aa 160~162)와 3개의 α-헬리체(helix I: aa 143~153, helix II: aa 171~192, helix III: aa: aa 199~226 in murine PrPc,[99] 헬리체 II 및 III)를 가지며 반평행 방향으로 연결되어 있다.이들의 구조적 안정성은 양쪽 시트 형성 β-스트랜드와 평행한 디술피드 브릿지에 의해 지지된다.이러한 α-헬리체와 β-시트는 PrPc [100]구상 영역의 강체핵을 형성한다.

PrPSC를 일으키는 질병은 단백질분해효소 K에 내성이 있고 불용성입니다.감염된 동물의 뇌에서 정화를 시도하면 NMR 분광학이나 X선 결정학으로 특징화할 수 없는 이종 혼합물과 응집된 상태가 된다.그러나 PrPSc는 단백질을 불용성화시키고 단백질 분해효소에 내성을 갖게 하는 일반 PrPc보다 촘촘히 쌓인 β-시트의 높은 비율을 포함하고 있다는 것이 일반적인 의견이다.유사한 공통 단백질 구조에 기초한 저온전자 현미경 검사 및 구조 모델링 기술을 사용하여 PrPSC는 aa 81-95 ~ aa 171의 영역에 γ-sheet를 포함하는 반면 카르복시 말단 구조는 정상 PrPc에서 디술피드와 연결된 α-헬리컬 구조를 유지하는 것으로 추정되었다.이러한 β-시트는 평행한 왼손잡이 베타-나선을 [98]형성합니다.3개의 PrPSC 분자가 1차 단위를 형성하고, 따라서 스크래피 [101]관련 섬유라고 불리는 기초가 되는 것으로 여겨진다.촉매 활성은 입자의 크기에 따라 달라집니다.PrPSC 입자는 14~28Pc 분자로만 구성되어 있어 감염성과 [102]전환율이 가장 높다.

힘든 일이고 단점, PrPc의 알려진 분자 구조에서 PrPSc을 정화시킬 수 있고 질소 말단 deletion,[103]형질 전환한 쥐를 사용하여에도 불구하고 단백질이 병원성 PrPSc에 misfolding의 잠재적‘핫 스팟’ 과 접이식 @ 집 큰 가치의 이 확인할 것을 가능케 할 수 있다.연구는 이것이 프리온 단백질의 이차 1차 구조 변환 중요성이 된다는 사실을 발견하였다.

그 이것이 프리온 단백질 유전자(PRNP)의 관련된 것이나 직접 인간 TSEs[56]의 세습과 연관되어 있다고 알려져 있다 20여 돌연변이들의 어떤 위치에서 하나의 아미노산는지 여부를 나타내는 값, PrPc의 일산화 탄소 domain,[99]내에 TSEs에 취약성에 영향을 미칠 수 있을 것 같다.

PrPc의 번역 후 아미노 말단 지역은 본격적인 성숙되 PrPc의 아미노산 순서의 거의 절반을 차지하고 잔류물 23-120로 구성되어 있다.에는 변환에 영향을 미칠 수 있는 아미노산인 단말 지역의 2개 부분으로 나뉜다.첫째, 잔류물 52-90 이는 괴상 용암 108–124.[104]의 두번째 섹션을 통해 초기 바인딩(그 octapeptide 반복을 통해)과 또한 실제 변환에 영향을 미치는 하나의 octapeptide 반복(5배)영역이 들어 있다.비록 이 시퀀스는으로 우회할 부분 섬유성 총체를 형성할 것을 요구하는 소수성 AGAAAAGA 아아 잔여 113과 120사이에 추정의 집합체로 묘사된다 site,[105]위치해 있다.[106]

3나선 가운데 일산화 탄소 구상 domain,[100]에서, 연구는 나사선 II왕은 중요한 더 높은 경향 형태 β-strand에 갔다.[107]높은 형태 flexvoribility 잔류물 114-125(그 틀에 박히지 않은 펩타이드 사슬의 일부)과 나선 2세의 높은 β-strand 성향 사이 때문에, 환경 조건이나 상호 작용에서 다만 온건한 변화 PrPc의 misfolding과 그에 따른 fibril 형성을 유도하기 위해 충분할 수 도 있다.[98]

PrPc의 핵자기 공명 구조체의 다른 연구들은 잔류물(~108–189)둘 다 β-strands, 처음 두 α-helices고, loop/turn 지역 연결이 아닌 나선 3세 포함 접은 도메인의 대부분을 포함한 것으로 나타났다.[103]PrPc 자체의loop/turn 구조물 내 작은 변경이 전환에 또한 중요할 수 있다.[108]또 다른 연구에서, Riek(알. 루프 지역의β-strand 작은 두 지역 PrPc의 loop/turn과α-helical 구조 β-sheet의 형태 전환을 위한 핵 생성 사이트 역할을 보여 주었다.[99]

변환의 에너지 임계값이 반드시 높은 것은 아닙니다.접힘 안정성, 즉 환경에서 구상 단백질의 자유 에너지가 1~2개의 수소 결합 범위 내에 있으므로 높은 전이 에너지 없이도 [98]등화소 형태로 전환할 수 있다.

PrPc 분자 간의 상호작용 각각에서 소수성 상호작용은 폴리펩타이드 사슬의 단편을 [109]근접하게 하기 때문에 PrPSc의 특징인 β-시트의 형성에 중요한 역할을 한다.실제로 Kutznetsov와 Rackovsky는 인간의 PrPc에서 질병을 촉진하는 돌연변이가 국소 소수성을 증가시키는 통계적으로 유의한 경향을 보였다.

시험관내 실험에서 오접힘의 역학은 초기 지연 단계를 거쳐 섬유소 [111]형성의 빠른 성장 단계를 갖는 것으로 나타났다.PrPc는 아밀로이드 [98]섬유의 일부로 끝나기 전에 적어도 부분적으로 펴지거나 분해되는 등 일부 중간 상태를 거치는 것으로 보입니다.

참가 패턴

다른 분산 컴퓨팅 프로젝트와 마찬가지로 Folding@home은 온라인 시민 과학 프로젝트입니다.이러한 프로젝트에서는 비전문가가 컴퓨터 처리 능력을 제공하거나 전문 과학자가 작성한 데이터를 분석하는 데 도움을 줍니다.참가자는 명확한 보상을 거의 받지 못하거나 전혀 받지 못합니다.

시민 과학자들의 동기에 대한 연구가 진행되었고, 이러한 연구의 대부분은 참가자들이 이타적인 이유 때문에 참여하도록 동기를 부여받았다. 즉, 그들은 과학자들을 돕고 그들의 [112][113][114][115]연구 발전에 기여하기를 원한다.시민 과학의 많은 참여자들은 연구의 주제에 대한 근본적인 관심을 가지고 있으며, 그들이 관심 있는 분야에 있는 프로젝트에 끌린다.그런 점에서 Folding@home도 다르지 않다.[116]최근 400명이 넘는 참여자들을 대상으로 수행된 연구는 그들이 연구에 기여하기를 원했고 많은 참여자들이 Folding@home 과학자들이 조사하는 질병에 영향을 받은 친구나 친척들이 있다는 것을 밝혀냈다.

Folding@home은 컴퓨터 하드웨어 애호가들의 관심을 끌고 있습니다.이러한 그룹은 프로젝트에 상당한 전문 지식을 가져와 고도의 처리 능력을 [117][need quotation to verify]갖춘 컴퓨터를 구축할 수 있습니다.다른 분산 컴퓨팅 프로젝트에서는 이러한 유형의 참가자를 끌어들여 수정된 컴퓨터의 성능을 벤치마킹하기 위해 프로젝트가 자주 사용되며, 이 취미활동의 측면은 프로젝트의 경쟁성을 통해 수용됩니다.개인과 팀은 누가 가장 많은 컴퓨터 처리 장치(CPU)를 처리할 수 있는지 경쟁할 수 있습니다.

온라인 그룹의 인터뷰와 민족지학적 관찰을 포함한 Folding@home에 관한 이 최신 조사에서는 하드웨어 애호가들의 팀이 때때로 협력하여 처리 출력을 최대화하는 데 관한 베스트 프랙티스를 공유할 수 있다는 것을 알 수 있었습니다.이러한 팀은 공통 언어와 온라인 문화를 가진 연습 커뮤니티가 될 수 있습니다.이러한 참여 패턴은 다른 분산 컴퓨팅 [118][119]프로젝트에서도 관찰되고 있습니다.

Folding@home 참가자들의 또 다른 중요한 관찰은 많은 사람들이 [116]남성이라는 것이다.이는 다른 분산 프로젝트에서도 확인되었습니다.게다가, 많은 참가자가 컴퓨터나 테크놀로지를 베이스로 한 직업이나 [116][120][121]커리어에 종사하고 있습니다.

Folding@home 참가자가 모두 하드웨어 애호가인 것은 아닙니다.많은 참가자들이 수정되지 않은 기계에서 프로젝트 소프트웨어를 실행하고 경쟁적으로 참여하고 있습니다.Folding@home에는 10만 명 이상의 참가자가 참여하고 있습니다.그러나 하드웨어 애호가들의 참여 비율이 어느 정도인지 확인하기는 어렵다.프로젝트 매니저에 따르면 처리 능력 [122]면에서는 마니아 커뮤니티의 기여도가 상당히 높다고 합니다.

성능

Folding@home의 컴퓨팅 파워와 2004년 4월부터 2012년 10월까지의 가장 빠른 슈퍼컴퓨터.2007년 6월부터 2011년 6월까지 Folding@home(빨간색)은 Top500에서 가장 빠른 슈퍼컴퓨터(검은색)의 성능을 능가했습니다.그러나 2011년 11월 K 컴퓨터, 2012년 6월 Blue Gene/Q에 의해 가려졌다.

기존 LINPACK 벤치마크를 실행하여 슈퍼컴퓨터 FLOPS 성능을 평가합니다.LINPACK은 슈퍼컴퓨터 하드웨어에 보다 효율적으로 매핑되기 때문에 이 단기 테스트에서는 실제 작업에 지속적인 성능을 정확하게 반영하기가 어렵습니다.컴퓨팅 시스템은 아키텍처와 설계에 따라 다르기 때문에 직접 비교하기는 어렵습니다.그럼에도 불구하고 FLOPS는 여전히 슈퍼컴퓨팅에서 [123][need quotation to verify]사용되는 주요 속도 메트릭입니다.이와는 대조적으로 Folding@home은 작업 [124]단위가 완료되는 데 걸리는 시간을 측정하여 벽 클럭 시간을 사용하여 FLOPS를 결정합니다.

2007년 9월 16일 PlayStation 3 콘솔의 참여로 인해 Folding@home 프로젝트는 공식적으로 1개의 네이티브 페타플롭스보다 높은 퍼포먼스 수준을 달성하여 [125][126]모든 종류의 컴퓨팅 시스템으로는 최초로 달성하였습니다.당시 탑500에서 가장 빠른 슈퍼컴퓨터는 블루진/[127]L로 0.280페타플롭스였습니다.이듬해인 2008년 5월 7일 프로젝트는 2개의 네이티브 [128]페타플로PS보다 높은 퍼포먼스 수준을 유지하였고, 이어 2008년 8월과[129][130] 2008년 9월 28일 각각 [131]3개의 네이티브 페타플로PS 마일스톤과 4개의 네이티브 페타플로PS 마일스톤을 달성하였습니다.2009년 2월 18일 Folding@home은 5개의 네이티브 petaFLOPS를 [132][133]달성하여 이 5가지 [134][135]수준을 충족하는 최초의 컴퓨팅 프로젝트였습니다.이에 비해 2008년 11월 가장 빠른 슈퍼컴퓨터는 IBM의 [136]Roadrunner로 1.15petaFLOPS였습니다.2011년 11월 10일, Folding@home의 성능은 거의 8 x86 petaFLOPS에 해당하는 6개의 네이티브 petaFLOPS를 [126][137]초과했습니다.2013년 5월 중순, Folding@home은 14.87 x86 petaFLOPS에 해당하는 7개 이상의 네이티브 페타플롭스를 달성했습니다.그 후 6월 21일 8개의 토종 페타플롭스에 도달했고, 그 해 9월 9일에는 9개의 토종 페타플롭스에 [138]도달했으며, 17.9 x 86 페타플롭스를 기록했다.2016년 5월 11일, Folding@home은 100 x 86 petaFLOPS를 [139]목표로 하고 있다고 발표했습니다.

2020년 코로나 바이러스 대유행으로 인한 프로젝트에 대한 인식 및 참여 증가로 인해 추가적인 사용이 증가했다.2020년 3월 20일 Folding@home은 트위터를 통해 958 x86 [141]petaFLOPS에 해당하는 470개 이상의 네이티브 petaFLOPS를 [140]실행 중이라고 발표했습니다.3월 25일까지는 768페타플롭스(1.5x86 exaFLOPS)에 도달하여 최초의 exaFLOPS [142]컴퓨팅 시스템이 되었습니다.2020년 11월 20일 Folding@home은 계산 오류로 [143]인해 0.2 x86 exaFLOPS만 있습니다.

포인트

다른 분산 컴퓨팅 프로젝트와 마찬가지로 Folding@home은 신용 시스템을 [144]통해 프로젝트에 대한 사용자 컴퓨팅의 기여도를 정량적으로 평가합니다.주어진 단백질 프로젝트의 모든 단위는 균일한 기본 크레딧을 가집니다.이것은 프로젝트가 [144]출시되기 전에 공식 참조 기계에서 해당 프로젝트의 하나 이상의 작업 단위를 벤치마킹하여 결정됩니다.각 사용자는 각 작업 유닛을 완료하기 위해 이러한 기준점을 받지만, 패스키를 사용하여 계산상 요구가 더 높거나 과학적 [145][146]우선 순위가 더 높은 신뢰할 수 있고 신속하게 완료 유닛에 대한 추가 보너스 포인트를 받을 수 있다.또, 복수의 [147]머신의 클라이언트에 의해서, 유저가 자신의 작업에 대한 크레딧을 취득할 수도 있습니다.이 포인트 시스템은 수여된 신용을 과학적 [144]결과의 가치에 맞추려고 시도합니다.

사용자는 모든 구성원의 포인트를 합산한 팀으로 투고를 등록할 수 있습니다.사용자는 자신의 팀을 시작하거나 기존 팀에 가입할 수 있습니다.경우에 따라서는, 인터넷 [148]포럼등의 커뮤니티에 의한 지원이나 채용원을 가지는 팀도 있습니다.이 포인트는 개인과 팀 간의 우호적인 경쟁을 촉진하여 프로젝트를 최대한으로 계산함으로써 접이식 커뮤니티에 이익을 주고 과학 [144][149][150]연구를 가속화할 수 있습니다.개인 및 팀 통계는 Folding@home [144]웹 사이트에 게시됩니다.

사용자가 새 팀을 구성하지 않거나 기존 팀에 가입하지 않은 경우 해당 사용자는 자동으로 "기본" 팀의 일부가 됩니다.이 "기본" 팀의 팀 번호는 "0"입니다.통계는 이 "기본" 팀뿐만 아니라 특별히 지정된 팀에도 누적됩니다.

소프트웨어

사용자 측에서 Folding@home 소프트웨어에는 작업 단위, 코어 및 클라이언트의 세 가지 주요 구성 요소가 포함됩니다.

작업 단위

작업단위는 클라이언트에 처리를 요구하는 단백질 데이터입니다.작업 단위는 마르코프 모델에서 상태 간 시뮬레이션의 일부입니다.작업 유닛이 자원봉사자의 컴퓨터에 의해 다운로드되어 완전히 처리되면 Folding@home 서버로 반환되며, Folding@home 서버는 Folding@home 서버로 반환됩니다.이 사이클은 자동으로 [149]반복됩니다.모든 작업 단위에는 관련 기한이 있으며, 이 기한을 초과하면 사용자는 신용을 얻지 못할 수 있으며, 해당 단위는 다른 참가자에게 자동으로 재발행됩니다.단백질 폴딩이 연속적으로 발생하고 이전 작업 단위에서 많은 작업 단위가 생성되기 때문에 작업 단위가 합리적인 시간이 지나도 반환되지 않으면 전체 시뮬레이션 프로세스가 정상적으로 진행될 수 있습니다.이러한 기한 때문에 Folding@home의 최소 시스템 요건은 스트리밍 SIMD 확장 기능(SSE)[147]을 갖춘 Pentium 3 450MHz CPU입니다.그러나 고성능 클라이언트의 작업 유닛은 단일 프로세서 클라이언트의 작업 유닛보다 훨씬 짧은 마감 시간을 가지고 있습니다.과학적인 이익의 대부분은 [151]시뮬레이션을 신속하게 완료해야 하기 때문입니다.

공개되기 전에 작업 유닛은 문제가 있는 작업 유닛이 완전히 이용 가능하게 되는 것을 방지하기 위해 몇 가지 품질 보증 단계를 거칩니다.이러한 테스트 단계에는 Folding@[152]home을 통한 최종 전체 릴리스 전 내부, 베타 및 고급이 포함됩니다.Folding@home의 작업 단위는 처리 중에 오류가 발생하는 드문 경우를 제외하고 일반적으로 한 번만 처리됩니다.이 문제가 3명의 다른 사용자에게 발생할 경우 장치는 배포에서 자동으로 [153][154]꺼냅니다.Folding@home 지원 포럼을 사용하여 문제가 있는 하드웨어와 불량 작업 [155]유닛에서 발생하는 문제를 구분할 수 있습니다.

코어

주요 기사:Folding@home 코어 목록

"FahCores"로 불리며 종종 "Cores"로 약칭되는 특수 분자 역학 프로그램은 백그라운드 프로세스로 작업 유닛에 대한 계산을 수행합니다.Folding@home의 코어의 대부분은 가장 빠르고 인기 [149]있는 분자역학 소프트웨어 패키지 중 하나인 GROMACS를 기반으로 하며, 주로 수동으로 최적화된 어셈블리 언어 코드와 하드웨어 최적화로 [156][157]구성됩니다.GROMACS는 오픈 소스 소프트웨어이며 Pande lab과 GROMACS 개발자 간의 협력이 있지만 Folding@home은 데이터의 [158]유효성을 확보하기 위해 비공개 소스 라이선스를 사용합니다.액티브하지 않은 코어에는 ProtoMol과 SHARNE이 있습니다.Folding@home은 AMBER, CPMD, Desmond 및 TINKER를 사용했지만 이후 폐기되어 [4][159][160]더 이상 활성화되지 않습니다.이러한 코어 중 일부는 주변 용제(일반적으로 물)를 원자별로 모델링하는 명시적인 용매 계산을 수행하는 반면, 다른 코어들은 용매가 수학적 [161][162]연속체로 취급되는 암묵적인 용매 방법을 수행합니다.코어는 클라이언트와 분리되어 있어 클라이언트 업데이트 없이 과학적 방법을 자동으로 업데이트할 수 있습니다.코어는 주기적으로 계산 체크포인트를 생성하여 [149]중단 시 해당 시점부터 작업을 재개할 수 있도록 합니다.

고객

Fedora 25에서 Folding@home 실행

Folding@home 참가자는 개인 컴퓨터에 클라이언트 프로그램을 설치합니다.사용자는 백그라운드에서 다른 소프트웨어 구성 요소를 관리하는 클라이언트와 상호 작용합니다.클라이언트를 통해 사용자는 폴딩 프로세스를 일시 중지하거나 이벤트 로그를 열거나 작업 진행 상황을 확인하거나 개인 통계를 [163]볼 수 있습니다.컴퓨터 클라이언트는 매우 낮은 우선순위로 백그라운드에서 연속적으로 실행되며 일반 컴퓨터 사용에 영향을 [147]미치지 않도록 유휴 처리 능력을 사용합니다.최대 CPU 사용량은 클라이언트 [163][164]설정을 통해 조정할 수 있습니다.클라이언트는 Folding@home 서버에 접속하여 작업 유닛을 취득합니다.또, 클라이언트의 설정, operating system, 및 기반이 되는 하드웨어 아키텍처에 적절한 코어를 다운로드할 수도 있습니다.처리 후 작업 유닛은 Folding@home 서버로 돌아갑니다.컴퓨터 클라이언트는 유니프로세서 및 멀티코어 프로세서 시스템 및 그래픽 처리 장치에 맞게 조정됩니다.각 하드웨어 아키텍처의 다양성과 파워를 통해 Folding@home은 여러 유형의 시뮬레이션을 몇 년이 아닌 몇 주 또는 몇 개월 내에 효율적으로 완료할 수 있으며, 이는 과학적으로 중요한 가치가 있습니다.이러한 클라이언트는 연구자가 이전에는 계산적으로 [39][149][151]해결할 수 없는 것으로 여겨졌던 생물의학적 문제를 연구할 수 있도록 합니다.

Folding@home의 코드 대부분은 클라이언트 측과 서버 측 모두에서 전문 소프트웨어 개발자가 담당합니다.개발팀에는 Nvidia, ATI, Sony 및 Cauldron [165]Development의 프로그래머가 포함되어 있습니다.클라이언트는 Folding@home 공식 웹 사이트 또는 그 상용 파트너에서만 다운로드할 수 있으며 Folding@home 컴퓨터 파일만 사용할 수 있습니다.Folding@home의 데이터 서버(포트 8080을 통해 80을 대체)에 데이터를 업로드 및 다운로드하고 2048비트 디지털 [147][166]서명을 사용하여 통신을 검증합니다.클라이언트의 Graphical User Interface(GUI;[167] 그래피컬 사용자 인터페이스)는 오픈 소스이지만 클라이언트는 보안과 과학적 무결성을 [168][169][170]이유로 하는 독점 소프트웨어입니다.

그러나 라이선스는 법적 영역에서 소급하여 적용할 수 있지만 실행 가능한 바이너리 파일의 수정(패치 적용이라고도 함)을 실질적으로 방해하지는 않기 때문에 독점 소프트웨어를 사용하는 이러한 근거는 논란이 되고 있습니다.반면 internet,[171]또는 바이너리의 앞선 2진 상태(즉 기운)[172]거나 decompiling에 의해 수정되었는지 설명한 것이 재분배를 통해 다운로드하고 마찬가지로,binary-only 분포, 중간자 공격을 통해 실행 binary-code의 악성 변형을 막지는 않는다.[173]과 레코수정 [174][175]후 파일링합니다.이러한 변경은 바이너리 파일 및 트랜스포트 채널이 서명되어 수신자/시스템이 디지털 서명을 확인할 수 없는 한 가능합니다.이 경우 보증되지 않은 변경을 검출할 수 있지만 [176]항상 검출할 수는 없습니다.어느 쪽이든 Folding@home의 경우 클라이언트 소프트웨어에서 처리되는 입력 데이터와 출력 결과는 모두 디지털 [147][166]서명되므로 클라이언트 소프트웨어 자체의 무결성과는 독립적으로 작업의 무결성을 검증할 수 있다.

Folding@home은 [149][165]네트워킹에 Cosm 소프트웨어 라이브러리를 사용합니다.Folding@home은 2000년 10월 1일에 시작되었으며 바이오 분자 시스템을 [177]대상으로 한 최초의 분산 컴퓨팅 프로젝트였습니다.첫 번째 클라이언트는 스크린세이버로 컴퓨터를 [178][179]사용하지 않을 때 실행됩니다.2004년, Pande 연구소는 David P와 협력했습니다. Anderson은 오픈 소스 BOINC 프레임워크에서 추가 클라이언트를 테스트합니다.이 클라이언트는 2005년 [180]4월에 클로즈드 베타 버전으로 출시되었지만, 이 방법은 실행할 수 없게 되어 2006년 [181]6월에 보류되었습니다.

그래픽스 처리 장치

그래픽스 처리 장치(GPU)의 전용 하드웨어는 비디오 게임 등의 3D 그래픽 애플리케이션의 렌더링을 고속화하기 위해 설계되었으며, 일부 계산에서는 CPU를 크게 능가할 수 있습니다.GPU는 가장 강력하고 빠르게 성장하는 컴퓨팅 플랫폼 중 하나이며, 많은 과학자와 연구자들이 GPGPU(그래픽 처리 장치)에 범용 컴퓨팅을 추진하고 있습니다.단, GPU 하드웨어는 그래픽스 이외의 태스크에서는 사용하기 어렵기 때문에 일반적으로 상당한 알고리즘 재구성과 기본 아키텍처에 [182]대한 고도의 이해가 필요합니다.이러한 커스터마이즈는 어려운 일이며, 소프트웨어 개발 리소스가 한정되어 있는 연구자에게는 더욱 그렇습니다.Folding@home은 오픈 소스 OpenMM 라이브러리를 사용합니다.이 라이브러리는 2개의 애플리케이션 프로그래밍 인터페이스(API) 레벨의 브리지 설계 패턴을 사용하여 분자 시뮬레이션 소프트웨어를 기본 하드웨어 아키텍처에 인터페이스합니다.하드웨어 최적화가 추가되어 OpenMM 기반의 GPU 시뮬레이션은 크게 변경할 필요가 없지만 수동 조정 GPU 코드와 거의 동등한 성능을 달성하여 CPU [161][183]구현보다 훨씬 뛰어난 성능을 발휘합니다.

2010년 이전에는 GPGPU 소비자용 하드웨어의 컴퓨팅 신뢰성은 거의 알려지지 않았으며 GPU 메모리에 내장된 오류 검출 및 수정이 없는 것과 관련된 정황 증거로 인해 신뢰성에 대한 우려가 제기되었습니다.GPU의 과학적 정밀도에 대한 첫 번째 대규모 테스트에서는 Folding@home 네트워크상의 20,000개 이상의 호스트를 대상으로 한 2010년 연구에서 테스트된 GPU의 3분의 2 메모리 서브시스템에서 소프트 에러가 검출되었습니다.이러한 오류는 보드 아키텍처와 밀접한 관련이 있지만, 소프트웨어 측의 오류 검출 [184]등 하드웨어 특성에 주의를 기울이는 한 신뢰할 수 있는 GPU 컴퓨팅이 매우 실현 가능하다는 것이 연구 결과입니다.

Folding@home의 GPU 클라이언트(GPU1)의 제1세대는 2006년 [181]10월 2일에 일반에 공개되어 CPU 기반의 [185]GROMACS에 비해 계산 속도가 20~30배 향상되었습니다.GPU가 분산 컴퓨팅 또는 주요 분자 역학 [186][187]계산에 사용된 것은 이번이 처음이었습니다.GPU1은 GPGPU 소프트웨어의 개발에 관한 중요한 지식과 경험을 연구자에게 제공했지만 DirectX의 과학적 오류에 대응하여 2008년 4월 10일 클라이언트의 [185][188]2세대 GPU2에 의해 계승되었습니다.GPU2의 도입에 따라 GPU1은 6월 [185]6일 공식적으로 폐기되었다.GPU1에 비해 GPU2는 과학적으로 신뢰성과 생산성이 높았고 ATI 및 CUDA 지원 Nvidia GPU에서 실행되었으며 보다 고급 알고리즘, 더 큰 단백질 및 단백질 시뮬레이션 [189][190]실시간 시각화를 지원했습니다.그 후 2010년 5월 25일 Folding@home의 GPU 클라이언트(GPU3)의 제3세대가 출시되었습니다.GPU2와의 하위 호환성은 있지만 GPU3는 보다 안정적이고 효율적이며 과학적 능력이 [191]유연했으며 OpenCL [191][192]프레임워크에 OpenMM을 사용했습니다.이러한 GPU3 클라이언트는 운영체제 Linux 및 MacOS를 기본적으로 지원하지 않지만 Nvidia 그래픽 카드를 사용하는 Linux 사용자는 Wine 소프트웨어 애플리케이션을 [193][194]통해 실행할 수 있었습니다.GPU는 Folding@home의 FLOPS에서 가장 강력한 플랫폼입니다.2012년 11월 현재 GPU 클라이언트는 프로젝트 전체의 x86 FLOPS [195]스루풋의 87%를 차지하고 있습니다.

Linux 에서의 Nvidia 및 AMD 그래픽 카드 네이티브 지원은 CUDA가 [196]아닌 OpenCL을 사용하는 FahCore 17에서 도입되었습니다.

플레이스테이션 3

상세정보: PlayStation과의 라이프
PlayStation 3의 Life With PlayStation 클라이언트는 접힌 단백질의 3D 애니메이션을 표시했습니다.

2007년 3월부터 2012년 11월까지 Folding@home은 PlayStation 3s의 컴퓨팅 성능을 활용했습니다.출시 당시 메인 스트리밍 Cell 프로세서는 일부 계산을 통해 PC보다 20배 빠른 속도를 제공했으며 Xbox [39][197]360과 같은 다른 시스템에서는 찾을 수 없는 처리 능력을 보였습니다.PS3의 고속화와 효율성은 Amdahl의 법칙에 따라 다른 가치 있는 최적화의 기회를 제공함과 동시에 컴퓨팅 효율과 전체적인 정확도 간의 균형을 크게 변화시켜 적은 추가 컴퓨팅 [198]비용으로 보다 복잡한 분자 모델을 사용할 수 있게 되었습니다.이를 통해 Folding@home은 다른 방법으로는 [199]불가능했을 생물의학 계산을 실행할 수 있었다.

PS3 클라이언트는 Sony와 Pande 연구소의 공동 개발로 2007년 [39][200]3월 23일 스탠드아론 클라이언트로 처음 출시되었습니다.Folding@home은 PS3를 [201]사용하는 최초의 분산 컴퓨팅 프로젝트가 되었습니다.이듬해 9월 18일 PS3 클라이언트는 [202][203]PlayStation과 함께 Life의 채널이 되었습니다.클라이언트는 도입 당시 실행할 수 있는 계산의 종류에 따라 CPU의 유연성과 GPU의 [149]속도 사이에 있습니다.그러나 PC에서 실행되는 클라이언트와 달리 사용자는 Folding@[199]home을 실행하는 동안 PS3에서 다른 작업을 수행할 수 없었습니다.PS3의 통일된 콘솔 환경 덕분에 기술 지원이 쉬워지고 Folding@home이 보다 사용하기 [39]쉽게 되었습니다.PS3는 또한 GPU에 데이터를 빠르게 스트리밍할 수 있는 기능을 가지고 있으며, GPU는 현재의 단백질 [198]역학을 실시간으로 원자 수준에서 시각화하는 데 사용되었습니다.

2012년 11월 6일, Sony는 Folding@home PS3 클라이언트 및 Life with PlayStation의 기타 서비스 지원을 종료했습니다.Folding@home은 5년 7개월 동안 1500만 명 이상의 사용자가 1억 시간 이상의 컴퓨팅에 기여하여 질병 연구 프로젝트를 크게 지원했습니다.Sony는 Pande 연구소와 논의한 후 애플리케이션을 종료하기로 결정했다.Pande는 PlayStation 3 클라이언트를 [204][205][206]이 프로젝트의 "게임 체인저"로 여겼다.

멀티코어 처리 클라이언트

Folding@home은 최신 멀티코어 프로세서의 병렬 컴퓨팅 기능을 사용할 수 있습니다.여러 CPU 코어를 동시에 사용할 수 있기 때문에 전체 시뮬레이션을 훨씬 빠르게 완료할 수 있습니다.이러한 CPU 코어는 조합하면 표준 유니프로세서 클라이언트보다 비례적으로 빠른 속도로 단일 작업 유닛을 완료할 수 있습니다.이 방법은 동일한 시간에 훨씬 더 긴 시뮬레이션 궤적을 수행할 수 있고 대규모 시뮬레이션을 여러 개별 프로세서로 [207]확장해야 하는 기존의 어려움을 줄여주기 때문에 과학적으로 가치가 있습니다.2007년 분자생물학 저널의 발표에서는 실험적인 접힘 [208]속도에 따라 빌린 단백질의 일부를 단일 프로세서 클라이언트보다 약 10배 긴 접힘을 시뮬레이션하기 위해 멀티코어 처리에 의존했다.

2006년 11월, 1세대 [181]SMP(Symmetric Multiprocessing) 클라이언트는 SMP1이라고 불리는 오픈 베타 테스트용으로 공개되었습니다.이러한 클라이언트는 병렬 처리를 위해 MPI(Message Passing Interface) 통신 프로토콜을 사용했습니다.그 당시 GROMACS 코어는 여러 [151]스레드에서 사용하도록 설계되지 않았습니다.분산 컴퓨팅 프로젝트에서 MPI를 [209]사용한 것은 이번이 처음이었습니다.클라이언트는 Linux나 macOS와 같은 Unix 기반 운영체제에서는 잘 동작했지만 [207][209]Windows에서는 문제가 있었습니다.2010년 1월 24일 SMP 클라이언트의 2세대이자 SMP1의 후계자인 SMP2가 오픈베타로 출시되어 복잡한 MPI를 보다 신뢰성 높은 스레드 기반 [146][165]구현으로 대체하였습니다.

SMP2는 bigadv 작업단위의 특수한 카테고리의 시험을 지원하며, 비정상적으로 크고 계산 집약적이며 과학적 우선순위가 높은 단백질을 시뮬레이션하도록 설계되었습니다.이 장치들은 원래 최소 8개의 CPU [210]코어가 필요했지만,[211] 이후 2012년 2월 7일에 16개로 증가했습니다.표준 SMP2 워크 유닛에 대한 하드웨어 추가 요건과 더불어 랜덤액세스 메모리(RAM)나 인터넷 대역폭 등의 시스템리소스가 더 필요합니다.이를 실행하는 사용자는 SMP2의 보너스 포인트 [212]시스템보다 20% 더 많은 보상을 받게 됩니다.bigadv 카테고리를 사용하면 Folding@home에서는 이전에 슈퍼컴퓨팅 클러스터를 사용해야 했기 때문에 Folding@[210]home에서는 실행할 수 없었던 고도의 시뮬레이션을 장시간 실행할 수 있습니다.bigadv 유닛을 실행할 수 있는 하드웨어를 가진 많은 사용자는 CPU 코어의 최소값이 증가했을 때 하드웨어 설정이 bigadv 워크 유닛에 적합하지 않다고 간주되어 일반 SMP 워크 유닛만 실행할 수 있게 되었습니다.이로 인해 프로그램에 많은 돈을 투자했다가 얼마 지나지 않아 bigadv 목적으로 하드웨어가 쓸모없게 된 많은 사용자들이 좌절했습니다.그 결과, Pande는 2014년 1월 bigadv 프로그램이 2015년 [213]1월 31일에 종료될 것이라고 발표했습니다.

V7

Windows 7에서 실행되는 Novemous 모드의 V7 클라이언트 샘플이미지V7은 다양한 제어 및 사용자 세부사항과 더불어 상태, 계산 진행률, ETA, 신용 포인트, 식별 번호 및 설명과 같은 작업 단위 정보를 제공합니다.

V7 클라이언트는 Folding@home 클라이언트 소프트웨어의 7세대이자 최신 세대이며, Windows, MacOS 및 Linux 운영 [214][215]체제용 이전 클라이언트를 완전히 다시 쓰고 통합한 것입니다.그것은 [216]2012년 3월 22일에 개봉되었다.이전 버전과 마찬가지로 V7은 매우 낮은 우선순위로 Folding@home을 백그라운드에서 실행할 수 있으므로 다른 애플리케이션이 필요에 따라 CPU 리소스를 사용할 수 있습니다.설치, 부팅 및 조작을 초보자도 쉽게 할 수 있도록 설계되었으며 이전 [217]고객보다 연구자에게 더 뛰어난 과학적 유연성을 제공할 수 있습니다.V7은 사용자가 개발 프로세스를 [215]보고 피드백을 제공할 수 있도록 버그 티켓을 관리하는 데 Trac을 사용합니다.

V7은 4개의 통합된 요소로 구성됩니다.사용자는 일반적으로 V7의 오픈 소스 GUI(FAHControl)[167][218]와 상호 작용합니다.Novice, Advanced 및 Expert 사용자 인터페이스 모드를 갖추고 있으며 한 대의 컴퓨터에서 다수의 원격 폴딩 클라이언트를 감시, 구성 및 제어할 수 있습니다.FAHControl은 각 FAHslot(또는 슬롯)을 관리하는 백엔드 애플리케이션인 FAHClient를 지시합니다.각 슬롯은 개별적으로 작업 유닛을 다운로드, 처리 및 업로드할 수 있기 때문에 이전에 구별되었던 Folding@home v6 유니프로세서, SMP 또는 GPU 컴퓨터 클라이언트를 대체하는 역할을 합니다.PS3의 뷰어를 본뜬 FAHViewer 기능은 현재 [214][215]처리 중인 단백질의 실시간 3D 렌더링을 표시합니다.

구글 크롬

2014년에는 구글 크롬 및 크롬 웹 브라우저용 클라이언트가 출시되어 사용자가 웹 브라우저에서 Folding@home을 실행할 수 있게 되었습니다.클라이언트는 Chromium 기반 웹 브라우저에서 Google의 Native Client(NaCl) 기능을 사용하여 사용자 [219]컴퓨터의 샌드박스에서 Folding@home 코드를 거의 네이티브 속도로 실행했습니다.NaCL의 단계적 종료와 Folding@home의 변경으로 인해 웹 클라이언트는 2019년 [220]6월에 영구 폐쇄되었습니다.

안드로이드

2015년 7월 Android 4.4 KitKat [221][222]이상을 실행하는 장치용 Android 휴대폰용 클라이언트가 Google Play에서 출시되었습니다.

2018년 2월 16일 Sony와 제휴하여 제공되었던 Android 클라이언트가 Google Play에서 삭제되었습니다.향후 [223]오픈 소스 대안을 제공할 계획이 발표되었습니다.

다른 분자 시뮬레이터와의 비교

Rosetta@home은 단백질 구조 예측을 목적으로 하는 분산 컴퓨팅 프로젝트이며 가장 정확한 3차 구조 예측 [224][225]변수 중 하나입니다.Rosetta의 소프트웨어에서 나온 구조 상태는 Folding@home [25]시뮬레이션의 시작점으로 마르코프 상태 모델을 초기화하기 위해 사용될 수 있습니다.반대로 구조 예측 알고리즘은 열역학적 및 운동학적 모델과 단백질 접힘 [226]시뮬레이션의 샘플링 측면으로부터 개선될 수 있다.Rosetta는 최종 접힌 상태만 예측하려고 하고, 접힌 상태가 어떻게 진행되는지는 예측하지 않기 때문에, Rosetta@home과 Folding@home은 상호 보완적이며 매우 다른 분자 [25][227]문제를 해결합니다.

안톤은 분자역학 시뮬레이션을 위해 만들어진 특수목적 슈퍼컴퓨터입니다.2011년 10월, Anton과 Folding@home은 가장 강력한 분자 역학 [228]시스템이었다.안톤은 2010년에 밀리초대에 [230][231]도달한 것과 같이 계산 비용이 많이 드는 단일 분자 [229]궤적을 생성하는 능력이 독특합니다.이러한 긴 궤적은 어떤 종류의 생화학적 [232][233]문제에 특히 도움이 될 수 있다.그러나 안톤은 분석에 마르코프 상태 모형(MSM)을 사용하지 않는다.2011년 판데 연구소는 두 개의 100µs 안톤 시뮬레이션에서 MSM을 구축했으며 안톤의 기존 분석을 통해 볼 수 없었던 대체 접힘 경로를 발견했다.그들은 제한된 수의 긴 궤도로 구성된 MSM과 많은 짧은 [229]궤도로 구성된 MSM 사이에 거의 차이가 없다고 결론지었다.2011년 6월 Folding@home은 안톤 시뮬레이션의 방법이 [234][235]안톤 시뮬레이션과 어떻게 비교되는지를 더 잘 판단하기 위해 안톤 시뮬레이션의 표본을 추가했다.그러나 Folding@home의 짧은 궤적과 달리, 분산 컴퓨팅 및 기타 병렬화 방법에 보다 쉽게 적응할 수 있는 긴 궤적은 단백질의 위상 공간을 충분히 샘플링하기 위해 적응형 샘플링을 필요로 하지 않는다.따라서 안톤과 Folding@home의 시뮬레이션 방법을 조합하여 이 공간을 [229]보다 철저하게 샘플링할 수 있습니다.

「 」를 참조해 주세요.

레퍼런스

  1. ^ foldingathome.org (September 27, 2016). "About Folding@home Partners".
  2. ^ "Folding@home 7.6 releases for Windows". Retrieved May 11, 2020.
  3. ^ "Alternative Downloads".
  4. ^ a b Pande lab (August 2, 2012). "Folding@home Open Source FAQ". Folding@home. foldingathome.org. Archived from the original (FAQ) on March 3, 2020. Retrieved July 8, 2013.
  5. ^ Folding@home n.d.e: "Folding@home(FAH 또는 F@h)"은 단백질의 접힘 과정과 다양한 질병과 관련된 단백질의 움직임을 시뮬레이션하기 위한 분산 컴퓨팅 프로젝트입니다.이 프로그램에는 개인 컴퓨터에서 단백질 역학 시뮬레이션을 실행하는데 자원하는 시민 과학자들이 모였습니다.이 데이터에서 얻은 통찰력은 과학자들이 생물학을 더 잘 이해할 수 있도록 돕고 치료법을 개발할 수 있는 새로운 기회를 제공하고 있습니다."
  6. ^ Julia Evangelou Strait (February 26, 2019). "Computational biology project aims to better understand protein folding". Retrieved March 8, 2020.
  7. ^ a b c V. S. Pande; K. Beauchamp; G. R. Bowman (2010). "Everything you wanted to know about Markov State Models but were afraid to ask". Methods. 52 (1): 99–105. doi:10.1016/j.ymeth.2010.06.002. PMC 2933958. PMID 20570730.
  8. ^ 뉴스 12 롱 아일랜드 2020: "COVID-19 대유행이 시작된 이후, Folding@home은 다운로드 수가 크게 증가했는데, 이는 전세계 사람들이 연구자들이 이 바이러스에 대한 치료법을 찾는 것을 돕기 위해 그들의 역할을 하는 것에 대해 우려하고 있다는 명백한 증거입니다,"라고 DeMateis School의 학장인 Sina Rabbany 박사는 말했다.
  9. ^ Pande lab. "Client Statistics by OS". Archive.is. Archived from the original on April 12, 2020. Retrieved April 12, 2020.
  10. ^ "Papers & Results". Folding@home.org. Retrieved December 9, 2021.
  11. ^ a b c Vincent A. Voelz; Gregory R. Bowman; Kyle Beauchamp; Vijay S. Pande (2010). "Molecular simulation of ab initio protein folding for a millisecond folder NTL9(1–39)". Journal of the American Chemical Society. 132 (5): 1526–1528. doi:10.1021/ja9090353. PMC 2835335. PMID 20070076.
  12. ^ Gregory R. Bowman; Vijay S. Pande (2010). "Protein folded states are kinetic hubs". Proceedings of the National Academy of Sciences. 107 (24): 10890–5. Bibcode:2010PNAS..10710890B. doi:10.1073/pnas.1003962107. PMC 2890711. PMID 20534497.
  13. ^ a b Christopher D. Snow; Houbi Nguyen; Vijay S. Pande; Martin Gruebele (2002). "Absolute comparison of simulated and experimental protein-folding dynamics" (PDF). Nature. 420 (6911): 102–106. Bibcode:2002Natur.420..102S. doi:10.1038/nature01160. PMID 12422224. S2CID 1061159. Archived from the original (PDF) on March 24, 2012.
  14. ^ Fabrizio Marinelli, Fabio Pietrucci, Alessandro Laio, Stefano Piana (2009). Pande, Vijay S. (ed.). "A Kinetic Model of Trp-Cage Folding from Multiple Biased Molecular Dynamics Simulations". PLOS Computational Biology. 5 (8): e1000452. Bibcode:2009PLSCB...5E0452M. doi:10.1371/journal.pcbi.1000452. PMC 2711228. PMID 19662155.{{cite journal}}: CS1 maint: 여러 이름: 작성자 목록(링크)
  15. ^ "So Much More to Know". Science. 309 (5731): 78–102. 2005. doi:10.1126/science.309.5731.78b. PMID 15994524.
  16. ^ a b c Heath Ecroyd; John A. Carver (2008). "Unraveling the mysteries of protein folding and misfolding". IUBMB Life (review). 60 (12): 769–774. doi:10.1002/iub.117. PMID 18767168. S2CID 10115925.
  17. ^ a b Yiwen Chen; Feng Ding; Huifen Nie; Adrian W. Serohijos; Shantanu Sharma; Kyle C. Wilcox; Shuangye Yin; Nikolay V. Dokholyan (2008). "Protein folding: Then and now". Archives of Biochemistry and Biophysics. 469 (1): 4–19. doi:10.1016/j.abb.2007.05.014. PMC 2173875. PMID 17585870.
  18. ^ a b Leila M Luheshi; Damian Crowther; Christopher Dobson (2008). "Protein misfolding and disease: from the test tube to the organism". Current Opinion in Chemical Biology. 12 (1): 25–31. doi:10.1016/j.cbpa.2008.02.011. PMID 18295611.
  19. ^ C. D. Snow; E. J. Sorin; Y. M. Rhee; V. S. Pande. (2005). "How well can simulation predict protein folding kinetics and thermodynamics?". Annual Review of Biophysics (review). 34: 43–69. doi:10.1146/annurev.biophys.34.040204.144447. PMID 15869383.
  20. ^ A. Verma; S.M. Gopal; A. Schug; J.S. Oh; K.V. Klenin; K.H. Lee; W. Wenzel (2008). Massively Parallel All Atom Protein Folding in a Single Day. Advances in Parallel Computing. Vol. 15. pp. 527–534. ISBN 978-1-58603-796-3. ISSN 0927-5452.
  21. ^ Vijay S. Pande; Ian Baker; Jarrod Chapman; Sidney P. Elmer; Siraj Khaliq; Stefan M. Larson; Young Min Rhee; Michael R. Shirts; Christopher D. Snow; Eric J. Sorin; Bojan Zagrovic (2002). "Atomistic protein folding simulations on the submillisecond timescale using worldwide distributed computing". Biopolymers. 68 (1): 91–109. doi:10.1002/bip.10219. PMID 12579582.
  22. ^ a b c G. Bowman; V. Volez; V. S. Pande (2011). "Taming the complexity of protein folding". Current Opinion in Structural Biology. 21 (1): 4–11. doi:10.1016/j.sbi.2010.10.006. PMC 3042729. PMID 21081274.
  23. ^ Chodera, John D.; Swope, William C.; Pitera, Jed W.; Dill, Ken A. (January 1, 2006). "Long‐Time Protein Folding Dynamics from Short‐Time Molecular Dynamics Simulations". Multiscale Modeling & Simulation. 5 (4): 1214–1226. doi:10.1137/06065146X. S2CID 17825277.
  24. ^ Robert B Best (2012). "Atomistic molecular simulations of protein folding". Current Opinion in Structural Biology (review). 22 (1): 52–61. doi:10.1016/j.sbi.2011.12.001. PMID 22257762.
  25. ^ a b c TJ Lane; Gregory Bowman; Robert McGibbon; Christian Schwantes; Vijay Pande; Bruce Borden (September 10, 2012). "Folding@home Simulation FAQ". Folding@home. foldingathome.org. Archived from the original on September 13, 2012. Retrieved July 8, 2013.
  26. ^ Gregory R. Bowman; Daniel L. Ensign; Vijay S. Pande (2010). "Enhanced Modeling via Network Theory: Adaptive Sampling of Markov State Models". Journal of Chemical Theory and Computation. 6 (3): 787–794. doi:10.1021/ct900620b. PMC 3637129. PMID 23626502.
  27. ^ Vijay Pande (June 8, 2012). "FAHcon 2012: Thinking about how far FAH has come". Folding@home. typepad.com. Archived from the original on October 3, 2012. Retrieved June 12, 2012.
  28. ^ Kyle A. Beauchamp; Daniel L. Ensign; Rhiju Das; Vijay S. Pande (2011). "Quantitative comparison of villin headpiece subdomain simulations and triplet–triplet energy transfer experiments". Proceedings of the National Academy of Sciences. 108 (31): 12734–9. Bibcode:2011PNAS..10812734B. doi:10.1073/pnas.1010880108. PMC 3150881. PMID 21768345.
  29. ^ Timothy H. Click; Debabani Ganguly; Jianhan Chen (2010). "Intrinsically Disordered Proteins in a Physics-Based World". International Journal of Molecular Sciences. 11 (12): 919–27. doi:10.3390/ijms11125292. PMC 3100817. PMID 21614208.
  30. ^ "Greg Bowman awarded the 2010 Kuhn Paradigm Shift Award". simtk.org. SimTK: MSMBuilder. March 29, 2010. Archived from the original on April 7, 2012. Retrieved September 20, 2012.
  31. ^ "MSMBuilder Source Code Repository". MSMBuilder. simtk.org. 2012. Archived from the original on October 12, 2012. Retrieved October 12, 2012.
  32. ^ "Biophysical Society Names Five 2012 Award Recipients". Biophysics.org. Biophysical Society. August 17, 2011. Archived from the original on March 27, 2012. Retrieved September 20, 2012.
  33. ^ "Folding@home – Awards". Folding@home. foldingathome.org. August 2011. Archived from the original (FAQ) on July 12, 2012. Retrieved July 8, 2013.
  34. ^ Vittorio Bellotti; Monica Stoppini (2009). "Protein Misfolding Diseases" (PDF). The Open Biology Journal. 2 (2): 228–234. doi:10.2174/1874196700902020228. Archived from the original on February 22, 2014.{{cite journal}}: CS1 maint: bot: 원래 URL 상태를 알 수 없습니다(링크).
  35. ^ a b c d e f g h i Pande lab (May 30, 2012). "Folding@home Diseases Studied FAQ". Folding@home. foldingathome.org. Archived from the original (FAQ) on August 25, 2012. Retrieved July 8, 2013.
  36. ^ a b Collier, Leslie; Balows, Albert; Sussman, Max (1998). Mahy, Brian; Collier, Leslie (eds.). Topley and Wilson's Microbiology and Microbial Infections. Vol. 1, Virology (ninth ed.). London: Arnold. pp. 75–91. ISBN 978-0-340-66316-5.
  37. ^ Fred E. Cohen; Jeffery W. Kelly (2003). "Therapeutic approaches to protein misfolding diseases". Nature (review). 426 (6968): 905–9. Bibcode:2003Natur.426..905C. doi:10.1038/nature02265. PMID 14685252. S2CID 4421600.
  38. ^ a b Chun Song; Shen Lim; Joo Tong (2009). "Recent advances in computer-aided drug design". Briefings in Bioinformatics (review). 10 (5): 579–91. doi:10.1093/bib/bbp023. PMID 19433475.
  39. ^ a b c d e f Pande lab (2012). "Folding@Home Press FAQ". Folding@home. foldingathome.org. Archived from the original (FAQ) on August 25, 2012. Retrieved July 8, 2013.
  40. ^ Christian "schwancr" Schwantes (Pande lab member) (August 15, 2011). "Projects 7808 and 7809 to full fah". Folding@home. phpBB Group. Archived from the original on January 31, 2013. Retrieved October 16, 2011.
  41. ^ Del Lucent; V. Vishal; Vijay S. Pande (2007). "Protein folding under confinement: A role for solvent". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 104 (25): 10430–10434. Bibcode:2007PNAS..10410430L. doi:10.1073/pnas.0608256104. PMC 1965530. PMID 17563390.
  42. ^ Vincent A. Voelz; Vijay R. Singh; William J. Wedemeyer; Lisa J. Lapidus; Vijay S. Pande (2010). "Unfolded-State Dynamics and Structure of Protein L Characterized by Simulation and Experiment". Journal of the American Chemical Society. 132 (13): 4702–4709. doi:10.1021/ja908369h. PMC 2853762. PMID 20218718.
  43. ^ a b Vijay Pande (April 23, 2008). "Folding@home and Simbios". Folding@home. typepad.com. Archived from the original on October 18, 2012. Retrieved November 9, 2011.
  44. ^ Vijay Pande (October 25, 2011). "Re: Suggested Changes to F@h Website". Folding@home. phpBB Group. Archived from the original on March 31, 2012. Retrieved October 25, 2011.
  45. ^ Caroline Hadley (2004). "Biologists think bigger". EMBO Reports. 5 (3): 236–238. doi:10.1038/sj.embor.7400108. PMC 1299019. PMID 14993921.
  46. ^ S. Pronk; P. Larsson; I. Pouya; G.R. Bowman; I.S. Haque; K. Beauchamp; B. Hess; V.S. Pande; P.M. Kasson; E. Lindahl (2011). "Copernicus: A new paradigm for parallel adaptive molecular dynamics". 2011 International Conference for High Performance Computing, Networking, Storage and Analysis: 1–10, 12–18.
  47. ^ Sander Pronk; Iman Pouya; Per Larsson; Peter Kasson; Erik Lindahl (November 17, 2011). "Copernicus Download". copernicus-computing.org. Copernicus. Archived from the original on October 7, 2012. Retrieved October 2, 2012.
  48. ^ Pande lab (July 27, 2012). "Papers & Results from Folding@home". Folding@home. foldingathome.org. Archived from the original on July 17, 2012. Retrieved February 1, 2019.
  49. ^ G Brent Irvine; Omar M El-Agnaf; Ganesh M Shankar; Dominic M Walsh (2008). "Protein Aggregation in the Brain: The Molecular Basis for Alzheimer's and Parkinson's Diseases". Molecular Medicine (review). 14 (7–8): 451–464. doi:10.2119/2007-00100.Irvine. PMC 2274891. PMID 18368143.
  50. ^ Claudio Soto; Lisbell D. Estrada (2008). "Protein Misfolding and Neurodegeneration". Archives of Neurology (review). 65 (2): 184–189. doi:10.1001/archneurol.2007.56. PMID 18268186.
  51. ^ Robin Roychaudhuri; Mingfeng Yang; Minako M. Hoshi; David B. Teplow (2008). "Amyloid β-Protein Assembly and Alzheimer Disease". Journal of Biological Chemistry. 284 (8): 4749–53. doi:10.1074/jbc.R800036200. PMC 3837440. PMID 18845536.
  52. ^ a b Nicholas W. Kelley; V. Vishal; Grant A. Krafft; Vijay S. Pande. (2008). "Simulating oligomerization at experimental concentrations and long timescales: A Markov state model approach". Journal of Chemical Physics. 129 (21): 214707. Bibcode:2008JChPh.129u4707K. doi:10.1063/1.3010881. PMC 2674793. PMID 19063575.
  53. ^ a b P. Novick, J. Rajadas, C.W. Liu, N. W. Kelley, M. Inayathullah, and V. S. Pande (2011). Buehler, Markus J. (ed.). "Rationally Designed Turn Promoting Mutation in the Amyloid-β Peptide Sequence Stabilizes Oligomers in Solution". PLOS ONE. 6 (7): e21776. Bibcode:2011PLoSO...621776R. doi:10.1371/journal.pone.0021776. PMC 3142112. PMID 21799748.{{cite journal}}: CS1 maint: 여러 이름: 작성자 목록(링크)
  54. ^ Aabgeena Naeem; Naveed Ahmad Fazili (2011). "Defective Protein Folding and Aggregation as the Basis of Neurodegenerative Diseases: The Darker Aspect of Proteins". Cell Biochemistry and Biophysics (review). 61 (2): 237–50. doi:10.1007/s12013-011-9200-x. PMID 21573992. S2CID 22622999.
  55. ^ a b c d Gregory R Bowman; Xuhui Huang; Vijay S Pande (2010). "Network models for molecular kinetics and their initial applications to human health". Cell Research (review). 20 (6): 622–630. doi:10.1038/cr.2010.57. PMC 4441225. PMID 20421891.
  56. ^ Vijay Pande (December 18, 2008). "New FAH results on possible new Alzheimer's drug presented". Folding@home. typepad.com. Archived from the original on September 8, 2012. Retrieved September 23, 2011.
  57. ^ Paul A. Novick; Dahabada H. Lopes; Kim M. Branson; Alexandra Esteras-Chopo; Isabella A. Graef; Gal Bitan; Vijay S. Pande (2012). "Design of β-Amyloid Aggregation Inhibitors from a Predicted Structural Motif". Journal of Medicinal Chemistry. 55 (7): 3002–10. doi:10.1021/jm201332p. PMC 3766731. PMID 22420626.
  58. ^ yslin (Pande lab member) (July 22, 2011). "New project p6871 [Classic]". Folding@home. phpBB Group. Archived from the original on September 21, 2012. Retrieved March 17, 2012.(등록 필요)
  59. ^ Pande lab. "Project 6871 Description". Folding@home. foldingathome.org. Archived from the original on January 6, 2016. Retrieved September 27, 2011.
  60. ^ Walker FO (2007). "Huntington's disease". Lancet. 369 (9557): 218–28 [220]. doi:10.1016/S0140-6736(07)60111-1. PMID 17240289. S2CID 46151626.
  61. ^ Nicholas W. Kelley; Xuhui Huang; Stephen Tam; Christoph Spiess; Judith Frydman; Vijay S. Pande (2009). "The predicted structure of the headpiece of the Huntingtin protein and its implications on Huntingtin aggregation". Journal of Molecular Biology. 388 (5): 919–27. doi:10.1016/j.jmb.2009.01.032. PMC 2677131. PMID 19361448.
  62. ^ Susan W Liebman; Stephen C Meredith (2010). "Protein folding: Sticky N17 speeds huntingtin pile-up". Nature Chemical Biology. 6 (1): 7–8. doi:10.1038/nchembio.279. PMID 20016493.
  63. ^ Diwakar Shukla (Pande lab member) (February 10, 2012). "Project 8021 released to beta". Folding@home. phpBB Group. Archived from the original on September 21, 2012. Retrieved March 17, 2012.(등록 필요)
  64. ^ M Hollstein; D Sidransky; B Vogelstein; CC Harris (1991). "p53 mutations in human cancers". Science. 253 (5015): 49–53. Bibcode:1991Sci...253...49H. doi:10.1126/science.1905840. PMID 1905840.
  65. ^ L. T. Chong; C. D. Snow; Y. M. Rhee; V. S. Pande. (2004). "Dimerization of the p53 Oligomerization Domain: Identification of a Folding Nucleus by Molecular Dynamics Simulations". Journal of Molecular Biology. 345 (4): 869–878. CiteSeerX 10.1.1.132.1174. doi:10.1016/j.jmb.2004.10.083. PMID 15588832.
  66. ^ mah3, Vijay Pande (September 24, 2004). "F@H project publishes results of cancer related research". MaximumPC.com. Future US, Inc. Archived from the original on October 29, 2013. Retrieved September 20, 2012. 우리가 아는 한, 이것은 암과 관련된 분산 컴퓨팅 프로젝트의 첫 번째 동료 검토 결과입니다.
  67. ^ Lillian T. Chong; William C. Swope; Jed W. Pitera; Vijay S. Pande (2005). "Kinetic Computational Alanine Scanning: Application to p53 Oligomerization". Journal of Molecular Biology. 357 (3): 1039–1049. doi:10.1016/j.jmb.2005.12.083. PMID 16457841. S2CID 16156007.
  68. ^ Almeida MB, do Nascimento JL, Herculano AM, Crespo-López ME (2011). "Molecular chaperones: toward new therapeutic tools". Journal of Molecular Biology (review). 65 (4): 239–43. doi:10.1016/j.biopha.2011.04.025. PMID 21737228.
  69. ^ Vijay Pande (September 28, 2007). "Nanomedicine center". Folding@home. typepad.com. Archived from the original on October 18, 2012. Retrieved September 23, 2011.
  70. ^ Vijay Pande (December 22, 2009). "Release of new Protomol (Core B4) WUs". Folding@home. typepad.com. Archived from the original on October 3, 2012. Retrieved September 23, 2011.
  71. ^ Pande lab. "Project 180 Description". Folding@home. foldingathome.org. Archived from the original on January 6, 2016. Retrieved September 27, 2011.
  72. ^ TJ Lane (Pande lab member) (June 8, 2011). "Project 7600 in Beta". Folding@home. phpBB Group. Archived from the original on September 21, 2012. Retrieved September 27, 2011.(등록 필요)
  73. ^ TJ Lane (Pande lab member) (June 8, 2011). "Project 7600 Description". Folding@home. foldingathome.org. Archived from the original on January 6, 2016. Retrieved March 31, 2012.
  74. ^ "Scientists boost potency, reduce side effects of IL-2 protein used to treat cancer". MedicalXpress.com. Medical Xpress. March 18, 2012. Archived from the original on October 3, 2012. Retrieved September 20, 2012.
  75. ^ Aron M. Levin; Darren L. Bates; Aaron M. Ring; Carsten Krieg; Jack T. Lin; Leon Su; Ignacio Moraga; Miro E. Raeber; Gregory R. Bowman; Paul Novick; Vijay S. Pande; C. Garrison Fathman; Onur Boyman; K. Christopher Garcia (2012). "Exploiting a natural conformational switch to engineer an interleukin-2 'superkine'". Nature. 484 (7395): 529–33. Bibcode:2012Natur.484..529L. doi:10.1038/nature10975. PMC 3338870. PMID 22446627.
  76. ^ Rauch F, Glorieux FH (2004). "Osteogenesis imperfecta". Lancet. 363 (9418): 1377–85. doi:10.1016/S0140-6736(04)16051-0. PMID 15110498. S2CID 24081895.
  77. ^ Fratzl, Peter (2008). Collagen: structure and mechanics. ISBN 978-0-387-73905-2. Retrieved March 17, 2012.
  78. ^ Gautieri A, Uzel S, Vesentini S, Redaelli A, Buehler MJ (2009). "Molecular and mesoscale disease mechanisms of Osteogenesis Imperfecta". Biophysical Journal. 97 (3): 857–865. Bibcode:2009BpJ....97..857G. doi:10.1016/j.bpj.2009.04.059. PMC 2718154. PMID 19651044.
  79. ^ Sanghyun Park; Randall J. Radmer; Teri E. Klein; Vijay S. Pande (2005). "A New Set of Molecular Mechanics Parameters for Hydroxyproline and Its Use in Molecular Dynamics Simulations of Collagen-Like Peptides". Journal of Computational Chemistry. 26 (15): 1612–1616. CiteSeerX 10.1.1.142.6781. doi:10.1002/jcc.20301. PMID 16170799. S2CID 13051327.
  80. ^ Gregory Bowman (Pande lab Member). "Project 10125". Folding@home. phpBB Group. Retrieved December 2, 2011.(등록 필요)
  81. ^ Hana Robson Marsden; Itsuro Tomatsu; Alexander Kros (2011). "Model systems for membrane fusion". Chemical Society Reviews (review). 40 (3): 1572–1585. doi:10.1039/c0cs00115e. PMID 21152599.
  82. ^ Peter Kasson (2012). "Peter M. Kasson". Kasson lab. University of Virginia. Archived from the original on September 3, 2012. Retrieved September 20, 2012.
  83. ^ Peter M. Kasson; Afra Zomorodian; Sanghyun Park; Nina Singhal; Leonidas J. Guibas; Vijay S. Pande (2007). "Persistent voids: a new structural metric for membrane fusion". Bioinformatics. 23 (14): 1753–1759. doi:10.1093/bioinformatics/btm250. PMID 17488753.
  84. ^ Peter M. Kasson; Daniel L. Ensign; Vijay S. Pande (2009). "Combining Molecular Dynamics with Bayesian Analysis To Predict and Evaluate Ligand-Binding Mutations in Influenza Hemagglutinin". Journal of the American Chemical Society. 131 (32): 11338–11340. doi:10.1021/ja904557w. PMC 2737089. PMID 19637916.
  85. ^ Peter M. Kasson; Vijay S. Pande (2009). "Combining mutual information with structural analysis to screen for functionally important residues in influenza hemagglutinin". Pacific Symposium on Biocomputing: 492–503. doi:10.1142/9789812836939_0047. ISBN 978-981-283-692-2. PMC 2811693. PMID 19209725.
  86. ^ Vijay Pande (February 24, 2012). "Protein folding and viral infection". Folding@home. typepad.com. Archived from the original on October 3, 2012. Retrieved March 4, 2012.
  87. ^ Broekhuijsen, Niels (March 3, 2020). "Help Cure Coronavirus with Your PC's Leftover Processing Power". Tom's Hardware. Retrieved March 12, 2020.
  88. ^ Bowman, Greg (February 27, 2020). "Folding@home takes up the fight against COVID-19 / 2019-nCoV". Folding@home. Retrieved March 12, 2020.
  89. ^ "Folding@home Turns Its Massive Crowdsourced Computer Network Against COVID-19". March 16, 2020.
  90. ^ Vijay Pande (February 27, 2012). "New methods for computational drug design". Folding@home. typepad.com. Archived from the original on September 23, 2012. Retrieved April 1, 2012.
  91. ^ Guha Jayachandran; M. R. Shirts; S. Park; V. S. Pande (2006). "Parallelized-Over-Parts Computation of Absolute Binding Free Energy with Docking and Molecular Dynamics". Journal of Chemical Physics. 125 (8): 084901. Bibcode:2006JChPh.125h4901J. doi:10.1063/1.2221680. PMID 16965051.
  92. ^ Pande lab. "Project 10721 Description". Folding@home. foldingathome.org. Archived from the original on January 6, 2016. Retrieved September 27, 2011.
  93. ^ a b Gregory Bowman (July 23, 2012). "Searching for new drug targets". Folding@home. typepad.com. Archived from the original on September 21, 2012. Retrieved September 27, 2011.
  94. ^ Gregory R. Bowman; Phillip L. Geissler (July 2012). "Equilibrium fluctuations of a single folded protein reveal a multitude of potential cryptic allosteric sites". PNAS. 109 (29): 11681–6. Bibcode:2012PNAS..10911681B. doi:10.1073/pnas.1209309109. PMC 3406870. PMID 22753506.
  95. ^ Paula M. Petrone; Christopher D. Snow; Del Lucent; Vijay S. Pande (2008). "Side-chain recognition and gating in the ribosome exit tunnel". Proceedings of the National Academy of Sciences. 105 (43): 16549–54. Bibcode:2008PNAS..10516549P. doi:10.1073/pnas.0801795105. PMC 2575457. PMID 18946046.
  96. ^ Pande lab. "Project 5765 Description". Folding@home. foldingathome.org. Archived from the original on January 6, 2016. Retrieved December 2, 2011.
  97. ^ National Institute of Neurological Disorders and Stroke (August 21, 2018). "Creutzfeldt-Jakob Disease Fact Sheet". NIH. Retrieved March 2, 2019.
  98. ^ a b c d e f Kupfer, L; Hinrichs, W; Groschup, M.H. (2009). "Prion Protein Misfolding". Current Molecular Medicine. Bentham Science Publishers. 9 (7): 826–835. doi:10.2174/156652409789105543. PMC 3330701. PMID 19860662.
  99. ^ a b c Riek, Poland; Hornemann, Simone; Wider, Gerhard; Billeter, Martin; Glockshuber, Rudi; Wüthrich, Kurt (1996). "NMR structure of the mouse prion protein domain in PrP(121-231)". Nature. Nature Research. 382 (6587): 180–182. Bibcode:1996Natur.382..180R. doi:10.1038/382180a0. PMID 8700211. S2CID 4251606.
  100. ^ a b Ziegler, J; Sticht, H; Marx, UC; Müller, W; Rösch, P; Schwarzinger, S (2003). "CD and NMR studies of prion protein (PrP) helix1. Novel implications for its role in the PrPC-->PrPSc conversion process" (PDF). J Biol Chem. American Society for Biochemistry and Molecular Biology. 278 (50): 50175–81. doi:10.1074/jbc.M305234200. PMID 12952977. S2CID 29498217.
  101. ^ Govaerts, Cedric; Wile, Holger; Brusiner, Stanley B.; Cohen, Fred (2004). "Evidence for assembly of prions with left-handed β-helices into trimers". Proc Natl Acad Sci USA. National Academy of Sciences. 101 (22): 8342–47. Bibcode:2004PNAS..101.8342G. doi:10.1073/pnas.0402254101. PMC 420396. PMID 15155909.
  102. ^ Silveira, Jay; Raymond, Gregory; Hughson, Andrew; Race, Richard; Sim, Valerie; Caughey, Byron; Hayes, Stanley (2005). "The most infectious prion protein particles". Nature. Nature Research. 437 (7056): 257–261. Bibcode:2005Natur.437..257S. doi:10.1038/nature03989. PMC 1513539. PMID 16148934.
  103. ^ a b Moore, Roger A.; Taubner, Lara M.; Priola, Suzette (2009). "Prion Protein Misfolding and Disease". Curr Opin Struct Biol. Elsevier. 19 (1): 14–22. doi:10.1016/j.sbi.2008.12.007. PMC 2674794. PMID 19157856.
  104. ^ Moore, Roger A.; Herzog, Christian; Errett, John; Kocisko, David A.; Arnold, Kevin M.; Hayes, Stanley F.; Priola, Suzette A. (2006). "Octapeptide repeat insertions increase the rate of protease-resistant prion protein formation". Protein Science. Wiley-Blackwell. 15 (3): 609–619. doi:10.1110/ps.051822606. PMC 2249780. PMID 16452616.
  105. ^ Gasset, M; Baldwin, M; Lloyd, D; Gabriel, J; Holtzman, D; Cohen, F; Fletterick, R; Brusiner, S (1992). "Predicted alpha-helical regions of the prion protein when synthesized as peptides form amyloid". Proc Natl Acad Sci USA. National Academy of Sciences. 89 (22): 10940–44. Bibcode:1992PNAS...8910940G. doi:10.1073/pnas.89.22.10940. PMC 50458. PMID 1438300.
  106. ^ Ziegler, Jan; Viehrig, Christine; Geimer, Stefan; Rosch, Paul; Schwarzinger, Stephan (2006). "Putative aggregation initiation sites in prion protein". FEBS Letters. FEBS Press. 580 (8): 2033–40. doi:10.1016/j.febslet.2006.03.002. PMID 16545382. S2CID 23876100.
  107. ^ Brusiner, Stanley (1998). "Prions". Proc Natl Acad Sci USA. National Academy of Sciences. 95 (23): 13363–83. Bibcode:1998PNAS...9513363P. doi:10.1073/pnas.95.23.13363. PMC 33918. PMID 9811807.
  108. ^ Vorberg, I; Groschup, MH; Pfaff, E; Priola, SA (2003). "Multiple amino acid residues within the rabbit prion protein inhibit formation of its abnormal isoform". J. Virol. American Society for Microbiology. 77 (3): 2003–9. doi:10.1128/JVI.77.3.2003-2009.2003. PMC 140934. PMID 12525634.
  109. ^ Barrow, CJ; Yasuda, A; Kenny, PT; Zagorski, MG (1992). "Solution conformations and aggregational properties of synthetic amyloid beta-peptides of Alzheimer's disease. Analysis of circular dichroism spectra". J Biol Chem. American Society for Biochemistry and Molecular Biology. 225 (4): 1075–93. doi:10.1016/0022-2836(92)90106-t. PMID 1613791.
  110. ^ Kuznetsov, Igor; Rackovsky, Shalom (2004). "Comparative computational analysis of prion proteins reveals two fragments with unusual structural properties and a pattern of increase in hydrophobicity associated with disease-promoting mutations". Protein Science. Wiley-Blackwell. 13 (12): 3230–44. doi:10.1110/ps.04833404. PMC 2287303. PMID 15557265.
  111. ^ Baskakov, IV; Legname, G; Baldwin, MA; Prusiner, SB; Cohen, FE (2002). "Pathway complexity of prion protein assembly into amyloid". J Biol Chem. American Society for Biochemistry and Molecular Biology. 277 (24): 21140–8. doi:10.1074/jbc.M111402200. PMID 11912192.
  112. ^ Raddick, M. Jordan; Bracey, Georgia; Gay, Pamela L.; Lintott, Chris J.; Murray, Phil; Schawinski, Kevin; Szalay, Alexander S.; Vandenberg, Jan (December 2010). "Galaxy Zoo: Exploring the Motivations of Citizen Science Volunteers". Astronomy Education Review. 9 (1): 010103. arXiv:0909.2925. Bibcode:2010AEdRv...9a0103R. doi:10.3847/AER2009036. S2CID 118372704.
  113. ^ Vickie, Curtis (April 20, 2018). Online citizen science and the widening of academia : distributed engagement with research and knowledge production. Cham, Switzerland. ISBN 9783319776644. OCLC 1034547418.
  114. ^ Nov, Oded; Arazy, Ofer; Anderson, David (2011). "Dusting for science: motivation and participation of digital citizen science volunteers". Proceedings of the 2011 IConference on - IConference '11. IConference '11. Seattle, Washington: ACM Press: 68–74. doi:10.1145/1940761.1940771. ISBN 9781450301213. S2CID 12219985.
  115. ^ Curtis, Vickie (December 2015). "Motivation to Participate in an Online Citizen Science Game: A Study of Foldit" (PDF). Science Communication. 37 (6): 723–746. doi:10.1177/1075547015609322. ISSN 1075-5470. S2CID 1345402.
  116. ^ a b c Curtis, Vickie (April 27, 2018). "Patterns of Participation and Motivation in Folding@home: The Contribution of Hardware Enthusiasts and Overclockers". Citizen Science: Theory and Practice. 3 (1): 5. doi:10.5334/cstp.109. ISSN 2057-4991.
  117. ^ Colwell, B. (March 2004). "The Zen of overclocking". Computer. 37 (3): 9–12. doi:10.1109/MC.2004.1273994. ISSN 0018-9162. S2CID 21582410.
  118. ^ Kloetzer, Laure; Da Costa, Julien; Schneider, Daniel K. (December 31, 2016). "Not so passive: engagement and learning in Volunteer Computing projects". Human Computation. 3 (1): 25–68. doi:10.15346/hc.v3i1.4. ISSN 2330-8001.
  119. ^ Darch Peter; Carusi Annamaria (September 13, 2010). "Retaining volunteers in volunteer computing projects". Philosophical Transactions of the Royal Society A: Mathematical, Physical and Engineering Sciences. 368 (1926): 4177–4192. Bibcode:2010RSPTA.368.4177D. doi:10.1098/rsta.2010.0163. PMID 20679130.
  120. ^ "2013 Member Study: Findings and Next Steps". World Community Grid.
  121. ^ Krebs, Viola (January 31, 2010). "Motivations of cybervolunteers in an applied distributed computing environment: MalariaControl.net as an example". First Monday. 15 (2). doi:10.5210/fm.v15i2.2783.
  122. ^ Curtis, Vickie (2015). Online citizen science projects: an exploration of motivation, contribution and participation, PhD Thesis (PDF). United Kingdom: The Open University.
  123. ^ Mims 2010
  124. ^ Pande 2008: "결국 벽시계가 중요한 것은 벽시계뿐입니다.그것이 우리가 벽시계를 벤치마킹하는 이유입니다(그리고 신문에서 벽시계를 강조하는 이유이기도 합니다).
  125. ^ Vijay Pande (September 16, 2007). "Crossing the petaFLOPS barrier". Folding@home. typepad.com. Archived from the original on April 3, 2012. Retrieved August 28, 2011.
  126. ^ a b Michael Gross (2012). "Folding research recruits unconventional help". Current Biology. 22 (2): R35–R38. doi:10.1016/j.cub.2012.01.008. PMID 22389910.
  127. ^ "TOP500 List — June 2007". top500.org. Top500. June 2007. Retrieved September 20, 2012.
  128. ^ "Folding@Home reach 2 Petaflops". n4g.com. HAVAmedia. May 8, 2008. Archived from the original on June 10, 2012. Retrieved September 20, 2012.
  129. ^ "NVIDIA Achieves Monumental Folding@Home Milestone With Cuda". nvidia.com. NVIDIA Corporation. August 26, 2008. Retrieved September 20, 2012.
  130. ^ "3 PetaFLOP barrier". longecity.org. Longecity. August 19, 2008. Archived from the original on August 30, 2012. Retrieved September 20, 2012.
  131. ^ "Increase in 'active' PS3 folders pushes Folding@home past 4 Petaflops!". team52735.blogspot.com. Blogspot. September 29, 2008. Archived from the original on December 22, 2013. Retrieved September 20, 2012.
  132. ^ Vijay Pande (February 18, 2009). "Folding@home Passes the 5 petaFLOP Mark". Folding@home. typepad.com. Archived from the original on September 8, 2012. Retrieved August 31, 2011.
  133. ^ "Crossing the 5 petaFLOPS barrier". longecity.org. Longecity. February 18, 2009. Archived from the original on August 30, 2012. Retrieved September 20, 2012.
  134. ^ Dragan Zakic (May 2009). "Community Grid Computing — Studies in Parallel and Distributed Systems" (PDF). Massey University College of Sciences. Massey University. Archived from the original (PDF) on March 23, 2012. Retrieved September 20, 2012.
  135. ^ William Ito. "A review of recent advances in ab initio protein folding by the Folding@home project" (PDF). foldingathome.org. Archived from the original (PDF) on March 31, 2011. Retrieved September 22, 2012.
  136. ^ "TOP500 List — November 2008". top500.org. Top500. November 2008. Retrieved September 20, 2012.
  137. ^ Jesse Victors (November 10, 2011). "Six Native PetaFLOPS". Folding@home. phpBB Group. Archived from the original on July 31, 2013. Retrieved November 11, 2011.
  138. ^ Risto Kantonen (September 23, 2013). "Folding@home Stats - Google Docs". Folding@home. Retrieved September 23, 2013.
  139. ^ "100 Petaflops nearly reached". foldingathome.org. May 11, 2016. Retrieved August 9, 2016.
  140. ^ Bowman, Greg (March 20, 2020). "Amazing! @foldingathome now has over 470 petaFLOPS of compute power. To put that in perspective, that's more than 2x the peak performance of the Summit super computer!". @drGregBowman. Retrieved March 20, 2020.
  141. ^ "Folding@home stats report". March 20, 2020. Archived from the original on March 20, 2020. Retrieved March 20, 2020.
  142. ^ Shilov, Anton (March 25, 2020). "Folding@Home Reaches Exascale: 1,500,000,000,000,000,000 Operations Per Second for COVID-19". Anandtech. Retrieved March 26, 2020.
  143. ^ "Folding@home stats report". November 20, 2020.
  144. ^ a b c d e Pande lab (August 20, 2012). "Folding@home Points FAQ". Folding@home. foldingathome.org. Archived from the original (FAQ) on July 17, 2012. Retrieved July 8, 2013.
  145. ^ Pande lab (July 23, 2012). "Folding@home Passkey FAQ". Folding@home. foldingathome.org. Archived from the original (FAQ) on September 22, 2012. Retrieved July 8, 2013.
  146. ^ a b Peter Kasson (Pande lab member) (January 24, 2010). "upcoming release of SMP2 cores". Folding@home. phpBB Group. Archived from the original on November 30, 2012. Retrieved September 30, 2011.
  147. ^ a b c d e Pande lab (August 18, 2011). "Folding@home Main FAQ" (FAQ). Folding@home. foldingathome.org. Archived from the original on November 20, 2012. Retrieved July 8, 2013.
  148. ^ "Official Extreme Overclocking Folding@home Team Forum". forums.extremeoverclocking.com. Extreme Overclocking. Archived from the original on September 21, 2012. Retrieved September 20, 2012.
  149. ^ a b c d e f g Adam Beberg; Daniel Ensign; Guha Jayachandran; Siraj Khaliq; Vijay Pande (2009). "Folding@home: Lessons from eight years of volunteer distributed computing" (PDF). 2009 IEEE International Symposium on Parallel & Distributed Processing. Proceedings. pp. 1–8. doi:10.1109/IPDPS.2009.5160922. ISBN 978-1-4244-3751-1. ISSN 1530-2075. S2CID 15677970.
  150. ^ Norman Chan (April 6, 2009). "Help Maximum PC's Folding Team Win the Next Chimp Challenge!". Maximumpc.com. Future US, Inc. Archived from the original on July 7, 2012. Retrieved September 20, 2012.
  151. ^ a b c Pande lab (June 11, 2012). "Folding@home SMP FAQ". Folding@home. foldingathome.org. Archived from the original (FAQ) on September 22, 2012. Retrieved July 8, 2013.
  152. ^ Vijay Pande (April 5, 2011). "More transparency in testing". Folding@home. typepad.com. Archived from the original on October 18, 2012. Retrieved October 14, 2011.
  153. ^ Bruce Borden (August 7, 2011). "Re: Gromacs Cannot Continue Further". Folding@home. phpBB Group. Archived from the original on March 31, 2012. Retrieved August 7, 2011.
  154. ^ PantherX (October 1, 2011). "Re: Project 6803: (Run 4, Clone 66, Gen 255)". Folding@home. phpBB Group. Archived from the original on March 31, 2012. Retrieved October 9, 2011.
  155. ^ PantherX (October 31, 2010). "Troubleshooting Bad WUs". Folding@home. phpBB Group. Archived from the original on October 7, 2012. Retrieved August 7, 2011.
  156. ^ Carsten Kutzner; David Van Der Spoel; Martin Fechner; Erik Lindahl; Udo W. Schmitt; Bert L. De Groot; Helmut Grubmüller (2007). "Speeding up parallel GROMACS on high-latency networks". Journal of Computational Chemistry. 28 (12): 2075–2084. doi:10.1002/jcc.20703. hdl:11858/00-001M-0000-0012-E29A-0. PMID 17405124. S2CID 519769.
  157. ^ Berk Hess; Carsten Kutzner; David van der Spoel; Erik Lindahl (2008). "GROMACS 4: Algorithms for Highly Efficient, Load-Balanced, and Scalable Molecular Simulation". Journal of Chemical Theory and Computation. 4 (3): 435–447. doi:10.1021/ct700301q. hdl:11858/00-001M-0000-0012-DDBF-0. PMID 26620784.
  158. ^ Pande lab (August 19, 2012). "Folding@home Gromacs FAQ". Folding@home. foldingathome.org. Archived from the original (FAQ) on July 17, 2012. Retrieved July 8, 2013.
  159. ^ Pande lab (August 7, 2012). "Folding@home Frequently Asked Questions (FAQ) Index". Folding@home. foldingathome.org. Archived from the original on October 25, 2012. Retrieved July 8, 2013.
  160. ^ Vijay Pande (September 25, 2009). "Update on new FAH cores and clients". Folding@home. typepad.com. Archived from the original on October 3, 2012. Retrieved February 24, 2012.
  161. ^ a b M. S. Friedrichs; P. Eastman; V. Vaidyanathan; M. Houston; S. LeGrand; A. L. Beberg; D. L. Ensign; C. M. Bruns; V. S. Pande (2009). "Accelerating Molecular Dynamic Simulation on Graphics Processing Units". Journal of Computational Chemistry. 30 (6): 864–72. doi:10.1002/jcc.21209. PMC 2724265. PMID 19191337.
  162. ^ Pande lab (August 19, 2012). "Folding@home Petaflop Initiative". Folding@home. foldingathome.org. Archived from the original (FAQ) on July 13, 2012. Retrieved July 8, 2013.
  163. ^ a b Pande lab (February 10, 2011). "Windows Uniprocessor Client Installation Guide". Folding@home. foldingathome.org. Archived from the original (Guide) on November 20, 2012. Retrieved July 8, 2013.
  164. ^ PantherX (September 2, 2010). "Re: Can Folding@home damage any part of my PC?". Folding@home. phpBB Group. Archived from the original on November 30, 2012. Retrieved February 25, 2012.
  165. ^ a b c Vijay Pande (June 17, 2009). "How does FAH code development and sysadmin get done?". Folding@home. typepad.com. Archived from the original on October 3, 2012. Retrieved October 14, 2011.
  166. ^ a b Pande lab (May 30, 2012). "Uninstalling Folding@home Guide". Folding@home. foldingathome.org. Archived from the original (Guide) on July 17, 2012. Retrieved July 8, 2013.
  167. ^ a b Folding@home developers. "FAHControl source code repository". foldingathome.org. Archived from the original on December 12, 2012. Retrieved October 15, 2012.
  168. ^ Pande lab. "Folding@home Distributed Computing Client". Folding@home. foldingathome.org. Archived from the original on June 26, 2012. Retrieved July 8, 2013.
  169. ^ Vijay Pande (June 28, 2008). "Folding@home's End User License Agreement (EULA)". Folding@home. Archived from the original on October 9, 2012. Retrieved May 15, 2012.
  170. ^ unikuser (August 7, 2011). "FoldingAtHome". Ubuntu Documentation. help.ubuntu.com. Archived from the original on April 22, 2012. Retrieved September 22, 2012.
  171. ^ "The Case of the Modified Binaries". Leviathan Security.
  172. ^ "Fixing/Making Holes in ELF Binaries/Programs - Black Hat".
  173. ^ 아마도 ERESI 등의 툴을 사용하여
  174. ^ "x86 - How to disassemble, modify and then reassemble a Linux executable?". Stack Overflow.
  175. ^ "linux - How do I add functionality to an existing binary executable?". Reverse Engineering Stack Exchange.
  176. ^ "Certificate Bypass: Hiding and Executing Malware from a Digitally Signed Executable" (PDF). BlackHat.com. Deep Instinct. August 2016.
  177. ^ Phineus R. L. Markwick; J. Andrew McCammon (2011). "Studying functional dynamics in bio-molecules using accelerated molecular dynamics". Physical Chemistry Chemical Physics. 13 (45): 20053–65. Bibcode:2011PCCP...1320053M. doi:10.1039/C1CP22100K. PMID 22015376.
  178. ^ M. R. Shirts; V. S. Pande. (2000). "Screen Savers of the World, Unite!". Science. 290 (5498): 1903–1904. doi:10.1126/science.290.5498.1903. PMID 17742054. S2CID 2854586.
  179. ^ Pande lab. "Folding@Home Executive summary" (PDF). Folding@home. foldingathome.org. Archived (PDF) from the original on October 7, 2012. Retrieved October 4, 2011.
  180. ^ Rattledagger, Vijay Pande (April 1, 2005). "Folding@home client for BOINC in beta "soon"". Boarddigger.com. Anandtech.com. Archived from the original on September 17, 2012. Retrieved September 20, 2012.
  181. ^ a b c Pande lab (May 30, 2012). "High Performance FAQ". Folding@home. foldingathome.org. Archived from the original (FAQ) on August 19, 2012. Retrieved July 8, 2013.
  182. ^ John D. Owens; David Luebke; Naga Govindaraju; Mark Harris; Jens Krüger; Aaron Lefohn; Timothy J. Purcell (2007). "A Survey of General-Purpose Computation on Graphics Hardware". Computer Graphics Forum. 26 (1): 80–113. CiteSeerX 10.1.1.215.426. doi:10.1111/j.1467-8659.2007.01012.x. S2CID 62756490.
  183. ^ P. Eastman; V. S. Pande (2010). "OpenMM: A Hardware-Independent Framework for Molecular Simulations". Computing in Science and Engineering. 12 (4): 34–39. Bibcode:2010CSE....12d..34E. doi:10.1109/MCSE.2010.27. ISSN 1521-9615. PMC 4486654. PMID 26146490.
  184. ^ I. Haque; V. S. Pande (2010). "Hard Data on Soft Errors: A Large-Scale Assessment of Real-World Error Rates in GPGPU". 2010 10th IEEE/ACM International Conference on Cluster, Cloud and Grid Computing. pp. 691–696. arXiv:0910.0505. doi:10.1109/CCGRID.2010.84. ISBN 978-1-4244-6987-1. S2CID 10723933.
  185. ^ a b c Pande lab (March 18, 2011). "ATI FAQ". Folding@home. foldingathome.org. Archived from the original (FAQ) on October 28, 2012. Retrieved July 8, 2013.
  186. ^ Vijay Pande (May 23, 2008). "GPU news (about GPU1, GPU2, & NVIDIA support)". Folding@home. typepad.com. Archived from the original on October 18, 2012. Retrieved September 8, 2011.
  187. ^ Travis Desell; Anthony Waters; Malik Magdon-Ismail; Boleslaw K. Szymanski; Carlos A. Varela; Matthew Newby; Heidi Newberg; Andreas Przystawik; David Anderson (2009). "Accelerating the MilkyWay@Home volunteer computing project with GPUs". 8th International Conference on Parallel Processing and Applied Mathematics (PPAM 2009) Part I. pp. 276–288. CiteSeerX 10.1.1.158.7614. ISBN 978-3-642-14389-2.
  188. ^ Vijay Pande (April 10, 2008). "GPU2 open beta". Folding@home. typepad.com. Archived from the original on September 21, 2012. Retrieved September 7, 2011.
  189. ^ Vijay Pande (April 15, 2008). "Updates to the Download page/GPU2 goes live". Folding@home. typepad.com. Archived from the original on October 18, 2012. Retrieved September 7, 2011.
  190. ^ Vijay Pande (April 11, 2008). "GPU2 open beta going well". Folding@home. typepad.com. Archived from the original on September 22, 2012. Retrieved September 7, 2011.
  191. ^ a b Vijay Pande (April 24, 2010). "Prepping for the GPU3 rolling: new client and NVIDIA FAH GPU clients will (in the future) need CUDA 2.2 or later". Folding@home. typepad.com. Archived from the original on October 18, 2012. Retrieved September 8, 2011.
  192. ^ Vijay Pande (May 25, 2010). "Folding@home: Open beta release of the GPU3 client/core". Folding@home. typepad.com. Archived from the original on October 3, 2012. Retrieved September 7, 2011.
  193. ^ Joseph Coffland (CEO of Cauldron Development LLC & lead developer at Folding@home) (October 13, 2011). "Re: FAHClient V7.1.38 released (4th Open-Beta)". Folding@home. phpBB Group. Archived from the original on March 31, 2012. Retrieved October 15, 2011.
  194. ^ "NVIDIA GPU3 Linux/Wine Headless Install Guide". Folding@home. phpBB Group. November 8, 2008. Archived from the original on October 9, 2012. Retrieved September 5, 2011.
  195. ^ Pande lab. "Client Statistics by OS". Folding@home. foldingathome.org. Archived from the original on September 3, 2015. Retrieved July 8, 2013.
  196. ^ Bruce Borden (June 25, 2013). "GPU FahCore_17 is now available on Windows & native Linux". Folding@home. phpBB Group. Retrieved September 30, 2014.
  197. ^ "Futures in Biotech 27: Folding@home at 1.3 Petaflops". Castroller.com. CastRoller. December 28, 2007. Archived from the original (Interview, webcast) on November 29, 2011. Retrieved September 20, 2012.
  198. ^ a b Edgar Luttmann; Daniel L. Ensign; Vishal Vaidyanathan; Mike Houston; Noam Rimon; Jeppe Øland; Guha Jayachandran; Mark Friedrichs; Vijay S. Pande (2008). "Accelerating Molecular Dynamic Simulation on the Cell processor and PlayStation 3". Journal of Computational Chemistry. 30 (2): 268–274. doi:10.1002/jcc.21054. PMID 18615421. S2CID 33047431.
  199. ^ a b David E. Williams (October 20, 2006). "PlayStation's serious side: Fighting disease". CNN. Archived from the original on June 22, 2012. Retrieved September 20, 2012.
  200. ^ Jerry Liao (March 23, 2007). "The Home Cure: PlayStation 3 to Help Study Causes of Cancer". mb.com. Manila Bulletin Publishing Corporation. Archived from the original on July 1, 2012. Retrieved September 20, 2012.
  201. ^ Lou Kesten, Associated Press (March 26, 2007). "Week in video-game news: 'God of War II' storms the PS2; a PS3 research project". Post-Gazette.com. Pittsburgh Post-Gazette. Archived from the original on June 20, 2012. Retrieved September 20, 2012.
  202. ^ Elaine Chow (September 18, 2008). "PS3 News Service, Life With Playstation, Now Up For Download". Gizmodo.com. Gizmodo. Archived from the original on June 20, 2012. Retrieved September 20, 2012.
  203. ^ Vijay Pande (September 18, 2008). "Life with Playstation – a new update to the FAH/PS3 client". Folding@home. typepad.com. Archived from the original on October 18, 2012. Retrieved February 24, 2012.
  204. ^ Pande lab (May 30, 2012). "PS3 FAQ". Folding@home. foldingathome.org. Archived from the original (FAQ) on May 13, 2013. Retrieved July 8, 2013.
  205. ^ Eric Lempel (October 21, 2012). "PS3 System Software Update (v4.30)". PlayStation blog. Sony. Archived from the original on October 24, 2012. Retrieved October 21, 2012.
  206. ^ "Termination of Life with PlayStation". Life with PlayStation. Sony. November 6, 2012. Archived from the original on November 13, 2012. Retrieved November 8, 2012.
  207. ^ a b Vijay Pande (June 15, 2008). "What does the SMP core do?". Folding@home. typepad.com. Archived from the original on October 3, 2012. Retrieved September 7, 2011.
  208. ^ Daniel L. Ensign; Peter M. Kasson; Vijay S. Pande (2007). "Heterogeneity Even at the Speed Limit of Folding: Large-scale Molecular Dynamics Study of a Fast-folding Variant of the Villin Headpiece". Journal of Molecular Biology. 374 (3): 806–816. doi:10.1016/j.jmb.2007.09.069. PMC 3689540. PMID 17950314.
  209. ^ a b Vijay Pande (March 8, 2008). "New Windows client/core development (SMP and classic clients)". Folding@home. typepad.com. Archived from the original on October 15, 2012. Retrieved September 30, 2011.
  210. ^ a b Peter Kasson (Pande lab member) (July 15, 2009). "new release: extra-large work units". Folding@home. phpBB Group. Archived from the original on November 11, 2012. Retrieved October 9, 2011.
  211. ^ Vijay Pande (February 7, 2012). "Update on "bigadv-16", the new bigadv rollout". Folding@home. typepad.com. Archived from the original on October 3, 2012. Retrieved February 9, 2012.
  212. ^ Vijay Pande (July 2, 2011). "Change in the points system for bigadv work units". Folding@home. typepad.com. Archived from the original on October 18, 2012. Retrieved February 24, 2012.
  213. ^ Vijay Pande (January 15, 2014). "Revised plans for BigAdv (BA) experiment". Retrieved October 6, 2014.
  214. ^ a b Pande lab (March 23, 2012). "Windows (FAH V7) Installation Guide". Folding@home. foldingathome.org. Archived from the original (Guide) on October 28, 2012. Retrieved July 8, 2013.
  215. ^ a b c Vijay Pande (March 29, 2011). "Client version 7 now in open beta". Folding@home. typepad.com. Archived from the original on October 3, 2012. Retrieved August 14, 2011.
  216. ^ Vijay Pande (March 22, 2012). "Web page revamp and v7 rollout". Folding@home. typepad.com. Archived from the original on October 3, 2012. Retrieved March 22, 2012.
  217. ^ Vijay Pande (March 31, 2011). "Core 16 for ATI released; also note on NVIDIA GPU support for older boards". Folding@home. typepad.com. Archived from the original on October 3, 2012. Retrieved September 7, 2011.
  218. ^ aschofield and jcoffland (October 3, 2011). "Ticket #736 (Link to GPL in FAHControl)". Folding@home. Trac. Archived from the original on May 28, 2012. Retrieved October 12, 2012.
  219. ^ Pande, Vijay (February 24, 2014). "Adding a completely new way to fold, directly in the browser". foldingathome.org. Pande Lab, Stanford University. Retrieved February 13, 2015.
  220. ^ "NaCL Web Client Shutdown Notice". Folding@Home. Folding@Home. Retrieved August 29, 2019.
  221. ^ Pande, Vijay (July 7, 2015). "First full version of our Folding@Home client for Android Mobile phones". Folding@Home. foldingathome.org. Retrieved May 31, 2016.
  222. ^ "Folding@Home". Google Play. 2016. Retrieved May 31, 2016.
  223. ^ "Android client overhaul". Folding@home. February 2, 2018. Retrieved July 22, 2019.
  224. ^ Lensink MF, Méndez R, Wodak SJ (December 2007). "Docking and scoring protein complexes: CAPRI 3rd Edition". Proteins. 69 (4): 704–18. doi:10.1002/prot.21804. PMID 17918726. S2CID 25383642.
  225. ^ Gregory R. Bowman; Vijay S. Pande (2009). "Simulated tempering yields insight into the low-resolution Rosetta scoring function". Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics. 74 (3): 777–88. doi:10.1002/prot.22210. PMID 18767152. S2CID 29895006.
  226. ^ G. R. Bowman and V. S. Pande (2009). Hofmann, Andreas (ed.). "The Roles of Entropy and Kinetics in Structure Prediction". PLOS ONE. 4 (6): e5840. Bibcode:2009PLoSO...4.5840B. doi:10.1371/journal.pone.0005840. PMC 2688754. PMID 19513117.
  227. ^ Gen_X_Accord, Vijay Pande (June 11, 2006). "Folding@home vs. Rosetta@home". Rosetta@home forums. University of Washington. Archived from the original on August 8, 2014. Retrieved September 20, 2012.
  228. ^ Vijay Pande (October 13, 2011). "Comparison between FAH and Anton's approaches". Folding@home. typepad.com. Archived from the original on October 5, 2012. Retrieved February 25, 2012.
  229. ^ a b c Thomas J. Lane; Gregory R. Bowman; Kyle A Beauchamp; Vincent Alvin Voelz; Vijay S. Pande (2011). "Markov State Model Reveals Folding and Functional Dynamics in Ultra-Long MD Trajectories". Journal of the American Chemical Society. 133 (45): 18413–9. doi:10.1021/ja207470h. PMC 3227799. PMID 21988563.
  230. ^ David E. Shaw; et al. (2009). Millisecond-scale molecular dynamics simulations on Anton. Proceedings of the Conference on High Performance Computing Networking, Storage and Analysis. pp. 1–11. doi:10.1145/1654059.1654099. ISBN 978-1-60558-744-8. S2CID 53234452.
  231. ^ David E. Shaw; et al. (2010). "Atomic-Level Characterization of the Structural Dynamics of Proteins". Science. 330 (6002): 341–346. Bibcode:2010Sci...330..341S. doi:10.1126/science.1187409. PMID 20947758. S2CID 3495023.
  232. ^ David E. Shaw; Martin M. Deneroff; Ron O. Dror; Jeffrey S. Kuskin; Richard H. Larson; John K. Salmon; Cliff Young; Brannon Batson; Kevin J. Bowers; Jack C. Chao; Michael P. Eastwood; Joseph Gagliardo; J. P. Grossman; C. Richard Ho; Douglas J. Ierardi; et al. (2008). "Anton, A Special-Purpose Machine for Molecular Dynamics Simulation". Communications of the ACM. 51 (7): 91–97. doi:10.1145/1364782.1364802.
  233. ^ Ron O. Dror; Robert M. Dirks; J.P. Grossman; Huafeng Xu; David E. Shaw (2012). "Biomolecular Simulation: A Computational Microscope for Molecular Biology". Annual Review of Biophysics. 41: 429–52. doi:10.1146/annurev-biophys-042910-155245. PMID 22577825.
  234. ^ TJ Lane (Pande lab member) (June 6, 2011). "Project 7610 & 7611 in Beta". Folding@home. phpBB Group. Archived from the original on September 21, 2012. Retrieved February 25, 2012.(등록 필요)
  235. ^ Pande lab. "Project 7610 Description". Folding@home. Archived from the original on January 6, 2016. Retrieved February 26, 2012.

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